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README.md

@@ -193,7 +193,7 @@ BibTeX entry:
   title = {{libigl}: A simple {C++} geometry processing library},
   author = {Alec Jacobson and Daniele Panozzo and others},
   note = {http://libigl.github.io/libigl/},
-  year = {2016},
+  year = {2017},
 }
 ```
 

include/igl/AABB.cpp

@@ -27,7 +27,7 @@ template <typename DerivedV, int DIM>
 template <typename DerivedEle, typename Derivedbb_mins, typename Derivedbb_maxs, typename Derivedelements>
 IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::init(
     const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
     const Eigen::MatrixBase<Derivedbb_mins> & bb_mins,
     const Eigen::MatrixBase<Derivedbb_maxs> & bb_maxs,
     const Eigen::MatrixBase<Derivedelements> & elements,
@@ -106,7 +106,7 @@ template <
   typename DerivedI>
 IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::init(
     const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
     const Eigen::MatrixBase<DerivedSI> & SI,
     const Eigen::MatrixBase<DerivedI> & I)
 {
@@ -204,15 +204,15 @@ template <typename DerivedV, int DIM>
 template <typename DerivedEle, typename Derivedq>
 IGL_INLINE std::vector<int> igl::AABB<DerivedV,DIM>::find(
     const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
     const Eigen::MatrixBase<Derivedq> & q,
     const bool first) const
 {
   using namespace std;
   using namespace Eigen;
-  assert(q.size() == DIM && 
+  assert(q.size() == DIM &&
       "Query dimension should match aabb dimension");
-  assert(Ele.cols() == V.cols()+1 && 
+  assert(Ele.cols() == V.cols()+1 &&
       "AABB::find only makes sense for (d+1)-simplices");
   const Scalar epsilon = igl::EPS<Scalar>();
   // Check if outside bounding box
@@ -250,7 +250,7 @@ IGL_INLINE std::vector<int> igl::AABB<DerivedV,DIM>::find(
           const Vector2S V2 = V.row(Ele(m_primitive,1));
           const Vector2S V3 = V.row(Ele(m_primitive,2));
           // Hack for now to keep templates simple. If becomes bottleneck
-          // consider using std::enable_if_t 
+          // consider using std::enable_if_t
           const Vector2S q2 = q.head(2);
           a1 = doublearea_single(V1,V2,q2);
           a2 = doublearea_single(V2,V3,q2);
@@ -266,9 +266,9 @@ IGL_INLINE std::vector<int> igl::AABB<DerivedV,DIM>::find(
     a3 /= sum;
     a4 /= sum;
     if(
-        a1>=-epsilon && 
-        a2>=-epsilon && 
-        a3>=-epsilon && 
+        a1>=-epsilon &&
+        a2>=-epsilon &&
+        a3>=-epsilon &&
         a4>=-epsilon)
     {
       return std::vector<int>(1,m_primitive);
@@ -345,10 +345,10 @@ IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::serialize(
 
 template <typename DerivedV, int DIM>
 template <typename DerivedEle>
-IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar 
+IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar
 igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
   const RowVectorDIMS & p,
   int & i,
   Eigen::PlainObjectBase<RowVectorDIMS> & c) const
@@ -359,10 +359,10 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
 
 template <typename DerivedV, int DIM>
 template <typename DerivedEle>
-IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar 
+IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar
 igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
   const RowVectorDIMS & p,
   Scalar low_sqr_d,
   Scalar up_sqr_d,
@@ -393,7 +393,7 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
     {
       int i_left;
       RowVectorDIMS c_left = c;
-      Scalar sqr_d_left = 
+      Scalar sqr_d_left =
         m_left->squared_distance(V,Ele,p,low_sqr_d,sqr_d,i_left,c_left);
       this->set_min(p,sqr_d_left,i_left,c_left,sqr_d,i,c);
       looked_left = true;
@@ -401,8 +401,8 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
     const auto & look_right = [&]()
     {
       int i_right;
-      Eigen::PlainObjectBase<RowVectorDIMS> c_right = c;
-      Scalar sqr_d_right = 
+      RowVectorDIMS c_right = c;
+      Scalar sqr_d_right =
         m_right->squared_distance(V,Ele,p,low_sqr_d,sqr_d,i_right,c_right);
       this->set_min(p,sqr_d_right,i_right,c_right,sqr_d,i,c);
       looked_right = true;
@@ -418,9 +418,9 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
       look_right();
     }
     // if haven't looked left and could be less than current min, then look
-    Scalar left_up_sqr_d = 
+    Scalar left_up_sqr_d =
       m_left->m_box.squaredExteriorDistance(p.transpose());
-    Scalar right_up_sqr_d = 
+    Scalar right_up_sqr_d =
       m_right->m_box.squaredExteriorDistance(p.transpose());
     if(left_up_sqr_d < right_up_sqr_d)
     {
@@ -449,10 +449,10 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
 
 template <typename DerivedV, int DIM>
 template <typename DerivedEle>
-IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar 
+IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar
 igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
   const RowVectorDIMS & p,
   Scalar up_sqr_d,
   int & i,
@@ -464,13 +464,13 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
 template <typename DerivedV, int DIM>
 template <
   typename DerivedEle,
-  typename DerivedP, 
-  typename DerivedsqrD, 
-  typename DerivedI, 
+  typename DerivedP,
+  typename DerivedsqrD,
+  typename DerivedI,
   typename DerivedC>
 IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
   const Eigen::MatrixBase<DerivedP> & P,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedsqrD> & sqrD,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedI> & I,
@@ -493,24 +493,24 @@ IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
 }
 
 template <typename DerivedV, int DIM>
-template < 
+template <
   typename DerivedEle,
   typename Derivedother_V,
   typename Derivedother_Ele,
-  typename DerivedsqrD, 
-  typename DerivedI, 
+  typename DerivedsqrD,
+  typename DerivedI,
   typename DerivedC>
 IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
   const AABB<Derivedother_V,DIM> & other,
   const Eigen::MatrixBase<Derivedother_V> & other_V,
-  const Eigen::MatrixBase<Derivedother_Ele> & other_Ele, 
+  const Eigen::MatrixBase<Derivedother_Ele> & other_Ele,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedsqrD> & sqrD,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedI> & I,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C) const
 {
-  assert(other_Ele.cols() == 1 && 
+  assert(other_Ele.cols() == 1 &&
     "Only implemented for other as list of points");
   assert(other_V.cols() == V.cols() && "other must match this dimension");
   sqrD.setConstant(other_Ele.rows(),1,std::numeric_limits<double>::infinity());
@@ -528,20 +528,20 @@ IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
 }
 
 template <typename DerivedV, int DIM>
-template < 
+template <
   typename DerivedEle,
   typename Derivedother_V,
   typename Derivedother_Ele,
-  typename DerivedsqrD, 
-  typename DerivedI, 
+  typename DerivedsqrD,
+  typename DerivedI,
   typename DerivedC>
-IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar 
+IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar
   igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance_helper(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
   const AABB<Derivedother_V,DIM> * other,
   const Eigen::MatrixBase<Derivedother_V> & other_V,
-  const Eigen::MatrixBase<Derivedother_Ele> & other_Ele, 
+  const Eigen::MatrixBase<Derivedother_Ele> & other_Ele,
   const Scalar /*up_sqr_d*/,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedsqrD> & sqrD,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedI> & I,
@@ -731,9 +731,9 @@ IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar
       //assert(mc == mm);
       // Only look left/right in this_list if can possible decrease somebody's
       // distance in this_tree.
-      const Scalar min_this_other = min_squared_distance(this_tree,other_tree); 
+      const Scalar min_this_other = min_squared_distance(this_tree,other_tree);
       if(
-          min_this_other < sqr_d && 
+          min_this_other < sqr_d &&
           min_this_other < other_tree->m_low_sqr_d)
       {
         //cout<<"before: "<<other_low_sqr_d(child)<<endl;
@@ -764,7 +764,7 @@ template <typename DerivedV, int DIM>
 template <typename DerivedEle>
 IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::leaf_squared_distance(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
   const RowVectorDIMS & p,
   const Scalar low_sqr_d,
   Scalar & sqr_d,
@@ -789,7 +789,7 @@ template <typename DerivedV, int DIM>
 template <typename DerivedEle>
 IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::leaf_squared_distance(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
   const RowVectorDIMS & p,
   Scalar & sqr_d,
   int & i,
@@ -801,7 +801,7 @@ IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::leaf_squared_distance(
 
 template <typename DerivedV, int DIM>
 IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::set_min(
-  const RowVectorDIMS & 
+  const RowVectorDIMS &
 #ifndef NDEBUG
   p
 #endif
@@ -831,10 +831,10 @@ IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::set_min(
 
 template <typename DerivedV, int DIM>
 template <typename DerivedEle>
-IGL_INLINE bool 
+IGL_INLINE bool
 igl::AABB<DerivedV,DIM>::intersect_ray(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
   const RowVectorDIMS & origin,
   const RowVectorDIMS & dir,
   std::vector<igl::Hit> & hits) const
@@ -874,10 +874,10 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::intersect_ray(
 
 template <typename DerivedV, int DIM>
 template <typename DerivedEle>
-IGL_INLINE bool 
+IGL_INLINE bool
 igl::AABB<DerivedV,DIM>::intersect_ray(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
   const RowVectorDIMS & origin,
   const RowVectorDIMS & dir,
   igl::Hit & hit) const
@@ -932,10 +932,10 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::intersect_ray(
 
 template <typename DerivedV, int DIM>
 template <typename DerivedEle>
-IGL_INLINE bool 
+IGL_INLINE bool
 igl::AABB<DerivedV,DIM>::intersect_ray(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele,
   const RowVectorDIMS & origin,
   const RowVectorDIMS & dir,
   const Scalar _min_t,
@@ -1001,7 +1001,7 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::intersect_ray(
 
 // This is a bullshit template because AABB annoyingly needs templates for bad
 // combinations of 3D V with DIM=2 AABB
-// 
+//
 // _Define_ as a no-op rather than monkeying around with the proper code above
 //
 // Meanwhile, GCC seems to have a bug. Let's see if GCC likes using explicit

include/igl/adjacency_matrix.cpp

@@ -23,15 +23,16 @@ IGL_INLINE void igl::adjacency_matrix(
   typedef Triplet<T> IJV;
   vector<IJV > ijv;
   ijv.reserve(F.size()*2);
-  // Loop over faces
+  // Loop over **simplex** (i.e., **not quad**)
   for(int i = 0;i<F.rows();i++)
   {
-    // Loop over this face
+    // Loop over this **simplex**
     for(int j = 0;j<F.cols();j++)
+    for(int k = j+1;k<F.cols();k++)
     {
       // Get indices of edge: s --> d
       Index s = F(i,j);
-      Index d = F(i,(j+1)%F.cols());
+      Index d = F(i,k);
       ijv.push_back(IJV(s,d,1));
       ijv.push_back(IJV(d,s,1));
     }

include/igl/colon.cpp

@@ -61,5 +61,6 @@ template void igl::colon<double, double, double, double>(double, double, double,
 template void igl::colon<int, int, long>(int, int, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>&);
 #ifdef WIN32
 template void igl::colon<int, long long,long>(int, long long, class Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> &);
+template void igl::colon<int, __int64, __int64>(int, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> &);
 #endif
 #endif

include/igl/colormap.cpp

@@ -1378,7 +1378,7 @@ IGL_INLINE void igl::colormap(
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C)
 {
   const double min_z = normalize ? Z.minCoeff() : 0;
-  const double max_z = normalize ? Z.maxCoeff() : -1;
+  const double max_z = normalize ? Z.maxCoeff() : 1;
   return colormap(cm, Z, min_z, max_z, C);
 }
 

include/igl/combine.cpp

@@ -7,19 +7,26 @@
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "combine.h"
 #include <cassert>
+
 template <
   typename DerivedVV, 
   typename DerivedFF, 
   typename DerivedV, 
-  typename DerivedF>
+  typename DerivedF,
+  typename DerivedVsizes,
+  typename DerivedFsizes>
 IGL_INLINE void igl::combine(
   const std::vector<DerivedVV> & VV,
   const std::vector<DerivedFF> & FF,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F)
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedVsizes> & Vsizes,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedFsizes> & Fsizes)
 {
   assert(VV.size() == FF.size() && 
     "Lists of verex lists and face lists should be same size");
+  Vsizes.resize(VV.size());
+  Fsizes.resize(FF.size());
   // Dimension of vertex positions
   const int dim = VV.size() > 0 ? VV[0].cols() : 0;
   // Simplex/element size
@@ -30,8 +37,10 @@ IGL_INLINE void igl::combine(
   {
     const auto & Vi = VV[i];
     const auto & Fi = FF[i];
+    Vsizes(i) = Vi.rows();
     n+=Vi.rows();
     assert(dim == Vi.cols() && "All vertex lists should have same #columns");
+    Fsizes(i) = Fi.rows();
     m+=Fi.rows();
     assert(ss == Fi.cols() && "All face lists should have same #columns");
   }
@@ -56,8 +65,23 @@ IGL_INLINE void igl::combine(
   }
 }
 
+template <
+  typename DerivedVV, 
+  typename DerivedFF, 
+  typename DerivedV, 
+  typename DerivedF>
+IGL_INLINE void igl::combine(
+  const std::vector<DerivedVV> & VV,
+  const std::vector<DerivedFF> & FF,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F)
+{
+  Eigen::VectorXi Vsizes,Fsizes;
+  return igl::combine(VV,FF,V,F,Vsizes,Fsizes);
+}
+
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
-// Explicit template instantiations
+// Explicit template instantiation
+template void igl::combine<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<unsigned long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<unsigned long, -1, 1, 0, -1, 1> >(std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::combine<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
 #endif
-

include/igl/combine.h

@@ -26,10 +26,27 @@ namespace igl
   //     vertex positions
   //   F   FF[0].rows()+...+FF[k-1].rows() by FF[0].cols() list of mesh faces
   //     indices into V
+  //   Vsizes  k list so that Vsizes(i) is the #vertices in the ith input
+  //   Fsizes  k list so that Fsizes(i) is the #faces in the ith input
   // Example:
   //   // Suppose you have mesh A (VA,FA) and mesh B (VB,FB)
   //   igl::combine<Eigen::MatrixXd,Eigen::MatrixXi>({VA,VB},{FA,FB},V,F);
   //
+  //
+  template <
+    typename DerivedVV, 
+    typename DerivedFF, 
+    typename DerivedV, 
+    typename DerivedF,
+    typename DerivedVsizes,
+    typename DerivedFsizes>
+  IGL_INLINE void combine(
+    const std::vector<DerivedVV> & VV,
+    const std::vector<DerivedFF> & FF,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedVsizes> & Vsizes,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedFsizes> & Fsizes);
   template <
     typename DerivedVV, 
     typename DerivedFF, 

include/igl/copyleft/cgal/cell_adjacency.cpp

@@ -28,4 +28,7 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::cell_adjacency(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 template void igl::copyleft::cgal::cell_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, unsigned long, std::vector<std::set<std::tuple<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, bool, unsigned long>, std::less<std::tuple<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, bool, unsigned long> >, std::allocator<std::tuple<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, bool, unsigned long> > >, std::allocator<std::set<std::tuple<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, bool, unsigned long>, std::less<std::tuple<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, bool, unsigned long> >, std::allocator<std::tuple<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, bool, unsigned long> > > > >&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::copyleft::cgal::cell_adjacency<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, unsigned __int64, class std::vector<class std::set<class std::tuple<int, bool, unsigned __int64>, struct std::less<class std::tuple<int, bool, unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::tuple<int, bool, unsigned __int64>>>, class std::allocator<class std::set<class std::tuple<int, bool, unsigned __int64>, struct std::less<class std::tuple<int, bool, unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::tuple<int, bool, unsigned __int64>>>>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/extract_cells.cpp

@@ -539,4 +539,9 @@ template unsigned long igl::copyleft::cgal::extract_cells<Eigen::Matrix<CGAL::La
 #include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
 template unsigned long igl::copyleft::cgal::extract_cells<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template unsigned long igl::copyleft::cgal::extract_cells<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+#ifdef WIN32
+template unsigned __int64 igl::copyleft::cgal::extract_cells<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);
+template unsigned __int64 igl::copyleft::cgal::extract_cells<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);
+template unsigned __int64 igl::copyleft::cgal::extract_cells<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/mesh_boolean.cpp

@@ -15,6 +15,7 @@
 #include "relabel_small_immersed_cells.h"
 #include "remesh_self_intersections.h"
 #include "string_to_mesh_boolean_type.h"
+#include "../../combine.h"
 #include "../../cumsum.h"
 #include "../../extract_manifold_patches.h"
 #include "../../get_seconds.h"
@@ -137,33 +138,11 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean(
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedFC > & FC,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ > & J)
 {
-  assert(Flist.size() == Vlist.size() && "#Vlist and #Flist should match");
-  const size_t num_inputs = Vlist.size();
-  // Gather sizes
-  Eigen::Matrix<size_t,Eigen::Dynamic,1> sizes(num_inputs);
-  int numf = 0;
-  int numv = 0;
-  for(int i = 0;i<num_inputs;i++)
-  {
-    sizes(i) = Flist[i].rows();
-    numf += Flist[i].rows();
-    numv += Vlist[i].rows();
-  }
-  // Combined mesh
-  DerivedV VV(numv,3);
-  DerivedF FF(numf,3);
-  {
-    int fk = 0;
-    int vk = 0;
-    for(int i = 0;i<num_inputs;i++)
-    {
-      FF.block(fk,0,Flist[i].rows(),3) = Flist[i].array() + vk;
-      fk += Flist[i].rows();
-      VV.block(vk,0,Vlist[i].rows(),3) = Vlist[i];
-      vk += Vlist[i].rows();
-    }
-  }
-  return mesh_boolean(VV,FF,sizes,wind_num_op,keep,VC,FC,J);
+  DerivedV VV;
+  DerivedF FF;
+  Eigen::Matrix<size_t,Eigen::Dynamic,1> Vsizes,Fsizes;
+  igl::combine(Vlist,Flist,VV,FF,Vsizes,Fsizes);
+  return mesh_boolean(VV,FF,Fsizes,wind_num_op,keep,VC,FC,J);
 }
 
 template <
@@ -456,4 +435,7 @@ template bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_n
 template bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::MeshBooleanType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::MeshBooleanType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > > const&, std::function<int (Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1>)> const&, std::function<int (int, int)> const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#ifdef WIN32
+template bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, enum igl::MeshBooleanType const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/order_facets_around_edge.cpp

@@ -414,4 +414,15 @@ template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::
 template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &, bool);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &, bool);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &, bool);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/outer_element.cpp

@@ -218,4 +218,15 @@ template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<
 template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/outer_facet.cpp

@@ -172,4 +172,9 @@ template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt
 template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
 template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
 template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, int&, bool&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, unsigned __int64 &, bool &);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, unsigned __int64 &, bool &);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, unsigned __int64 &, bool &);
+#endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/projected_cdt.cpp

@@ -75,4 +75,8 @@ template void igl::copyleft::cgal::projected_cdt<CGAL::Epick, long>(std::vector<
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::projected_cdt<CGAL::Epeck, long>(std::vector<CGAL::Object, std::allocator<CGAL::Object> > const&, CGAL::Plane_3<CGAL::Epeck> const&, std::vector<CGAL::Point_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Point_3<CGAL::Epeck> > >&, std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >&);
 #include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
+#ifdef WIN32
+template void igl::copyleft::cgal::projected_cdt<class CGAL::Epeck, __int64>(class std::vector<class CGAL::Object, class std::allocator<class CGAL::Object>> const &, class CGAL::Plane_3<class CGAL::Epeck> const &, class std::vector<class CGAL::Point_3<class CGAL::Epeck>, class std::allocator<class CGAL::Point_3<class CGAL::Epeck>>> &, class std::vector<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64>>, class std::allocator<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64>>>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::projected_cdt<class CGAL::Epick, __int64>(class std::vector<class CGAL::Object, class std::allocator<class CGAL::Object>> const &, class CGAL::Plane_3<class CGAL::Epick> const &, class std::vector<class CGAL::Point_3<class CGAL::Epick>, class std::allocator<class CGAL::Point_3<class CGAL::Epick>>> &, class std::vector<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64>>, class std::allocator<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64>>>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/propagate_winding_numbers.cpp

@@ -316,4 +316,8 @@ template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<Eigen::Matrix<CGAL:
 // generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, unsigned long, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, unsigned long, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+#ifdef WIN32
+template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, unsigned __int64, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, unsigned __int64, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);
+template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, unsigned __int64, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, unsigned __int64, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/remesh_intersections.cpp

@@ -10,6 +10,7 @@
 #include "assign_scalar.h"
 #include "projected_cdt.h"
 #include "../../get_seconds.h"
+#include "../../parallel_for.h"
 #include "../../LinSpaced.h"
 #include "../../unique_rows.h"
 
@@ -375,18 +376,21 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(
     std::vector<std::vector<Point_3> > cdt_vertices(num_cdts);
     std::vector<std::vector<std::vector<Index> > > cdt_faces(num_cdts);
 
-    const auto cdt = [&](const size_t first, const size_t last) 
+    //// Not clear whether this is safe because of reference counting on Point_3
+    //// objects...
+    //// 
+    //// I tried it and got random segfaults (via MATLAB). Seems this is not
+    //// safe.
+    //igl::parallel_for(num_cdts,[&](int i)
+    for (size_t i=0; i<num_cdts; i++) 
     {
-      for (size_t i=first; i<last; i++) 
-      {
-        auto& vertices = cdt_vertices[i];
-        auto& faces = cdt_faces[i];
-        const auto& P = cdt_inputs[i].first;
-        const auto& involved_faces = cdt_inputs[i].second;
-        delaunay_triangulation(P, involved_faces, vertices, faces);
-      }
-    };
-    cdt(0, num_cdts);
+      auto& vertices = cdt_vertices[i];
+      auto& faces = cdt_faces[i];
+      const auto& P = cdt_inputs[i].first;
+      const auto& involved_faces = cdt_inputs[i].second;
+      delaunay_triangulation(P, involved_faces, vertices, faces);
+    }
+    //,1000);
 #ifdef REMESH_INTERSECTIONS_TIMING
     log_time("cdt");
 #endif
@@ -511,4 +515,10 @@ template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, -1,   0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck,   Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>,   Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>,   Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double,   -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0,   -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>,   std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > > const&,   std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index,   std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index,   CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1,   0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1,   -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int,   -1, -1, 0, -1, -1>::Index const,   std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index,   CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1,   0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3,   0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class CGAL::Epeck, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epeck>, class std::allocator<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epeck>>> const &, class std::map<__int64, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>, struct std::less<__int64>, class std::allocator<struct std::pair<__int64 const, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>>>> const &, bool, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class CGAL::Epick, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epick>, class std::allocator<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epick>>> const &, class std::map<__int64, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>, struct std::less<__int64>, class std::allocator<struct std::pair<__int64 const, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>>>> const &, bool, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class CGAL::Epeck, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epeck>, class std::allocator<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epeck>>> const &, class std::map<__int64, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>, struct std::less<__int64>, class std::allocator<struct std::pair<__int64 const, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>>>> const &, bool, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class CGAL::Epick, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epick>, class std::allocator<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epick>>> const &, class std::map<__int64, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>, struct std::less<__int64>, class std::allocator<struct std::pair<__int64 const, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>>>> const &, bool, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/remesh_self_intersections.cpp

@@ -101,4 +101,8 @@ template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<Eigen::Matrix<CGAL:
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, struct igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, struct igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/wire_mesh.cpp

@@ -18,6 +18,7 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::wire_mesh(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedWE> & WE,
   const double th,
   const int poly_size,
+  const bool solid,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ> & J)
@@ -166,12 +167,36 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::wire_mesh(
   }
 
   list_to_matrix(vF,F);
-  // Self-union to clean up 
-  igl::copyleft::cgal::mesh_boolean(
-    Eigen::MatrixXd(V),Eigen::MatrixXi(F),Eigen::MatrixXd(),Eigen::MatrixXi(),
-    "union",
-    V,F,J);
-  for(int j=0;j<J.size();j++) J(j) = vJ[J(j)];
+  if(solid)
+  {
+    // Self-union to clean up 
+    igl::copyleft::cgal::mesh_boolean(
+      Eigen::MatrixXd(V),Eigen::MatrixXi(F),Eigen::MatrixXd(),Eigen::MatrixXi(),
+      "union",
+      V,F,J);
+    for(int j=0;j<J.size();j++) J(j) = vJ[J(j)];
+  }else
+  {
+    list_to_matrix(vJ,J);
+  }
+}
+
+template <
+  typename DerivedWV,
+  typename DerivedWE,
+  typename DerivedV,
+  typename DerivedF,
+  typename DerivedJ>
+IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::wire_mesh(
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedWV> & WV,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedWE> & WE,
+  const double th,
+  const int poly_size,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ> & J)
+{
+  return wire_mesh(WV,WE,th,poly_size,true,V,F,J);
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY

include/igl/copyleft/cgal/wire_mesh.h

@@ -6,24 +6,26 @@ namespace igl
 {
   namespace copyleft
   {
-    // Construct a "wire" or "wireframe" or "strut" surface mesh, given a
-    // one-dimensional network of straight edges.
-    //
-    // Inputs:
-    //   WV  #WV by 3 list of vertex positions
-    //   WE  #WE by 2 list of edge indices into WV
-    //   th  diameter thickness of wire 
-    //   poly_size  number of sides on each wire (e.g., 4 would produce wires by
-    //     connecting rectangular prisms).
-    // Outputs:
-    //   V  #V by 3 list of output vertices
-    //   F  #F by 3 list of output triangle indices into V
-    //   J  #F list of indices into [0,#WV+#WE) revealing "birth simplex" of
-    //     output faces J(j) < #WV means the face corresponds to the J(j)th
-    //     vertex in WV. J(j) >= #WV means the face corresponds to the
-    //     (J(j)-#WV)th edge in WE.
     namespace cgal
     {
+      // Construct a "wire" or "wireframe" or "strut" surface mesh, given a
+      // one-dimensional network of straight edges.
+      //
+      // Inputs:
+      //   WV  #WV by 3 list of vertex positions
+      //   WE  #WE by 2 list of edge indices into WV
+      //   th  diameter thickness of wire 
+      //   poly_size  number of sides on each wire (e.g., 4 would produce wires by
+      //     connecting rectangular prisms).
+      //   solid  whether to resolve self-intersections to
+      //     create a "solid" output mesh (cf., [Zhou et al. 2016]
+      // Outputs:
+      //   V  #V by 3 list of output vertices
+      //   F  #F by 3 list of output triangle indices into V
+      //   J  #F list of indices into [0,#WV+#WE) revealing "birth simplex" of
+      //     output faces J(j) < #WV means the face corresponds to the J(j)th
+      //     vertex in WV. J(j) >= #WV means the face corresponds to the
+      //     (J(j)-#WV)th edge in WE.
       template <
         typename DerivedWV,
         typename DerivedWE,
@@ -35,9 +37,26 @@ namespace igl
         const Eigen::MatrixBase<DerivedWE> & WE,
         const double th,
         const int poly_size,
+        const bool solid,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ> & J);
+      // Default with solid=true
+      template <
+        typename DerivedWV,
+        typename DerivedWE,
+        typename DerivedV,
+        typename DerivedF,
+        typename DerivedJ>
+      IGL_INLINE void wire_mesh(
+        const Eigen::MatrixBase<DerivedWV> & WV,
+        const Eigen::MatrixBase<DerivedWE> & WE,
+        const double th,
+        const int poly_size,
+        Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
+        Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+        Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ> & J);
+
     }
   }
 }

include/igl/copyleft/offset_surface.cpp

@@ -60,4 +60,5 @@ void igl::copyleft::offset_surface(
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::offset_surface<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, double, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, double, Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3>::Scalar, igl::SignedDistanceType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::offset_surface<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, float, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, float, Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3>::Scalar, igl::SignedDistanceType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::offset_surface<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, double, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, double, Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3>::Scalar, igl::SignedDistanceType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/cumsum.cpp

@@ -64,4 +64,8 @@ template void igl::cumsum<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<
 template void igl::cumsum<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> >&);
 template void igl::cumsum<Eigen::Matrix<unsigned long, 2, 1, 0, 2, 1>, Eigen::Matrix<unsigned long, 2, 1, 0, 2, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<unsigned long, 2, 1, 0, 2, 1> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned long, 2, 1, 0, 2, 1> >&);
 template void igl::cumsum<Eigen::Matrix<unsigned long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<unsigned long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<unsigned long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::cumsum<class Eigen::Matrix<unsigned __int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<unsigned __int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<unsigned __int64, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, int, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<unsigned __int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::cumsum<class Eigen::Matrix<unsigned __int64, 2, 1, 0, 2, 1>, class Eigen::Matrix<unsigned __int64, 2, 1, 0, 2, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<unsigned __int64, 2, 1, 0, 2, 1>> const &, int, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<unsigned __int64, 2, 1, 0, 2, 1>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/edges.cpp

@@ -7,6 +7,7 @@
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "edges.h"
 #include "adjacency_matrix.h"
+#include <iostream>
 
 template <typename DerivedF, typename DerivedE>
 IGL_INLINE void igl::edges(

include/igl/extract_manifold_patches.cpp

@@ -93,10 +93,11 @@ IGL_INLINE size_t igl::extract_manifold_patches(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
-template unsigned long igl::extract_manifold_patches<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
 template unsigned long igl::extract_manifold_patches<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,   Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-#ifndef WIN32
 template size_t igl::extract_manifold_patches<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template unsigned long igl::extract_manifold_patches<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&); 
+#ifdef WIN32
+template unsigned __int64 igl::extract_manifold_patches<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template unsigned __int64 igl::extract_manifold_patches<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
 #endif
 #endif

include/igl/hessian.cpp

@@ -27,15 +27,15 @@ IGL_INLINE void igl::hessian(
     typedef typename Eigen::SparseMatrix<Scalar> SparseMat;
     typedef typename Eigen::DiagonalMatrix
                        <Scalar, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> DiagMat;
-    
+
     int dim = V.cols();
     assert((dim==2 || dim==3) &&
            "The dimension of the vertices should be 2 or 3");
-    
+
     //Construct the combined gradient matric
     SparseMat G;
-    igl::grad(Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>(V),
-              Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>(F),
+    igl::grad(DerivedV(V),
+              DerivedF(F),
               G, false);
     SparseMat GG(F.rows(), dim*V.rows());
     GG.reserve(G.nonZeros());
@@ -43,12 +43,12 @@ IGL_INLINE void igl::hessian(
         GG.middleCols(i*G.cols(),G.cols()) = G.middleRows(i*F.rows(),F.rows());
     SparseMat D;
     igl::repdiag(GG,dim,D);
-    
+
     //Compute area matrix
     VecXd areas;
     igl::doublearea(V, F, areas);
     DiagMat A = (0.5*areas).replicate(dim,1).asDiagonal();
-    
+
     //Compute FEM Hessian
     H = D.transpose()*A*G;
 }

include/igl/hessian_energy.cpp

@@ -25,35 +25,35 @@ IGL_INLINE void igl::hessian_energy(
     typedef typename Eigen::SparseMatrix<Scalar> SparseMat;
     typedef typename Eigen::DiagonalMatrix
                        <Scalar, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> DiagMat;
-    
+
     int dim = V.cols();
     assert((dim==2 || dim==3) &&
            "The dimension of the vertices should be 2 or 3");
-    
+
     SparseMat M;
     igl::massmatrix(V,F,igl::MASSMATRIX_TYPE_VORONOI,M);
-    
+
     //Kill non-interior DOFs
     VecXd Mint = M.diagonal();
     std::vector<std::vector<int> > bdryLoop;
-    igl::boundary_loop(Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>(F),bdryLoop);
+    igl::boundary_loop(DerivedF(F),bdryLoop);
     for(const std::vector<int>& loop : bdryLoop)
         for(const int& bdryVert : loop)
             Mint(bdryVert) = 0.;
-    
+
     //Invert Mint
     for(int i=0; i<Mint.rows(); ++i)
         if(Mint(i) > 0)
             Mint(i) = 1./Mint(i);
-    
+
     //Repeat Mint to form diaginal matrix
     DiagMat stackedMinv = Mint.replicate(dim*dim,1).asDiagonal();
-    
+
     //Compute squared Hessian
     SparseMat H;
     igl::hessian(V,F,H);
     Q = H.transpose()*stackedMinv*H;
-    
+
 }
 
 

include/igl/ismember.cpp

@@ -12,6 +12,7 @@
 #include "sortrows.h"
 #include "unique.h"
 #include "unique_rows.h"
+#include <iostream>
 
 template <
   typename DerivedA,
@@ -153,10 +154,11 @@ IGL_INLINE void igl::ismember_rows(
     bool past = false;
     for(int a = 0;a<sA.rows();a++)
     {
+      assert(bi < sB.rows());
       while(!past && row_greater_than(a,bi))
       {
         bi++;
-        past = bi>=sB.size();
+        past = bi>=sB.rows();
       }
       if(!past && (sA.row(a).array()==sB.row(bi).array()).all() )
       {
@@ -179,4 +181,5 @@ template void igl::ismember<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix
 template void igl::ismember_rows<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::ismember_rows<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::ismember_rows<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::ismember_rows<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4>, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/mosek/mosek_quadprog.cpp

@@ -28,6 +28,9 @@ igl::mosek::MosekData::MosekData()
   // 1e-4 seems safe
   // 1e-8 MOSEK DEFAULT SOLUTION
   douparam[MSK_DPAR_INTPNT_TOL_REL_GAP]=1e-8;
+#if MSK_VERSION_MAJOR >= 8
+  douparam[MSK_DPAR_INTPNT_QO_TOL_REL_GAP]=1e-12;
+#endif
   // Force using multiple threads, not sure if MOSEK is properly destorying
   //extra threads...
 #if MSK_VERSION_MAJOR >= 7

include/igl/opengl/vertex_array.cpp

@@ -0,0 +1,61 @@
+#include "vertex_array.h"
+#include <igl/opengl/report_gl_error.h>
+
+template <
+  typename DerivedV,
+  typename DerivedF>
+IGL_INLINE void igl::opengl::vertex_array(
+  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
+  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+  GLuint & va_id,
+  GLuint & ab_id,
+  GLuint & eab_id)
+{
+  // Inputs should be in RowMajor storage. If not, we have no choice but to
+  // create a copy.
+  if(!(V.Options & Eigen::RowMajor))
+  {
+    Eigen::Matrix<
+      typename DerivedV::Scalar,
+      DerivedV::RowsAtCompileTime,
+      DerivedV::ColsAtCompileTime,
+      Eigen::RowMajor> VR = V;
+    return vertex_array(VR,F,va_id,ab_id,eab_id);
+  }
+  if(!(F.Options & Eigen::RowMajor))
+  {
+    Eigen::Matrix<
+      typename DerivedF::Scalar,
+      DerivedF::RowsAtCompileTime,
+      DerivedF::ColsAtCompileTime,
+      Eigen::RowMajor> FR = F;
+    return vertex_array(V,FR,va_id,ab_id,eab_id);
+  }
+  // Generate and attach buffers to vertex array
+  glGenVertexArrays(1, &va_id);
+  glGenBuffers(1, &ab_id);
+  glGenBuffers(1, &eab_id);
+  glBindVertexArray(va_id);
+  glBindBuffer(GL_ARRAY_BUFFER, ab_id);
+  const auto size_VScalar = sizeof(typename DerivedV::Scalar);
+  const auto size_FScalar = sizeof(typename DerivedF::Scalar);
+  glBufferData(GL_ARRAY_BUFFER,size_VScalar*V.size(),V.data(),GL_STATIC_DRAW);
+  glBindBuffer(GL_ELEMENT_ARRAY_BUFFER, eab_id);
+  assert(sizeof(GLuint) == size_FScalar && "F type does not match GLuint");
+  glBufferData(
+    GL_ELEMENT_ARRAY_BUFFER, sizeof(GLuint)*F.size(), F.data(), GL_STATIC_DRAW);
+  glVertexAttribPointer(
+    0,
+    V.cols(),
+    size_VScalar==sizeof(float)?GL_FLOAT:GL_DOUBLE,
+    GL_FALSE,
+    V.cols()*size_VScalar,
+    (GLvoid*)0);
+  glEnableVertexAttribArray(0);
+  glBindBuffer(GL_ARRAY_BUFFER, 0); 
+  glBindVertexArray(0);
+}
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+template void igl::opengl::vertex_array<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, unsigned int&, unsigned int&, unsigned int&);
+#endif

include/igl/opengl/vertex_array.h

@@ -0,0 +1,38 @@
+#ifndef IGL_OPENGL_VERTEX_ARRAY_H
+#define IGL_OPENGL_VERTEX_ARRAY_H
+#include <igl/opengl/../igl_inline.h>
+#include <igl/opengl/gl.h>
+#include <Eigen/Core>
+namespace igl
+{
+  namespace opengl
+  {
+    // Create a GL_VERTEX_ARRAY for a given mesh (V,F)
+    //
+    // Inputs:
+    //   V  #V by dim list of mesh vertex positions
+    //   F  #F by 3 list of mesh triangle indices into V
+    // Outputs:
+    //   va_id  id of vertex array
+    //   ab_id  id of array buffer (vertex buffer object)
+    //   eab_id  id of element array buffer (element/face buffer object)
+    //
+    template <
+      typename DerivedV,
+      typename DerivedF>
+    IGL_INLINE void vertex_array(
+      // Note: Unlike most libigl functions, the **input** Eigen matrices must
+      // be `Eigen::PlainObjectBase` because we want to directly access it's
+      // underlying storage. It cannot be `Eigen::MatrixBase` (see
+      // http://stackoverflow.com/questions/25094948/)
+      const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
+      const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+      GLuint & va_id,
+      GLuint & ab_id,
+      GLuint & eab_id);
+  }
+}
+#ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
+#  include "vertex_array.cpp"
+#endif
+#endif

include/igl/piecewise_constant_winding_number.cpp

@@ -74,4 +74,8 @@ IGL_INLINE bool igl::piecewise_constant_winding_number(
 // generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::piecewise_constant_winding_number<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&);
 template bool igl::piecewise_constant_winding_number<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&);
+#ifdef WIN32
+template bool igl::piecewise_constant_winding_number<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &);
+template bool igl::piecewise_constant_winding_number<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &);
+#endif
 #endif

include/igl/reorder.cpp

@@ -31,6 +31,7 @@ IGL_INLINE void igl::reorder(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::reorder<float>(std::vector<float, std::allocator<float> > const&, std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > const&, std::vector<float, std::allocator<float> >&);
 template void igl::reorder<double>(std::vector<double, std::allocator<double> > const&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> > const&, std::vector<double, std::allocator<double> >&);
 template void igl::reorder<int>(std::vector<int, std::allocator<int> > const&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> > const&, std::vector<int, std::allocator<int> >&);
 #  ifndef IGL_NO_EIGEN

include/igl/resolve_duplicated_faces.cpp

@@ -90,4 +90,7 @@ template void igl::resolve_duplicated_faces<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>,
 template void igl::resolve_duplicated_faces<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::resolve_duplicated_faces<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::resolve_duplicated_faces<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::resolve_duplicated_faces<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/slice.cpp

@@ -354,4 +354,8 @@ template void igl::slice<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<in
 template Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> igl::slice<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> const&);
 template void igl::slice<Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>&);
 template void igl::slice<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::slice<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>>(class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> const &, class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, int, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::slice<class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, int, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/slice_tets.cpp

@@ -8,8 +8,11 @@
 #include "slice_tets.h"
 #include "LinSpaced.h"
 #include "sort.h"
+#include "edges.h"
+#include "slice.h"
 #include "cat.h"
-#include "per_face_normals.h"
+#include "ismember.h"
+#include "unique_rows.h"
 #include <cassert>
 #include <algorithm>
 #include <vector>
@@ -17,30 +20,99 @@
 template <
   typename DerivedV, 
   typename DerivedT, 
-  typename Derivedplane,
-  typename DerivedU,
-  typename DerivedG,
+  typename DerivedS,
+  typename DerivedSV,
+  typename DerivedSF,
   typename DerivedJ,
   typename BCType>
 IGL_INLINE void igl::slice_tets(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedT>& T,
-  const Eigen::PlainObjectBase<Derivedplane> & plane,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedU>& U,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedG>& G,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedT>& T,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedS> & S,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedSV>& SV,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedSF>& SF,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ>& J,
   Eigen::SparseMatrix<BCType> & BC)
 {
+  Eigen::MatrixXi sE;
+  Eigen::Matrix<typename DerivedSV::Scalar,Eigen::Dynamic,1> lambda;
+  igl::slice_tets(V,T,S,SV,SF,J,sE,lambda);
+  const int ns = SV.rows();
+  std::vector<Eigen::Triplet<BCType> > BCIJV(ns*2);
+  for(int i = 0;i<ns;i++)
+  {
+    BCIJV[2*i+0] = Eigen::Triplet<BCType>(i,sE(i,0),    lambda(i));
+    BCIJV[2*i+1] = Eigen::Triplet<BCType>(i,sE(i,1),1.0-lambda(i));
+  }
+  BC.resize(SV.rows(),V.rows());
+  BC.setFromTriplets(BCIJV.begin(),BCIJV.end());
+}
+
+template <
+  typename DerivedV, 
+  typename DerivedT, 
+  typename DerivedS,
+  typename DerivedSV,
+  typename DerivedSF,
+  typename DerivedJ>
+IGL_INLINE void igl::slice_tets(
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedT>& T,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedS> & S,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedSV>& SV,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedSF>& SF,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ>& J)
+{
+  Eigen::MatrixXi sE;
+  Eigen::Matrix<typename DerivedSV::Scalar,Eigen::Dynamic,1> lambda;
+  igl::slice_tets(V,T,S,SV,SF,J,sE,lambda);
+}
+
+template <
+  typename DerivedV, 
+  typename DerivedT, 
+  typename DerivedS,
+  typename DerivedSV,
+  typename DerivedSF,
+  typename DerivedJ,
+  typename DerivedsE,
+  typename Derivedlambda>
+IGL_INLINE void igl::slice_tets(
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedT>& T,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedS> & S,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedSV>& SV,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedSF>& SF,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ>& J,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedsE>& sE,
+  Eigen::PlainObjectBase<Derivedlambda>& lambda)
+{
+
   using namespace Eigen;
   using namespace std;
   assert(V.cols() == 3 && "V should be #V by 3");
   assert(T.cols() == 4 && "T should be #T by 4");
-  assert(plane.size() == 4 && "Plane equation should be 4 coefficients");
+
+  static const Eigen::Matrix<int,12,4> flipped_order = 
+    (Eigen::Matrix<int,12,4>(12,4)<<
+      3,2,0,1,
+      3,1,2,0,
+      3,0,1,2,
+      2,3,1,0,
+      2,1,0,3,
+      2,0,3,1,
+      1,3,0,2,
+      1,2,3,0,
+      1,0,2,3,
+      0,3,2,1,
+      0,2,1,3,
+      0,1,3,2
+    ).finished();
 
   // number of tets
   const size_t m = T.rows();
 
-  typedef typename DerivedV::Scalar Scalar;
+  typedef typename DerivedS::Scalar Scalar;
   typedef typename DerivedT::Scalar Index;
   typedef Matrix<Scalar,Dynamic,1> VectorXS;
   typedef Matrix<Scalar,Dynamic,4> MatrixX4S;
@@ -48,28 +120,29 @@ IGL_INLINE void igl::slice_tets(
   typedef Matrix<Scalar,Dynamic,2> MatrixX2S;
   typedef Matrix<Index,Dynamic,4> MatrixX4I;
   typedef Matrix<Index,Dynamic,3> MatrixX3I;
+  typedef Matrix<Index,Dynamic,2> MatrixX2I;
   typedef Matrix<Index,Dynamic,1> VectorXI;
-  typedef Matrix<bool,Dynamic,1> VectorXb;
+  typedef Array<bool,Dynamic,1> ArrayXb;
   
-  // Value of plane's implicit function at all vertices
-  VectorXS IV = 
-    (V.col(0)*plane(0) + 
-     V.col(1)*plane(1) + 
-     V.col(2)*plane(2)).array()
-    + plane(3);
   MatrixX4S IT(m,4);
   for(size_t t = 0;t<m;t++)
   {
     for(size_t c = 0;c<4;c++)
     {
-      IT(t,c) = IV(T(t,c));
+      IT(t,c) = S(T(t,c));
     }
   }
 
+  // Essentially, just a glorified slice(X,1)
+  // 
+  // Inputs:
+  //   T  #T by 4 list of tet indices into V
+  //   IT  #IT by 4 list of isosurface values at each tet
+  //   I  #I list of bools whether to grab data corresponding to each tet
   const auto & extract_rows = [](
-    const PlainObjectBase<DerivedT> & T,
+    const MatrixBase<DerivedT> & T,
     const MatrixX4S & IT,
-    const VectorXb & I,
+    const ArrayXb & I,
     MatrixX4I  & TI,
     MatrixX4S & ITI,
     VectorXI & JI)
@@ -94,9 +167,9 @@ IGL_INLINE void igl::slice_tets(
     }
   };
 
-  VectorXb I13 = (IT.array()<0).rowwise().count()==1;
-  VectorXb I31 = (IT.array()>0).rowwise().count()==1;
-  VectorXb I22 = (IT.array()<0).rowwise().count()==2;
+  ArrayXb I13 = (IT.array()<0).rowwise().count()==1;
+  ArrayXb I31 = (IT.array()>0).rowwise().count()==1;
+  ArrayXb I22 = (IT.array()<0).rowwise().count()==2;
   MatrixX4I T13,T31,T22;
   MatrixX4S IT13,IT31,IT22;
   VectorXI J13,J31,J22;
@@ -104,7 +177,7 @@ IGL_INLINE void igl::slice_tets(
   extract_rows(T,IT,I31,T31,IT31,J31);
   extract_rows(T,IT,I22,T22,IT22,J22);
 
-  const auto & apply_sort = [] (
+  const auto & apply_sort4 = [] (
      const MatrixX4I & T, 
      const MatrixX4I & sJ, 
      MatrixX4I & sT)
@@ -119,116 +192,165 @@ IGL_INLINE void igl::slice_tets(
     }
   };
 
-  const auto & one_below = [&V,&apply_sort](
+  const auto & apply_sort2 = [] (
+     const MatrixX2I & E, 
+     const MatrixX2I & sJ, 
+     Eigen::PlainObjectBase<DerivedsE>& sE)
+  {
+    sE.resize(E.rows(),2);
+    for(size_t t = 0;t<(size_t)E.rows();t++)
+    {
+      for(size_t c = 0;c<2;c++)
+      {
+        sE(t,c) = E(t,sJ(t,c));
+      }
+    }
+  };
+
+  const auto & one_below = [&apply_sort4](
     const MatrixX4I & T,
     const MatrixX4S & IT,
-    MatrixX3I & G,
-    SparseMatrix<BCType> & BC)
+    MatrixX2I & U,
+    MatrixX3I & SF)
   {
     // Number of tets
     const size_t m = T.rows();
+    if(m == 0)
+    {
+      U.resize(0,2);
+      SF.resize(0,3);
+      return;
+    }
     MatrixX4S sIT;
     MatrixX4I sJ;
     sort(IT,2,true,sIT,sJ);
     MatrixX4I sT;
-    apply_sort(T,sJ,sT);
-    MatrixX3S lambda = 
-      sIT.rightCols(3).array() /
-      (sIT.rightCols(3).colwise()-sIT.col(0)).array();
-    vector<Triplet<BCType> > IJV;
-    IJV.reserve(m*3*2);
+    apply_sort4(T,sJ,sT);
+    U.resize(3*m,2);
+    U<<
+      sT.col(0),sT.col(1),
+      sT.col(0),sT.col(2),
+      sT.col(0),sT.col(3);
+    SF.resize(m,3);
     for(size_t c = 0;c<3;c++)
     {
-      for(size_t t = 0;t<(size_t)m;t++)
-      {
-        IJV.push_back(Triplet<BCType>(c*m+t,  sT(t,0),  lambda(t,c)));
-        IJV.push_back(Triplet<BCType>(c*m+t,sT(t,c+1),1-lambda(t,c)));
-      }
-    }
-    BC.resize(m*3,V.rows());
-    BC.reserve(m*3*2);
-    BC.setFromTriplets(IJV.begin(),IJV.end());
-    G.resize(m,3);
-    for(size_t c = 0;c<3;c++)
-    {
-      G.col(c) = 
+      SF.col(c) = 
         igl::LinSpaced<
-        Eigen::Matrix<typename DerivedG::Scalar,Eigen::Dynamic,1> >
+        Eigen::Matrix<typename DerivedSF::Scalar,Eigen::Dynamic,1> >
         (m,0+c*m,(m-1)+c*m);
     }
+    ArrayXb flip;
+    {
+      VectorXi _;
+      ismember_rows(sJ,flipped_order,flip,_);
+    }
+    for(int i = 0;i<m;i++)
+    {
+      if(flip(i))
+      {
+        SF.row(i) = SF.row(i).reverse().eval();
+      }
+    }
   };
 
-  const auto & two_below = [&V,&apply_sort](
+  const auto & two_below = [&apply_sort4](
     const MatrixX4I & T,
     const MatrixX4S & IT,
-    MatrixX3I & G,
-    SparseMatrix<BCType> & BC)
+    MatrixX2I & U,
+    MatrixX3I & SF)
   {
     // Number of tets
     const size_t m = T.rows();
+    if(m == 0)
+    {
+      U.resize(0,2);
+      SF.resize(0,3);
+      return;
+    }
     MatrixX4S sIT;
     MatrixX4I sJ;
     sort(IT,2,true,sIT,sJ);
     MatrixX4I sT;
-    apply_sort(T,sJ,sT);
-    MatrixX2S lambda = 
-      sIT.rightCols(2).array() /
-      (sIT.rightCols(2).colwise()-sIT.col(0)).array();
-    MatrixX2S gamma = 
-      sIT.rightCols(2).array() /
-      (sIT.rightCols(2).colwise()-sIT.col(1)).array();
-    vector<Triplet<BCType> > IJV;
-    IJV.reserve(m*4*2);
-    for(size_t c = 0;c<2;c++)
+    apply_sort4(T,sJ,sT);
+    U.resize(4*m,2);
+    U<<
+      sT.col(0),sT.col(2),
+      sT.col(0),sT.col(3),
+      sT.col(1),sT.col(2),
+      sT.col(1),sT.col(3);
+    SF.resize(2*m,3);
+    SF.block(0,0,m,1) = igl::LinSpaced<VectorXI >(m,0+0*m,(m-1)+0*m);
+    SF.block(0,1,m,1) = igl::LinSpaced<VectorXI >(m,0+1*m,(m-1)+1*m);
+    SF.block(0,2,m,1) = igl::LinSpaced<VectorXI >(m,0+3*m,(m-1)+3*m);
+    SF.block(m,0,m,1) = igl::LinSpaced<VectorXI >(m,0+0*m,(m-1)+0*m);
+    SF.block(m,1,m,1) = igl::LinSpaced<VectorXI >(m,0+3*m,(m-1)+3*m);
+    SF.block(m,2,m,1) = igl::LinSpaced<VectorXI >(m,0+2*m,(m-1)+2*m);
+    ArrayXb flip;
+    {
+      VectorXi _;
+      ismember_rows(sJ,flipped_order,flip,_);
+    }
+    for(int i = 0;i<m;i++)
     {
-      for(size_t t = 0;t<(size_t)m;t++)
+      if(flip(i))
       {
-        IJV.push_back(Triplet<BCType>(0*2*m+c*m+t,  sT(t,0),  lambda(t,c)));
-        IJV.push_back(Triplet<BCType>(0*2*m+c*m+t,sT(t,c+2),1-lambda(t,c)));
-        IJV.push_back(Triplet<BCType>(1*2*m+c*m+t,  sT(t,1),   gamma(t,c)));
-        IJV.push_back(Triplet<BCType>(1*2*m+c*m+t,sT(t,c+2),1- gamma(t,c)));
+        SF.row(i  ) = SF.row(i  ).reverse().eval();
+        SF.row(i+m) = SF.row(i+m).reverse().eval();
       }
     }
-    BC.resize(m*4,V.rows());
-    BC.reserve(m*4*2);
-    BC.setFromTriplets(IJV.begin(),IJV.end());
-    G.resize(2*m,3);
-    G.block(0,0,m,1) = igl::LinSpaced<VectorXI >(m,0+0*m,(m-1)+0*m);
-    G.block(0,1,m,1) = igl::LinSpaced<VectorXI >(m,0+1*m,(m-1)+1*m);
-    G.block(0,2,m,1) = igl::LinSpaced<VectorXI >(m,0+3*m,(m-1)+3*m);
-    G.block(m,0,m,1) = igl::LinSpaced<VectorXI >(m,0+0*m,(m-1)+0*m);
-    G.block(m,1,m,1) = igl::LinSpaced<VectorXI >(m,0+3*m,(m-1)+3*m);
-    G.block(m,2,m,1) = igl::LinSpaced<VectorXI >(m,0+2*m,(m-1)+2*m);
   };
 
-  MatrixX3I G13,G31,G22;
-  SparseMatrix<BCType> BC13,BC31,BC22;
-  one_below(T13,IT13,G13,BC13);
-  one_below(T31,-IT31,G31,BC31);
-  two_below(T22,IT22,G22,BC22);
-
-  BC = cat(1,cat(1,BC13,BC31),BC22);
-  U = BC*V;
-  G.resize(G13.rows()+G31.rows()+G22.rows(),3);
-  G<<G13,(G31.array()+BC13.rows()),(G22.array()+BC13.rows()+BC31.rows());
-  MatrixX3S N;
-  per_face_normals(U,G,N);
-  Matrix<Scalar,1,3> planeN(plane(0),plane(1),plane(2));
-  VectorXb flip = (N.array().rowwise() * planeN.array()).rowwise().sum()<0;
-  for(size_t g = 0;g<(size_t)G.rows();g++)
+  MatrixX3I SF13,SF31,SF22;
+  MatrixX2I U13,U31,U22;
+  one_below(T13, IT13,U13,SF13);
+  one_below(T31,-IT31,U31,SF31);
+  two_below(T22, IT22,U22,SF22);
+  // https://forum.kde.org/viewtopic.php?f=74&t=107974
+  const MatrixX2I U = 
+    (MatrixX2I(U13.rows()+ U31.rows()+ U22.rows(),2)<<U13,U31,U22).finished();
+  MatrixX2I sU;
   {
-    if(flip(g))
+    MatrixX2I _;
+    sort(U,2,true,sU,_);
+  }
+  MatrixX2I E;
+  VectorXI uI,uJ;
+  unique_rows(sU,E,uI,uJ);
+  MatrixX2S IE(E.rows(),2);
+  for(size_t t = 0;t<E.rows();t++)
+  {
+    for(size_t c = 0;c<2;c++)
     {
-      G.row(g) = G.row(g).reverse().eval();
+      IE(t,c) = S(E(t,c));
     }
   }
+  MatrixX2S sIE;
+  MatrixX2I sJ;
+  sort(IE,2,true,sIE,sJ);
+  apply_sort2(E,sJ,sE);
+  lambda = sIE.col(1).array() / (sIE.col(1)-sIE.col(0)).array();
+  SV.resize(sE.rows(),V.cols());
+  for(int e = 0;e<sE.rows();e++)
+  {
+    SV.row(e) = V.row(sE(e,0)).template cast<Scalar>()*lambda(e) + 
+                V.row(sE(e,1)).template cast<Scalar>()*(1.0-lambda(e));
+  }
+  SF.resize( SF13.rows()+SF31.rows()+SF22.rows(),3);
+  SF<<
+    SF13,
+    U13.rows()+           SF31.rowwise().reverse().array(),
+    U13.rows()+U31.rows()+SF22.array();
+
+  std::for_each(
+    SF.data(),
+    SF.data()+SF.size(),
+    [&uJ](typename DerivedSF::Scalar & i){i=uJ(i);});
 
-  J.resize(G.rows());
+  J.resize(SF.rows());
   J<<J13,J31,J22,J22;
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template void igl::slice_tets<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, 4, 1, 0, 4, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, double>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 4, 1, 0, 4, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::SparseMatrix<double, 0, int>&);
-template void igl::slice_tets<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, double>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::SparseMatrix<double, 0, int>&);
+template void igl::slice_tets<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, double>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::SparseMatrix<double, 0, int>&);
 #endif

include/igl/slice_tets.h

@@ -22,33 +22,69 @@ namespace igl
   // Inputs:
   //   V  #V by 3 list of tet mesh vertices
   //   T  #T by 4 list of tet indices into V 
-  //   plane  list of 4 coefficients in the plane equation: [x y z 1]'*plane = 0
-  //   Optional:
-  //     'Manifold' followed by whether to stitch together triangles into a
-  //       manifold mesh {true}: results in more compact U but slightly slower.
+  ////   plane  list of 4 coefficients in the plane equation: [x y z 1]'*plane = 0
+  //   S  #V list of values so that S = 0 is the desired isosurface
   // Outputs:
-  //   U  #U by 3 list of triangle mesh vertices along slice
-  //   G  #G by 3 list of triangles indices into U
-  //   J  #G list of indices into T revealing from which tet each faces comes
-  //   BC  #U by #V list of barycentric coordinates (or more generally: linear
-  //     interpolation coordinates) so that U = BC*V
+  //   SV  #SV by 3 list of triangle mesh vertices along slice
+  //   SF  #SF by 3 list of triangles indices into SV
+  //   J  #SF list of indices into T revealing from which tet each faces comes
+  //   BC  #SU by #V list of barycentric coordinates (or more generally: linear
+  //     interpolation coordinates) so that SV = BC*V
   // 
   template <
     typename DerivedV, 
     typename DerivedT, 
-    typename Derivedplane,
-    typename DerivedU,
-    typename DerivedG,
+    typename DerivedS,
+    typename DerivedSV,
+    typename DerivedSF,
     typename DerivedJ,
     typename BCType>
   IGL_INLINE void slice_tets(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedT>& T,
-    const Eigen::PlainObjectBase<Derivedplane> & plane,
-    Eigen::PlainObjectBase<DerivedU>& U,
-    Eigen::PlainObjectBase<DerivedG>& G,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedT>& T,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedS> & S,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedSV>& SV,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedSF>& SF,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ>& J,
     Eigen::SparseMatrix<BCType> & BC);
+  template <
+    typename DerivedV, 
+    typename DerivedT, 
+    typename DerivedS,
+    typename DerivedSV,
+    typename DerivedSF,
+    typename DerivedJ>
+  IGL_INLINE void slice_tets(
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedT>& T,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedS> & S,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedSV>& SV,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedSF>& SF,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ>& J);
+  // Outputs:
+  //   sE  #SV by 2 list of sorted edge indices into V
+  //   lambda  #SV by 1 list of parameters along each edge in sE so that:
+  //     SV(i,:) = V(sE(i,1),:)*lambda(i) + V(sE(i,2),:)*(1-lambda(i));
+  template <
+    typename DerivedV, 
+    typename DerivedT, 
+    typename DerivedS,
+    typename DerivedSV,
+    typename DerivedSF,
+    typename DerivedJ,
+    typename DerivedsE,
+    typename Derivedlambda
+    >
+  IGL_INLINE void slice_tets(
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedT>& T,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedS> & S,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedSV>& SV,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedSF>& SF,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ>& J,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedsE>& sE,
+    Eigen::PlainObjectBase<Derivedlambda>& lambda);
+
 }
 
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY

include/igl/sort.cpp

@@ -25,6 +25,7 @@ IGL_INLINE void igl::sort(
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedY>& Y,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedIX>& IX)
 {
+  typedef typename DerivedX::Scalar Scalar;
   // get number of rows (or columns)
   int num_inner = (dim == 1 ? X.rows() : X.cols() );
   // Special case for swapping
@@ -51,15 +52,15 @@ IGL_INLINE void igl::sort(
   {
     // Unsorted index map for this column (or row)
     std::vector<size_t> index_map(num_inner);
-    std::vector<double> data(num_inner);
+    std::vector<Scalar> data(num_inner);
     for(int j = 0;j<num_inner;j++)
     {
       if(dim == 1)
       {
-        data[j] = (double) X(j,i);
+        data[j] = (Scalar) X(j,i);
       }else
       {
-        data[j] = (double) X(i,j);
+        data[j] = (Scalar) X(i,j);
       }
     }
     // sort this column (or row)
@@ -342,4 +343,9 @@ template void igl::sort<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<doub
 template void igl::sort<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, int, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::sort<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::sort<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::sort<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, int, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&);
+template void igl::sort<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, int, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::sort<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > const &,int,bool,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
+#endif
 #endif

include/igl/sortrows.cpp

@@ -107,8 +107,13 @@ IGL_INLINE void igl::sortrows(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
+template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<long long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4>, Eigen::Matrix<long long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
@@ -128,4 +133,10 @@ template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matri
 template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::sortrows<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,bool,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
+template void igl::sortrows<class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > const &,bool,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
+template void igl::sortrows<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,bool,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
+template void igl::sortrows<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > const &,bool,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
+#endif
 #endif

include/igl/triangle_triangle_adjacency.cpp

@@ -219,4 +219,8 @@ template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1,
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, long, long>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > > >&, std::vector<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > > >&);
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > > >&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::triangle_triangle_adjacency<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, __int64, __int64>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64>>, class std::allocator<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64>>>>, class std::allocator<class std::vector<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64>>, class std::allocator<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64>>>>>> &, class std::vector<class std::vector<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64>>, class std::allocator<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64>>>>, class std::allocator<class std::vector<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64>>, class std::allocator<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64>>>>>> &);
+template void igl::triangle_triangle_adjacency<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64, int, int>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, bool, class std::vector<class std::vector<class std::vector<int, class std::allocator<int>>, class std::allocator<class std::vector<int, class std::allocator<int>>>>, class std::allocator<class std::vector<class std::vector<int, class std::allocator<int>>, class std::allocator<class std::vector<int, class std::allocator<int>>>>>> &, class std::vector<class std::vector<class std::vector<int, class std::allocator<int>>, class std::allocator<class std::vector<int, class std::allocator<int>>>>, class std::allocator<class std::vector<class std::vector<int, class std::allocator<int>>, class std::allocator<class std::vector<int, class std::allocator<int>>>>>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/unique.cpp

@@ -216,4 +216,7 @@ template void igl::unique<double>(std::vector<double, std::allocator<double> > c
 template void igl::unique<int>(std::vector<int, std::allocator<int> > const&, std::vector<int, std::allocator<int> >&);
 template void igl::unique<int>(std::vector<int, std::allocator<int> > const&, std::vector<int, std::allocator<int> >&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> >&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> >&);
 template void igl::unique<long>(std::vector<long, std::allocator<long> > const&, std::vector<long, std::allocator<long> >&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> >&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> >&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::unique<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
+#endif
 #endif

include/igl/unique_edge_map.cpp

@@ -60,8 +60,10 @@ template void igl::unique_edge_map<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::M
 template void igl::unique_edge_map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > >&);
 
 #ifdef WIN32
-template void __cdecl igl::unique_edge_map<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &, class std::vector<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64> >, class std::allocator<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64> > > > &);
-template void __cdecl igl::unique_edge_map<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,__int64>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class std::vector<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> >,class std::allocator<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> > > > &);
+template void igl::unique_edge_map<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &, class std::vector<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64> >, class std::allocator<class std::vector<__int64, class std::allocator<__int64> > > > &);
+template void igl::unique_edge_map<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,__int64>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class std::vector<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> >,class std::allocator<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> > > > &);
+template void igl::unique_edge_map<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> &);
+template void igl::unique_edge_map<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> &);
 #endif
 
 #endif 

include/igl/unique_rows.cpp

@@ -74,6 +74,12 @@ IGL_INLINE void igl::unique_rows(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<long long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4>, Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4>, Eigen::Matrix<long long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4>, Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
@@ -98,5 +104,8 @@ template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,Eigen::Matrix<int,
 #ifdef WIN32
 template void igl::unique_rows<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &);
 template void igl::unique_rows<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
+template void igl::unique_rows<class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
+template void igl::unique_rows<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
+template void igl::unique_rows<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
 #endif
 #endif

include/igl/unique_simplices.cpp

@@ -59,6 +59,6 @@ template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2>, Eige
 template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #ifdef WIN32
-template void __cdecl igl::unique_simplices<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> >(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &);
+template void igl::unique_simplices<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> >(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &);
 #endif
 #endif

include/igl/vertex_triangle_adjacency.cpp

@@ -54,4 +54,8 @@ template void igl::vertex_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1
 template void igl::vertex_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, long, long>(Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >&, std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >&);
 template void igl::vertex_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, unsigned long>(Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > >&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > >&);
 template void igl::vertex_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&);
+#ifdef WIN32
+template void igl::vertex_triangle_adjacency<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64, unsigned __int64>(int, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> &);
+template void igl::vertex_triangle_adjacency<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, unsigned __int64, unsigned __int64>(int, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> &);
+#endif
 #endif

include/igl/viewer/Viewer.cpp

@@ -793,6 +793,7 @@ namespace viewer
         break;
 
 #ifdef IGL_VIEWER_WITH_NANOGUI
+	ngui->refresh();
 	screen->drawContents();
 	screen->drawWidgets();
 #endif

include/igl/writeDMAT.cpp

@@ -85,6 +85,8 @@ IGL_INLINE bool igl::writeDMAT(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 template bool igl::writeDMAT<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, bool);
-template bool igl::writeDMAT<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(std::string, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, bool);
 template bool igl::writeDMAT<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(std::string, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, bool);
+template bool igl::writeDMAT<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(std::string, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, bool);
+template bool igl::writeDMAT<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, bool);
+template bool igl::writeDMAT<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, bool);
 #endif

python/CMakeLists.txt

@@ -23,7 +23,8 @@ if(UNIX)
 endif()
 
 ## include pybind
-add_subdirectory(${PROJECT_SOURCE_DIR}/../external/nanogui/ext/pybind11 pybind11)
+set(PYBIND11_DIR ${PROJECT_SOURCE_DIR}/../external/nanogui/ext/pybind11 CACHE PATH "Path to pybind11")
+add_subdirectory(${PYBIND11_DIR} pybind11)
 
 ## include libigl
 option(LIBIGL_USE_STATIC_LIBRARY "Use LibIGL as static library" OFF)

python/py_igl.cpp

@@ -8,7 +8,7 @@
 #include <Eigen/Dense>
 
 #include "python_shared.h"
-#include "modules/py_typedefs.h"
+
 
 #include <igl/AABB.h>
 #include <igl/ARAPEnergyType.h>

python/python_shared.h

@@ -13,10 +13,10 @@
 #include <pybind11/numpy.h>
 #include <pybind11/stl.h>
 #include <pybind11/functional.h>
-
+#include <Eigen/Dense>
 #include "py_doc.h"
+#include "modules/py_typedefs.h"
 
-#include <Eigen/Dense>
 
 template<typename Scalar>
 void assert_is_VectorX(const std::string name, const Eigen::PlainObjectBase<Scalar>& v)

shared/cmake/CMakeLists.txt

@@ -164,6 +164,7 @@ if(LIBIGL_WITH_CGAL) # to be cleaned
   # set(Boost_USE_STATIC_LIBS      ON)
   #
   # find_package(BOOST REQUIRED)
+  set(CGAL_DONT_OVERRIDE_CMAKE_FLAGS TRUE CACHE BOOL "CGAL's CMAKE Setup is super annoying ")
   include(${CGAL_USE_FILE})
   list(APPEND LIBIGL_INCLUDE_DIRS ${CGAL_3RD_PARTY_INCLUDE_DIRS})
   list(APPEND LIBIGL_INCLUDE_DIRS ${CGAL_INCLUDE_DIRS})

shared/cmake/libigl.cmake

@@ -59,6 +59,9 @@ target_compile_features(igl_common INTERFACE ${CXX11_FEATURES})
 if(MSVC)
   # Enable parallel compilation for Visual Studio
   target_compile_options(igl_common INTERFACE /MP /bigobj)
+  if(LIBIGL_WITH_CGAL)
+    target_compile_options(igl_common INTERFACE "/MD$<$<CONFIG:Debug>:d>")
+  endif()
 endif()
 
 if(BUILD_SHARED_LIBS)
@@ -74,6 +77,10 @@ else()
   target_include_directories(igl_common SYSTEM INTERFACE ${NANOGUI_DIR}/ext/eigen)
 endif()
 
+# C++11 Thread library
+find_package(Threads REQUIRED)
+target_link_libraries(igl_common INTERFACE ${CMAKE_THREAD_LIBS_INIT})
+
 ################################################################################
 
 function(compile_igl_module module_dir)
@@ -94,7 +101,7 @@ function(compile_igl_module module_dir)
 
   target_link_libraries(igl_${module_name} ${IGL_SCOPE} igl_common)
   if(NOT module_name STREQUAL "core")
-	  target_link_libraries(igl_${module_name} ${IGL_SCOPE} igl_core)
+    target_link_libraries(igl_${module_name} ${IGL_SCOPE} igl_core)
   endif()
 
   # Alias target because it looks nicer
@@ -132,14 +139,37 @@ if(LIBIGL_WITH_CGAL)
   find_package(CGAL COMPONENTS Core)
   if(CGAL_FOUND)
     compile_igl_module("cgal")
+    if(WIN32)
+      set(Boost_USE_STATIC_LIBS ON) # Favor static Boost libs on Windows
+    endif()
+    target_include_directories(igl_cgal ${IGL_SCOPE} "${GMP_INCLUDE_DIR}" "${MPFR_INCLUDE_DIR}")
     find_package(Boost 1.48 REQUIRED thread system)
-    target_include_directories(igl_cgal ${IGL_SCOPE} ${CGAL_INCLUDE_DIRS})
+    target_include_directories(igl_cgal ${IGL_SCOPE} ${CGAL_INCLUDE_DIRS} ${Boost_INCLUDE_DIRS})
     target_link_libraries(igl_cgal ${IGL_SCOPE} CGAL::CGAL CGAL::CGAL_Core ${Boost_LIBRARIES})
   else()
     set(LIBIGL_WITH_CGAL OFF CACHE BOOL "" FORCE)
   endif()
 endif()
 
+# Helper function for `igl_copy_cgal_dll()`
+function(igl_copy_imported_dll src_target dst_target)
+  get_target_property(configurations ${src_target} IMPORTED_CONFIGURATIONS)
+  foreach(config ${configurations})
+    get_target_property(location ${src_target} IMPORTED_LOCATION_${config})
+    if(EXISTS "${location}" AND location MATCHES "^.*\\.dll$")
+      add_custom_command(TARGET ${dst_target} POST_BUILD COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy_if_different "${location}" $<TARGET_FILE_DIR:${dst_target}>)
+    endif()
+  endforeach()
+endfunction()
+
+# Convenient functions to copy CGAL dlls into a target (executable) destination folder (for Windows)
+function(igl_copy_cgal_dll target)
+  if(WIN32 AND LIBIGL_WITH_CGAL)
+    igl_copy_imported_dll(CGAL::CGAL ${target})
+    igl_copy_imported_dll(CGAL::CGAL_Core ${target})
+  endif()
+endfunction()
+
 ################################################################################
 # Compile CoMISo
 # NOTE: this cmakefile works only with the
@@ -287,7 +317,7 @@ if(LIBIGL_WITH_OPENGL)
       set(GLFW_BUILD_EXAMPLES OFF CACHE BOOL " " FORCE)
       set(GLFW_BUILD_TESTS OFF CACHE BOOL " " FORCE)
       set(GLFW_BUILD_DOCS OFF CACHE BOOL " " FORCE)
-      set(GLFW_BUILD_INSTALL OFF CACHE BOOL " " FORCE)
+      set(GLFW_INSTALL OFF CACHE BOOL " " FORCE)
       add_subdirectory(${NANOGUI_DIR}/ext/glfw glfw)
     endif()
     target_include_directories(glfw ${IGL_SCOPE} ${NANOGUI_DIR}/ext/glfw/include)
@@ -297,7 +327,7 @@ if(LIBIGL_WITH_OPENGL)
   # Viewer module
   if(LIBIGL_WITH_VIEWER)
     compile_igl_module("viewer")
-    target_link_libraries(igl_viewer ${IGL_SCOPE} igl_core glfw glew ${OPENGL_gl_LIBRARY})
+    target_link_libraries(igl_viewer ${IGL_SCOPE} glfw glew ${OPENGL_gl_LIBRARY})
     target_include_directories(igl_viewer SYSTEM ${IGL_SCOPE} ${OPENGL_INCLUDE_DIR})
     if(TARGET nanogui)
       target_link_libraries(igl_viewer ${IGL_SCOPE} nanogui)

tutorial/609_Boolean/CMakeLists.txt

@@ -3,3 +3,4 @@ project(609_Boolean)
 
 add_executable(${PROJECT_NAME}_bin main.cpp)
 target_link_libraries(${PROJECT_NAME}_bin igl::core igl::cgal igl::viewer tutorials)
+igl_copy_cgal_dll(${PROJECT_NAME}_bin)

tutorial/702_WindingNumber/main.cpp

@@ -32,8 +32,16 @@ void update_visualization(igl::viewer::Viewer & viewer)
   MatrixXd V_vis;
   MatrixXi F_vis;
   VectorXi J;
-  SparseMatrix<double> bary;
-  igl::slice_tets(V,T,plane,V_vis,F_vis,J,bary);
+  {
+    SparseMatrix<double> bary;
+    // Value of plane's implicit function at all vertices
+    const VectorXd IV = 
+      (V.col(0)*plane(0) + 
+        V.col(1)*plane(1) + 
+        V.col(2)*plane(2)).array()
+      + plane(3);
+    igl::slice_tets(V,T,IV,V_vis,F_vis,J,bary);
+  }
   VectorXd W_vis;
   igl::slice(W,J,W_vis);
   MatrixXd C_vis;

tutorial/704_SignedDistance/main.cpp

@@ -10,6 +10,7 @@
 #include <igl/slice_mask.h>
 #include <igl/slice_tets.h>
 #include <igl/upsample.h>
+#include <igl/writeOBJ.h>
 #include <igl/viewer/Viewer.h>
 #include <Eigen/Sparse>
 #include <iostream>
@@ -40,7 +41,16 @@ void update_visualization(igl::viewer::Viewer & viewer)
   {
     VectorXi J;
     SparseMatrix<double> bary;
-    igl::slice_tets(V,T,plane,V_vis,F_vis,J,bary);
+    {
+      // Value of plane's implicit function at all vertices
+      const VectorXd IV = 
+        (V.col(0)*plane(0) + 
+         V.col(1)*plane(1) + 
+         V.col(2)*plane(2)).array()
+        + plane(3);
+      igl::slice_tets(V,T,IV,V_vis,F_vis,J,bary);
+      igl::writeOBJ("vis.obj",V_vis,F_vis);
+    }
     while(true)
     {
       MatrixXd l;