all working, except the booleans which depends both on cgal and cork

Former-commit-id: be4fb9a3ca2f49f418a51bf6fcc95f46554da931

CMakeLists.txt

@@ -1,10 +1,13 @@
 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
 project(libigl)
 
-#SET(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ../)
+SET(CMAKE_SKIP_RULE_DEPENDENCY 1)
+
+# SET(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ../../lib)
 SET(CMAKE_MODULE_PATH ${PROJECT_SOURCE_DIR}/tutorial/cmake)
 find_package(EIGEN REQUIRED)
 
+add_definitions(-DIGL_STATIC_LIBRARY)
 
 ## Check for GLFW
 find_package(GLFW QUIET)
@@ -22,7 +25,10 @@ endif(ANTTWEAKBAR_FOUND)
 
 
 ## Check for CoMiSo, if not available skip the examples that depends on it
-find_package(LIBCOMISO QUIET)
+find_package(LIBCOMISO REQUIRED)
+if (LIBCOMISO_FOUND)
+  include_directories( ${LIBCOMISO_INCLUDE_DIRS})
+endif(LIBCOMISO_FOUND)
 
 ## Check for MATLAB, if not available skip the examples that depends on it
 find_package(MATLAB QUIET)
@@ -83,6 +89,11 @@ if(TINYXML2_FOUND)
   include_directories( ${TINYXML2_INCLUDE_DIR})
 endif(TINYXML2_FOUND)
 
+## Check for COMISO
+find_package(COMISO QUIET)
+if(COMISO_FOUND)
+  include_directories( ${COMISO_INCLUDE_DIR})
+endif(COMISO_FOUND)
 
 ## Use openMP if available
 find_package(OpenMP)
@@ -98,8 +109,6 @@ SET(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -std=c++11")
 include_directories( ${EIGEN_INCLUDE_DIR})
 include_directories( ${PROJECT_SOURCE_DIR}/include/)
 
-add_definitions(-DIGL_STATIC_LIBRARY)
-
 file(GLOB SOURCES
   "${PROJECT_SOURCE_DIR}/include/igl/*.cpp"
 )
@@ -210,6 +219,15 @@ if (TINYXML2_FOUND)
   add_library(iglxml STATIC ${SOURCES_XML})
 endif (TINYXML2_FOUND)
 
+#### Compile the xml part
+if (LIBCOMISO_FOUND)
+  file(GLOB SOURCES_COMISO
+    "${PROJECT_SOURCE_DIR}/include/igl/comiso/*.cpp"
+  )
+
+  add_library(iglcomiso STATIC ${SOURCES_COMISO})
+endif (LIBCOMISO_FOUND)
+
 #### Compile the viewer
 if (GLFW_FOUND AND ANTTWEAKBAR_FOUND)
   file(GLOB SOURCES_XML

include/igl/boolean/mesh_boolean.cpp

@@ -32,8 +32,8 @@ IGL_INLINE void igl::mesh_boolean(
     const Eigen::Matrix<typename DerivedVC::Scalar,Eigen::Dynamic,3> &,
     const Eigen::Matrix<typename DerivedFC::Scalar, Eigen::Dynamic,3>&,
           Eigen::Matrix<typename DerivedVC::Scalar,Eigen::Dynamic,3> &,
-          Eigen::Matrix<typename DerivedFC::Scalar, Eigen::Dynamic,3>&, 
-          Eigen::Matrix<typename DerivedJ::Scalar, Eigen::Dynamic,1>&)> 
+          Eigen::Matrix<typename DerivedFC::Scalar, Eigen::Dynamic,3>&,
+          Eigen::Matrix<typename DerivedJ::Scalar, Eigen::Dynamic,1>&)>
     empty_fun;
   return mesh_boolean(VA,FA,VB,FB,type,empty_fun,VC,FC,J);
 }
@@ -59,8 +59,8 @@ IGL_INLINE void igl::mesh_boolean(
     const Eigen::Matrix<typename DerivedVC::Scalar,Eigen::Dynamic,3> &,
     const Eigen::Matrix<typename DerivedFC::Scalar, Eigen::Dynamic,3>&,
           Eigen::Matrix<typename DerivedVC::Scalar,Eigen::Dynamic,3> &,
-          Eigen::Matrix<typename DerivedFC::Scalar, Eigen::Dynamic,3>&, 
-          Eigen::Matrix<typename DerivedFC::Index, Eigen::Dynamic,1>&)> 
+          Eigen::Matrix<typename DerivedFC::Scalar, Eigen::Dynamic,3>&,
+          Eigen::Matrix<typename DerivedFC::Index, Eigen::Dynamic,1>&)>
     empty_fun;
   return mesh_boolean(VA,FA,VB,FB,type,empty_fun,VC,FC,J);
 }
@@ -84,7 +84,7 @@ IGL_INLINE void igl::mesh_boolean(
     const Eigen::Matrix<typename DerivedFC::Scalar, Eigen::Dynamic,3>&,
           Eigen::Matrix<typename DerivedVC::Scalar,Eigen::Dynamic,3>&,
           Eigen::Matrix<typename DerivedFC::Scalar, Eigen::Dynamic,3>&,
-          Eigen::Matrix<typename DerivedJ::Scalar, Eigen::Dynamic,1>&)> 
+          Eigen::Matrix<typename DerivedJ::Scalar, Eigen::Dynamic,1>&)>
     & resolve_fun,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedVC > & VC,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedFC > & FC,
@@ -122,7 +122,7 @@ IGL_INLINE void igl::mesh_boolean(
       F.block(0,0,FA.rows(),FA.cols()) = FA.rowwise().reverse();
       F.block(FA.rows(),0,FB.rows(),FB.cols()) = FB.array()+VA.rows();
       //F.block(0,0,FA.rows(),3) = FA;
-      //F.block(FA.rows(),0,FB.rows(),3) = 
+      //F.block(FA.rows(),0,FB.rows(),3) =
       //  FB.rowwise().reverse().array()+VA.rows();
       eff_type = MESH_BOOLEAN_TYPE_INTERSECT;
       break;
@@ -261,7 +261,7 @@ IGL_INLINE void igl::mesh_boolean(
       assert(ug < uG2G.size());
       uG2G[ug].push_back(g);
       // is uG(g,:) just a rotated version of G(g,:) ?
-      const bool consistent = 
+      const bool consistent =
         (G(g,0) == uG(ug,0) && G(g,1) == uG(ug,1) && G(g,2) == uG(ug,2)) ||
         (G(g,0) == uG(ug,1) && G(g,1) == uG(ug,2) && G(g,2) == uG(ug,0)) ||
         (G(g,0) == uG(ug,2) && G(g,1) == uG(ug,0) && G(g,2) == uG(ug,1));
@@ -304,6 +304,18 @@ IGL_INLINE void igl::mesh_boolean(
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+
+// This is a hack to discuss
+#include <igl/remove_unreferenced.cpp>
+
+template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+
+#include <igl/cgal/peel_outer_hull_layers.cpp>
+template unsigned long igl::peel_outer_hull_layers<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+
+#include <igl/cgal/outer_hull.cpp>
+template void igl::outer_hull<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+
 // Explicit template specialization
 template void igl::mesh_boolean<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::MeshBooleanType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::mesh_boolean<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::MeshBooleanType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/cgal/outer_hull.cpp

@@ -51,7 +51,7 @@ IGL_INLINE void igl::outer_hull(
   // UNUSED:
   //const auto & duplicate_simplex = [&F](const int f, const int g)->bool
   //{
-  //  return 
+  //  return
   //    (F(f,0) == F(g,0) && F(f,1) == F(g,1) && F(f,2) == F(g,2)) ||
   //    (F(f,1) == F(g,0) && F(f,2) == F(g,1) && F(f,0) == F(g,2)) ||
   //    (F(f,2) == F(g,0) && F(f,0) == F(g,1) && F(f,1) == F(g,2)) ||
@@ -217,7 +217,7 @@ IGL_INLINE void igl::outer_hull(
 #endif
       //// find overlapping face-edges
       //const auto & neighbors = uE2E[EMAP(e)];
-      //// normal after possible flipping 
+      //// normal after possible flipping
       //const auto & fN = (flip(f)?-1.:1.)*N.row(f);
       //// Edge vector according to f's (flipped) orientation.
       ////const auto & eV = (V.row(fd)-V.row(fs)).normalized();
@@ -249,7 +249,7 @@ IGL_INLINE void igl::outer_hull(
         //    abs(di[EMAP(e)][diIM(e)] - di[EMAP(e)][nfei_new])
         //    <<endl;
 #endif
-        
+
 
 
           // Only use this face if not already seen
@@ -264,7 +264,7 @@ IGL_INLINE void igl::outer_hull(
         //} else {
         //    std::cout << di[EMAP(e)][diIM(e)].transpose() << std::endl;
         //    std::cout << di[EMAP(e)][diIM(nfei_new)].transpose() << std::endl;
-        //    std::cout << "skipping face " << nfei_new << " with identical dihedral angle" 
+        //    std::cout << "skipping face " << nfei_new << " with identical dihedral angle"
         //        << std::endl;
         }
 //#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
@@ -369,7 +369,7 @@ IGL_INLINE void igl::outer_hull(
         }
       }
     }
-    
+
     {
       vG[id].resize(FHcount,3);
       vJ[id].resize(FHcount,1);
@@ -524,8 +524,17 @@ IGL_INLINE void igl::outer_hull(
 }
 
 
-
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+
+#include <igl/barycenter.cpp>
+template void igl::barycenter<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+
+#include <igl/outer_facet.cpp>
+template void igl::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
+
+#include <igl/cgal/order_facets_around_edges.cpp>
+template std::__1::enable_if<std::is_same<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>::Scalar, CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq> >::value, void>::type igl::order_facets_around_edges<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, long, long, bool>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::__1::vector<std::__1::vector<long, std::__1::allocator<long> >, std::__1::allocator<std::__1::vector<long, std::__1::allocator<long> > > > const&, std::__1::vector<std::__1::vector<long, std::__1::allocator<long> >, std::__1::allocator<std::__1::vector<long, std::__1::allocator<long> > > >&, std::__1::vector<std::__1::vector<bool, std::__1::allocator<bool> >, std::__1::allocator<std::__1::vector<bool, std::__1::allocator<bool> > > >&);
+
 // Explicit template specialization
 template void igl::outer_hull<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::outer_hull<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/cgal/remesh_self_intersections.cpp

@@ -1,9 +1,9 @@
 // This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
-// 
+//
 // Copyright (C) 2014 Alec Jacobson <alecjacobson@gmail.com>
-// 
-// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License 
-// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can 
+//
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "remesh_self_intersections.h"
 #include "SelfIntersectMesh.h"
@@ -45,7 +45,7 @@ IGL_INLINE void igl::remesh_self_intersections(
 //#endif
 
     typedef CGAL::Exact_predicates_inexact_constructions_kernel Kernel;
-    typedef 
+    typedef
       SelfIntersectMesh<
         Kernel,
         DerivedV,
@@ -54,7 +54,7 @@ IGL_INLINE void igl::remesh_self_intersections(
         DerivedFF,
         DerivedIF,
         DerivedJ,
-        DerivedIM> 
+        DerivedIM>
       SelfIntersectMeshK;
     SelfIntersectMeshK SIM = SelfIntersectMeshK(V,F,params,VV,FF,IF,J,IM);
 
@@ -65,7 +65,7 @@ IGL_INLINE void igl::remesh_self_intersections(
   }else
   {
     typedef CGAL::Exact_predicates_exact_constructions_kernel Kernel;
-    typedef 
+    typedef
       SelfIntersectMesh<
         Kernel,
         DerivedV,
@@ -74,7 +74,7 @@ IGL_INLINE void igl::remesh_self_intersections(
         DerivedFF,
         DerivedIF,
         DerivedJ,
-        DerivedIM> 
+        DerivedIM>
       SelfIntersectMeshK;
     SelfIntersectMeshK SIM = SelfIntersectMeshK(V,F,params,VV,FF,IF,J,IM);
   }

include/igl/remove_unreferenced.cpp

@@ -1,9 +1,9 @@
 // This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
-// 
+//
 // Copyright (C) 2013 Alec Jacobson <alecjacobson@gmail.com>
-// 
-// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License 
-// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can 
+//
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "remove_unreferenced.h"
 
@@ -23,7 +23,7 @@ IGL_INLINE void igl::remove_unreferenced(
 
   // Mark referenced vertices
   Eigen::MatrixXi mark = Eigen::MatrixXi::Zero(V.rows(),1);
-  
+
   for(int i=0; i<F.rows(); ++i)
   {
     for(int j=0; j<F.cols(); ++j)
@@ -32,13 +32,13 @@ IGL_INLINE void igl::remove_unreferenced(
         mark(F(i,j)) = 1;
     }
   }
-  
-  // Sum the occupied cells 
+
+  // Sum the occupied cells
   int newsize = mark.sum();
-  
+
   NV.resize(newsize,V.cols());
   I.resize(V.rows(),1);
-  
+
   // Do a pass on the marked vector and remove the unreferenced vertices
   int count = 0;
   for(int i=0;i<mark.rows();++i)