Extending igl::cat to work with std::vectors AND Allowing N-gons in writeOBJ (#1108)

* templates

* Extending igl::cat to work with a std::vector of matrices

* Small fix

* Fixing std::vector version of adjacency_list

* Change MatrixBase -> PlainObjectBase to fix compile error in boundary_loop

* Fixing function definition for adjacency_list

* Added test for cat

* Extending writeOBJ to work with mixed tri/quad meshes

* Code review feedback

* Writing lines instead of faces

* Adding template for test compile

* Fixing brace style and switching to trigraph

* Fixing braces

* another brace

* PlainObjectBase -> MatrixBase

* Sneaking in a few more template instantiations

* PlainObjectBase for outputs

* adding template to fix appveyor windows link error

include/igl/AABB.cpp

@@ -1073,6 +1073,9 @@ template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 2>::init<Eigen
 template double igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::squared_distance<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&, double, int&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&) const;
 template bool igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::intersect_ray<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&, igl::Hit&) const;
 template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::squared_distance<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, 2, 3, 0, 2, 3>, Eigen::Matrix<double, 2, 1, 0, 2, 1>, Eigen::Matrix<int, 2, 1, 0, 2, 1>, Eigen::Matrix<double, 2, 3, 0, 2, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 2, 3, 0, 2, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 2, 1, 0, 2, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 2, 1, 0, 2, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 2, 3, 0, 2, 3> >&) const;
+template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::squared_distance<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&) const;
+template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 2>::squared_distance<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&) const;
+template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::squared_distance<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&) const;
 #ifdef WIN32
 template void igl::AABB<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,2>::squared_distance<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<double,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> >(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > &)const;
 template void igl::AABB<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,3>::squared_distance<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<double,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> >(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > &)const;

include/igl/adjacency_list.cpp

@@ -132,8 +132,18 @@ IGL_INLINE void igl::adjacency_list(
   const std::vector<std::vector<Index> > & F,
   std::vector<std::vector<Index> >& A)
 {
-  A.clear(); 
-  A.resize(F.maxCoeff()+1);
+  A.clear();
+  
+  // Find maxCoeff
+  Index maxCoeff = 0;
+  for(const auto &vec : F)
+  {
+    for(int coeff : vec)
+    {
+      maxCoeff = std::max(coeff, maxCoeff);
+    }
+  }
+  A.resize(maxCoeff + 1);
   
   // Loop over faces
   for(int i = 0;i<F.size();i++)
@@ -142,8 +152,8 @@ IGL_INLINE void igl::adjacency_list(
     for(int j = 0;j<F[i].size();j++)
     {
       // Get indices of edge: s --> d
-      int s = F(i,j);
-      int d = F(i,(j+1)%F[i].size());
+      int s = F[i][j];
+      int d = F[i][(j+1)%F[i].size()];
       A.at(s).push_back(d);
       A.at(d).push_back(s);
     }
@@ -166,4 +176,5 @@ template void igl::adjacency_list<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, int>(Eige
 template void igl::adjacency_list<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&, bool);
 template void igl::adjacency_list<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, int>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&, bool);
 template void igl::adjacency_list<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned int>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, class std::vector<class std::vector<unsigned int, class std::allocator<unsigned int> >, class std::allocator<class std::vector<unsigned int, class std::allocator<unsigned int> > > > &, bool);
+template void igl::adjacency_list<int>(std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&);
 #endif

include/igl/adjacency_list.h

@@ -31,7 +31,7 @@ namespace igl
   // See also: edges, cotmatrix, diag
   template <typename Index, typename IndexVector>
   IGL_INLINE void adjacency_list(
-    const Eigen::MatrixBase<Index> & F, 
+    const Eigen::MatrixBase<Index>  & F,
     std::vector<std::vector<IndexVector> >& A,
     bool sorted = false);
 

include/igl/cat.cpp

@@ -251,6 +251,65 @@ IGL_INLINE void igl::cat(const std::vector<std::vector< Mat > > & A, Mat & C)
   }
 }
 
+template <typename T, typename DerivedC>
+IGL_INLINE void igl::cat(const int dim, const std::vector<T> & A, Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C)
+{
+  assert(dim == 1 || dim == 2);
+  using namespace Eigen;
+
+  const int num_mat = A.size();
+  if(num_mat == 0)
+  {
+    C.resize(0,0);
+    return;
+  }
+
+  if(dim == 1)
+  {
+    const int A_cols = A[0].cols();
+
+    int tot_rows = 0;
+    for(const auto & m : A)
+    {
+      tot_rows += m.rows();
+    }
+
+    C.resize(tot_rows, A_cols);
+
+    int cur_row = 0;
+    for(int i = 0; i < num_mat; i++)
+    {
+      assert(A_cols == A[i].cols());
+      C.block(cur_row,0,A[i].rows(),A_cols) = A[i];
+      cur_row += A[i].rows();
+    }
+  }
+  else if(dim == 2)
+  {
+    const int A_rows = A[0].rows();
+
+    int tot_cols = 0;
+    for(const auto & m : A)
+    {
+      tot_cols += m.cols();
+    }
+
+    C.resize(A_rows,tot_cols);
+
+    int cur_col = 0;
+    for(int i = 0; i < num_mat; i++)
+    {
+      assert(A_rows == A[i].rows());
+      C.block(0,cur_col,A_rows,A[i].cols()) = A[i];
+      cur_col += A[i].cols();
+    }
+  }
+  else
+  {
+    fprintf(stderr,"cat.h: Error: Unsupported dimension %d\n",dim);
+  }
+}
+
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
@@ -265,4 +324,13 @@ template Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> igl::cat<Eigen::Matrix<double, -
 template void igl::cat<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>&);
 template void igl::cat<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>&);
 template void igl::cat<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(int, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>&);
+template void igl::cat<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::cat<Eigen::Matrix<int, 1, 4, 1, 1, 4>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<int, 1, 4, 1, 1, 4>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, 1, 4, 1, 1, 4> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::cat<Eigen::Matrix<int, 1, 15, 1, 1, 15>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<int, 1, 15, 1, 1, 15>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, 1, 15, 1, 1, 15> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::cat<Eigen::Matrix<int, 1, 2, 1, 1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<int, 1, 2, 1, 1, 2>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, 1, 2, 1, 1, 2> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::cat<Eigen::Matrix<int, 1, 27, 1, 1, 27>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<int, 1, 27, 1, 1, 27>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, 1, 27, 1, 1, 27> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::cat<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::cat<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::cat<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, std::allocator<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::cat<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1>, std::allocator<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/cat.h

@@ -62,6 +62,16 @@ namespace igl
   //   C
   template <class Mat>
   IGL_INLINE void cat(const std::vector<std::vector< Mat > > & A, Mat & C);
+
+  // Concatenate a std::vector of matrices along the specified dimension
+  //
+  // Inputs:
+  //   dim  dimension along which to concatenate, 1 or 2
+  //   A  std::vector of eigen matrices. Must have identical # cols if dim == 1 or rows if dim == 2
+  // Outputs:
+  //   C  output matrix
+  template <typename T, typename DerivedC>
+  IGL_INLINE void cat(const int dim, const std::vector<T> & A, Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C);
 }
 
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY

include/igl/colon.cpp

@@ -59,8 +59,10 @@ template void igl::colon<int, double, double, double>(int, double, double, Eigen
 template void igl::colon<double, double, double>(double, double, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&);
 template void igl::colon<double, double, double, double>(double, double, double, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&);
 template void igl::colon<int, int, long>(int, int, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>&);
+template void igl::colon<int, long, double>(int, long, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&);
 #ifdef WIN32
 template void igl::colon<int, long long,long>(int, long long, class Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> &);
 template void igl::colon<int, __int64, __int64>(int, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> &);
+template void igl::colon<int,__int64,double>(int,__int64,class Eigen::Matrix<double,-1,1,0,-1,1> &);
 #endif
 #endif

include/igl/matrix_to_list.cpp

@@ -76,4 +76,6 @@ template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::D
 template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> >&);
 template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1>::Scalar> >&);
 template std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> > igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
+template void igl::matrix_to_list<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false> > const&, std::vector<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false>::Scalar, std::allocator<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false>::Scalar> >&);
+template std::vector<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false>::Scalar, std::allocator<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false>::Scalar> > igl::matrix_to_list<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false> > const&);
 #endif

include/igl/point_mesh_squared_distance.cpp

@@ -51,6 +51,7 @@ IGL_INLINE void igl::point_mesh_squared_distance(
 template void igl::point_mesh_squared_distance<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::point_mesh_squared_distance<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::point_mesh_squared_distance<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::point_mesh_squared_distance<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #ifdef WIN32
 template void igl::point_mesh_squared_distance<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<double,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> >(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > &);
 #endif

include/igl/remove_unreferenced.cpp

@@ -121,4 +121,5 @@ template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, E
 template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/slice.cpp

@@ -363,6 +363,9 @@ template void igl::slice<unsigned int, unsigned int>(Eigen::SparseMatrix<unsigne
 template void igl::slice<Eigen::SparseMatrix<double, 0, int>, Eigen::Array<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::SparseMatrix<double, 0, int> >(Eigen::SparseMatrix<double, 0, int> const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Array<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int, Eigen::SparseMatrix<double, 0, int>&);
 template void igl::slice<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> const, -1, 1, true>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> const, -1, 1, true> > const&, int, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>&);
 template void igl::slice<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> const, -1, 1, true>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> const, -1, 1, true> > const&, int, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>&);
+template void igl::slice<Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::slice<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>&);
+template void igl::slice<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true> > const&, int, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>&);
 #ifdef WIN32
 template void igl::slice<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>>(class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> const &, class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, int, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
 template void igl::slice<class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, int, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);

include/igl/slice_mask.cpp

@@ -165,4 +165,5 @@ template void igl::slice_mask<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::
 template void igl::slice_mask<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::slice_mask<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> const&, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::slice_mask<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::slice_mask<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/snap_points.cpp

@@ -85,5 +85,6 @@ IGL_INLINE void igl::snap_points(
 // Explicit template instantiation
 template void igl::snap_points<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::snap_points<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::snap_points<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif
 

include/igl/writeOBJ.cpp

@@ -118,6 +118,39 @@ IGL_INLINE bool igl::writeOBJ(
   return true;
 }
 
+template <typename DerivedV, typename T>
+IGL_INLINE bool igl::writeOBJ(
+  const std::string &str,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+  const std::vector<std::vector<T> >& F)
+{
+  using namespace std;
+  using namespace Eigen;
+  assert(V.cols() == 3 && "V should have 3 columns");
+  ofstream s(str);
+  if(!s.is_open())
+  {
+    fprintf(stderr,"IOError: writeOBJ() could not open %s\n",str.c_str());
+    return false;
+  }
+  s<<V.format(IOFormat(FullPrecision,DontAlignCols," ","\n","v ","","","\n"));
+  
+  for(const auto& face : F)
+  {
+    int face_size = face.size();
+    assert(face_size != 0);
+
+    s << (face_size == 2 ? "l" : "f");
+
+    for(const auto& vi : face)
+    {
+      s<<" "<<vi; 
+    }
+    s<<"\n";
+  }
+  return true;
+}
+
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh

include/igl/writeOBJ.h

@@ -13,6 +13,7 @@
 
 #include <Eigen/Core>
 #include <string>
+#include <vector>
 
 namespace igl 
 {
@@ -50,6 +51,18 @@ namespace igl
     const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
     const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F);
 
+  // Write a mesh of mixed tris and quads to an ascii obj file
+  // Inputs:
+  //   str  path to outputfile
+  //   V  #V by 3 mesh vertex positions
+  //   F  #F std::vector of std::vector<Index> of size 3 or 4 mesh indices into V
+  // Returns true on success, false on error
+  template <typename DerivedV, typename T>
+  IGL_INLINE bool writeOBJ(
+    const std::string &str,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+    const std::vector<std::vector<T> >& F);
+
 }
 
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY

tests/include/igl/cat.cpp

@@ -0,0 +1,43 @@
+#include <test_common.h>
+#include <igl/cat.h>
+
+#include <vector>
+
+TEST_CASE("cat: rows", "[igl]")
+{
+  std::vector<Eigen::RowVector3i> rows = {
+     Eigen::RowVector3i(1, 2, 3),
+     Eigen::RowVector3i(4, 5, 6),
+     Eigen::RowVector3i(7, 8, 9)
+  };
+
+  Eigen::MatrixXi actual;
+  igl::cat(1,rows,actual);
+
+  Eigen::Matrix3i expected;
+  expected << 1, 2, 3,
+              4, 5, 6,
+              7, 8, 9;  
+
+  test_common::assert_eq(actual,expected);
+}
+
+TEST_CASE("cat: cols", "[igl]")
+{
+  std::vector<Eigen::Vector3i> cols = {
+     Eigen::Vector3i(1, 4, 7),
+     Eigen::Vector3i(2, 5, 8),
+     Eigen::Vector3i(3, 6, 9)
+  };
+
+  Eigen::MatrixXi actual;
+  igl::cat(2,cols,actual);
+
+  Eigen::Matrix3i expected;
+  expected << 1, 2, 3,
+              4, 5, 6,
+              7, 8, 9;  
+
+  test_common::assert_eq(actual,expected);
+}
+