clean up winding number code. templates

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include/igl/AABB.cpp

@@ -364,19 +364,19 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
   const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
   const RowVectorDIMS & p,
-  Scalar max_sqr_d,
-  Scalar min_sqr_d,
+  Scalar low_sqr_d,
+  Scalar up_sqr_d,
   int & i,
   Eigen::PlainObjectBase<RowVectorDIMS> & c) const
 {
-  assert(max_sqr_d <= min_sqr_d);
   using namespace Eigen;
   using namespace std;
-  if(max_sqr_d > min_sqr_d)
+  //assert(low_sqr_d <= up_sqr_d);
+  if(low_sqr_d > up_sqr_d)
   {
-    return max_sqr_d;
+    return low_sqr_d;
   }
-  Scalar sqr_d = min_sqr_d;
+  Scalar sqr_d = up_sqr_d;
   //assert(DIM == 3 && "Code has only been tested for DIM == 3");
   assert((Ele.cols() == 3 || Ele.cols() == 2 || Ele.cols() == 1)
     && "Code has only been tested for simplex sizes 3,2,1");
@@ -384,7 +384,7 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
   assert(m_primitive==-1 || (m_left == NULL && m_right == NULL));
   if(is_leaf())
   {
-    leaf_squared_distance(V,Ele,p,max_sqr_d,sqr_d,i,c);
+    leaf_squared_distance(V,Ele,p,low_sqr_d,sqr_d,i,c);
   }else
   {
     bool looked_left = false;
@@ -394,7 +394,7 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
       int i_left;
       RowVectorDIMS c_left = c;
       Scalar sqr_d_left = 
-        m_left->squared_distance(V,Ele,p,max_sqr_d,sqr_d,i_left,c_left);
+        m_left->squared_distance(V,Ele,p,low_sqr_d,sqr_d,i_left,c_left);
       this->set_min(p,sqr_d_left,i_left,c_left,sqr_d,i,c);
       looked_left = true;
     };
@@ -403,7 +403,7 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
       int i_right;
       Eigen::PlainObjectBase<RowVectorDIMS> c_right = c;
       Scalar sqr_d_right = 
-        m_right->squared_distance(V,Ele,p,max_sqr_d,sqr_d,i_right,c_right);
+        m_right->squared_distance(V,Ele,p,low_sqr_d,sqr_d,i_right,c_right);
       this->set_min(p,sqr_d_right,i_right,c_right,sqr_d,i,c);
       looked_right = true;
     };
@@ -418,27 +418,27 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
       look_right();
     }
     // if haven't looked left and could be less than current min, then look
-    Scalar left_min_sqr_d = 
+    Scalar left_up_sqr_d = 
       m_left->m_box.squaredExteriorDistance(p.transpose());
-    Scalar right_min_sqr_d = 
+    Scalar right_up_sqr_d = 
       m_right->m_box.squaredExteriorDistance(p.transpose());
-    if(left_min_sqr_d < right_min_sqr_d)
+    if(left_up_sqr_d < right_up_sqr_d)
     {
-      if(!looked_left && left_min_sqr_d<sqr_d)
+      if(!looked_left && left_up_sqr_d<sqr_d)
       {
         look_left();
       }
-      if( !looked_right && right_min_sqr_d<sqr_d)
+      if( !looked_right && right_up_sqr_d<sqr_d)
       {
         look_right();
       }
     }else
     {
-      if( !looked_right && right_min_sqr_d<sqr_d)
+      if( !looked_right && right_up_sqr_d<sqr_d)
       {
         look_right();
       }
-      if(!looked_left && left_min_sqr_d<sqr_d)
+      if(!looked_left && left_up_sqr_d<sqr_d)
       {
         look_left();
       }
@@ -454,11 +454,11 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
   const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
   const RowVectorDIMS & p,
-  Scalar min_sqr_d,
+  Scalar up_sqr_d,
   int & i,
   Eigen::PlainObjectBase<RowVectorDIMS> & c) const
 {
-  return squared_distance(V,Ele,p,0.0,min_sqr_d,i,c);
+  return squared_distance(V,Ele,p,0.0,up_sqr_d,i,c);
 }
 
 template <typename DerivedV, int DIM>
@@ -522,9 +522,9 @@ IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::squared_distance(
 
   // This holds a conservative estimate of max(sqr_D) where sqr_D is the
   // current best minimum squared distance for all points in this subtree
-  double min_sqr_d = std::numeric_limits<double>::infinity();
+  double up_sqr_d = std::numeric_limits<double>::infinity();
   squared_distance_helper(
-    V,Ele,&other,other_V,other_Ele,0,min_sqr_d,sqrD,I,C);
+    V,Ele,&other,other_V,other_Ele,0,up_sqr_d,sqrD,I,C);
 }
 
 template <typename DerivedV, int DIM>
@@ -542,7 +542,7 @@ IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar
   const AABB<Derivedother_V,DIM> * other,
   const Eigen::MatrixBase<Derivedother_V> & other_V,
   const Eigen::MatrixBase<Derivedother_Ele> & other_Ele, 
-  const Scalar /*min_sqr_d*/,
+  const Scalar /*up_sqr_d*/,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedsqrD> & sqrD,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedI> & I,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C) const
@@ -566,7 +566,7 @@ IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar
     I(    other->m_primitive) = i;
     C.row(other->m_primitive) = c;
     //cout<<"leaf: "<<sqr_d<<endl;
-    //other->m_max_sqr_d = sqr_d;
+    //other->m_low_sqr_d = sqr_d;
     return sqr_d;
   }
 
@@ -580,7 +580,7 @@ IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar
     sqrD( other->m_primitive) = sqr_d;
     I(    other->m_primitive) = i;
     C.row(other->m_primitive) = c;
-    //other->m_max_sqr_d = sqr_d;
+    //other->m_low_sqr_d = sqr_d;
     return sqr_d;
   }
 
@@ -595,7 +595,7 @@ IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar
 
   if(this->is_leaf())
   {
-    //if(min_squared_distance(this,other) < other->m_max_sqr_d)
+    //if(min_squared_distance(this,other) < other->m_low_sqr_d)
     if(true)
     {
       this->squared_distance_helper(
@@ -607,12 +607,12 @@ IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar
       // This is never reached...
     }
     //// we know other is not a leaf
-    //other->m_max_sqr_d = std::max(other->m_left->m_max_sqr_d,other->m_right->m_max_sqr_d);
+    //other->m_low_sqr_d = std::max(other->m_left->m_low_sqr_d,other->m_right->m_low_sqr_d);
     return 0;
   }
 
   // FORCE DOWN TO OTHER LEAF EVAL
-  //if(min_squared_distance(this,other) < other->m_max_sqr_d)
+  //if(min_squared_distance(this,other) < other->m_low_sqr_d)
   if(true)
   {
     if(true)
@@ -633,7 +633,7 @@ IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar
     // this is never reached ... :-(
   }
   //// we know other is not a leaf
-  //other->m_max_sqr_d = std::max(other->m_left->m_max_sqr_d,other->m_right->m_max_sqr_d);
+  //other->m_low_sqr_d = std::max(other->m_left->m_low_sqr_d,other->m_right->m_low_sqr_d);
 
   return 0;
 #if 0 // False
@@ -687,74 +687,74 @@ IGL_INLINE typename igl::AABB<DerivedV,DIM>::Scalar
 
   //const std::function<Scalar(
   //  const AABB<Derivedother_V,DIM> * other)
-  //    > max_sqr_d = [&sqrD,&max_sqr_d](const AABB<Derivedother_V,DIM> * other)->Scalar
+  //    > low_sqr_d = [&sqrD,&low_sqr_d](const AABB<Derivedother_V,DIM> * other)->Scalar
   //  {
   //    if(other->is_leaf())
   //    {
   //      return sqrD(other->m_primitive);
   //    }else
   //    {
-  //      return std::max(max_sqr_d(other->m_left),max_sqr_d(other->m_right));
+  //      return std::max(low_sqr_d(other->m_left),low_sqr_d(other->m_right));
   //    }
   //  };
 
   //// Potentially recurse on all pairs, if minimum distance is less than running
   //// bound
-  //Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,1> other_max_sqr_d =
-  //  Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,1>::Constant(other_list.size(),1,min_sqr_d);
+  //Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,1> other_low_sqr_d =
+  //  Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,1>::Constant(other_list.size(),1,up_sqr_d);
   for(size_t child = 0;child<other_list.size();child++)
   {
     auto other_tree = other_list[child];
 
-    Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,1> this_max_sqr_d(this_list.size(),1);
+    Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,1> this_low_sqr_d(this_list.size(),1);
     for(size_t t = 0;t<this_list.size();t++)
     {
       const auto this_tree = this_list[t];
-      this_max_sqr_d(t) = max_squared_distance(this_tree,other_tree);
+      this_low_sqr_d(t) = max_squared_distance(this_tree,other_tree);
     }
     if(this_list.size() ==2 &&
-      ( this_max_sqr_d(0) > this_max_sqr_d(1))
+      ( this_low_sqr_d(0) > this_low_sqr_d(1))
       )
     {
       std::swap(this_list[0],this_list[1]);
-      //std::swap(this_max_sqr_d(0),this_max_sqr_d(1));
+      //std::swap(this_low_sqr_d(0),this_low_sqr_d(1));
     }
-    const Scalar sqr_d = this_max_sqr_d.minCoeff();
+    const Scalar sqr_d = this_low_sqr_d.minCoeff();
 
 
     for(size_t t = 0;t<this_list.size();t++)
     {
       const auto this_tree = this_list[t];
 
-      //const auto mm = max_sqr_d(other_tree);
-      //const Scalar mc = other_max_sqr_d(child);
+      //const auto mm = low_sqr_d(other_tree);
+      //const Scalar mc = other_low_sqr_d(child);
       //assert(mc == mm);
       // Only look left/right in this_list if can possible decrease somebody's
       // distance in this_tree.
       const Scalar min_this_other = min_squared_distance(this_tree,other_tree); 
       if(
           min_this_other < sqr_d && 
-          min_this_other < other_tree->m_max_sqr_d)
+          min_this_other < other_tree->m_low_sqr_d)
       {
-        //cout<<"before: "<<other_max_sqr_d(child)<<endl;
-        //other_max_sqr_d(child) = std::min(
-        //  other_max_sqr_d(child),
+        //cout<<"before: "<<other_low_sqr_d(child)<<endl;
+        //other_low_sqr_d(child) = std::min(
+        //  other_low_sqr_d(child),
         //  this_tree->squared_distance_helper(
-        //    V,Ele,other_tree,other_V,other_Ele,other_max_sqr_d(child),sqrD,I,C));
-        //cout<<"after: "<<other_max_sqr_d(child)<<endl;
+        //    V,Ele,other_tree,other_V,other_Ele,other_low_sqr_d(child),sqrD,I,C));
+        //cout<<"after: "<<other_low_sqr_d(child)<<endl;
           this_tree->squared_distance_helper(
             V,Ele,other_tree,other_V,other_Ele,0,sqrD,I,C);
       }
     }
   }
-  //const Scalar ret = other_max_sqr_d.maxCoeff();
-  //const auto mm = max_sqr_d(other);
+  //const Scalar ret = other_low_sqr_d.maxCoeff();
+  //const auto mm = low_sqr_d(other);
   //assert(mm == ret);
   //cout<<"non-leaf: "<<ret<<endl;
   //return ret;
   if(!other->is_leaf())
   {
-    other->m_max_sqr_d = std::max(other->m_left->m_max_sqr_d,other->m_right->m_max_sqr_d);
+    other->m_low_sqr_d = std::max(other->m_left->m_low_sqr_d,other->m_right->m_low_sqr_d);
   }
   return 0;
 #endif
@@ -766,16 +766,16 @@ IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::leaf_squared_distance(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
   const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
   const RowVectorDIMS & p,
-  const Scalar max_sqr_d,
+  const Scalar low_sqr_d,
   Scalar & sqr_d,
   int & i,
   Eigen::PlainObjectBase<RowVectorDIMS> & c) const
 {
   using namespace Eigen;
   using namespace std;
-  if(max_sqr_d > sqr_d)
+  if(low_sqr_d > sqr_d)
   {
-    sqr_d = max_sqr_d;
+    sqr_d = low_sqr_d;
     return;
   }
   RowVectorDIMS c_candidate;
@@ -1008,38 +1008,26 @@ igl::AABB<DerivedV,DIM>::intersect_ray(
 // namespace block instead. https://stackoverflow.com/a/25594681/148668
 namespace igl
 {
-  template<> 
-  template<>
-  IGL_INLINE float AABB<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, 2>::squared_distance(
-    Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, 
-    Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, 
-    Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> const&, 
-    int&, 
-    Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&) const 
-    { assert(false);return -1;};
-  template <>
-  template <>
-  IGL_INLINE float igl::AABB<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, 2>::squared_distance(
-    Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, 
-    Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, 
-    Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> const&, 
-    float, 
-    float, 
-    int&, 
-    Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&) const
-    { assert(false);return -1;};
-  template <>
-  template <>
-  IGL_INLINE void igl::AABB<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, 2>::init
-  (Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, 
-   Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&)
-    { assert(false);};
+  template<> template<> IGL_INLINE float AABB<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, 2>::squared_distance( Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> const&, int&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&) const { assert(false);return -1;};
+  template<> template<> IGL_INLINE float igl::AABB<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, 2>::squared_distance( Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> const&, float, float, int&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&) const { assert(false);return -1;};
+  template<> template<> IGL_INLINE void igl::AABB<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, 2>::init (Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&) { assert(false);};
+  template<> template<> IGL_INLINE double AABB<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, 2>::squared_distance( Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> const&, int&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >&) const { assert(false);return -1;};
+  template<> template<> IGL_INLINE double igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, 2>::squared_distance( Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> const&, double, double, int&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >&) const { assert(false);return -1;};
+  template<> template<> IGL_INLINE void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, 2>::init (Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&) { assert(false);};
+  template<> template<> IGL_INLINE void igl::AABB<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, 2>::init(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&) {assert(false);};
+  template<> template<> IGL_INLINE float igl::AABB<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, 2>::squared_distance(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> const&, float, float, int&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&) const { assert(false);return -1;};
 }
 
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+// generated by autoexplicit.sh
+template float igl::AABB<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, 3>::squared_distance<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> const&, float, float, int&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&) const;
+// generated by autoexplicit.sh
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::AABB<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, 3>::init<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::serialize<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, int) const;
 // generated by autoexplicit.sh
 template std::vector<int, std::allocator<int> > igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::find<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, bool) const;

include/igl/AABB.h

@@ -36,12 +36,12 @@ public:
       Eigen::AlignedBox<Scalar,DIM> m_box;
       // -1 non-leaf
       int m_primitive;
-      //Scalar m_max_sqr_d;
+      //Scalar m_low_sqr_d;
       //int m_depth;
       AABB():
         m_left(NULL), m_right(NULL),
         m_box(), m_primitive(-1)
-        //m_max_sqr_d(std::numeric_limits<double>::infinity()),
+        //m_low_sqr_d(std::numeric_limits<double>::infinity()),
         //m_depth(0)
     {}
       // http://stackoverflow.com/a/3279550/148668
@@ -50,7 +50,7 @@ public:
         m_right(other.m_right ? new AABB(*other.m_right) : NULL),
         m_box(other.m_box),
         m_primitive(other.m_primitive)
-        //m_max_sqr_d(other.m_max_sqr_d),
+        //m_low_sqr_d(other.m_low_sqr_d),
         //m_depth(std::max(
         //   m_left ? m_left->m_depth + 1 : 0,
         //   m_right ? m_right->m_depth + 1 : 0))
@@ -65,7 +65,7 @@ public:
         swap(first.m_right,second.m_right);
         swap(first.m_box,second.m_box);
         swap(first.m_primitive,second.m_primitive);
-        //swap(first.m_max_sqr_d,second.m_max_sqr_d);
+        //swap(first.m_low_sqr_d,second.m_low_sqr_d);
         //swap(first.m_depth,second.m_depth);
       }
       // Pass-by-value (aka copy)
@@ -208,11 +208,13 @@ public:
       //   V  #V by dim list of vertex positions
       //   Ele  #Ele by dim list of simplex indices
       //   p  dim-long query point 
-      //   min_sqr_d  specified maximum squared distance 
-      //   min_sqr_d  current minimum squared distance (only consider distances
-      //     less than this), see output.
+      //   low_sqr_d  lower bound on squared distance, specified maximum squared
+      //     distance 
+      //   up_sqr_d  current upper bounded on squared distance, current minimum
+      //     squared distance (only consider distances less than this), see
+      //     output.
       // Outputs:
-      //   min_sqr_d  updated current minimum squared distance
+      //   up_sqr_d  updated current minimum squared distance
       //   i  facet index corresponding to smallest distances
       //   c  closest point
       // Returns squared distance
@@ -224,17 +226,17 @@ public:
         const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
         const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
         const RowVectorDIMS & p,
-        const Scalar max_sqr_d,
-        const Scalar min_sqr_d,
+        const Scalar low_sqr_d,
+        const Scalar up_sqr_d,
         int & i,
         Eigen::PlainObjectBase<RowVectorDIMS> & c) const;
-      // Default max_sqr_d
+      // Default low_sqr_d
       template <typename DerivedEle>
       IGL_INLINE Scalar squared_distance(
         const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
         const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
         const RowVectorDIMS & p,
-        const Scalar min_sqr_d,
+        const Scalar up_sqr_d,
         int & i,
         Eigen::PlainObjectBase<RowVectorDIMS> & c) const;
       // All hits
@@ -336,7 +338,7 @@ private:
         const AABB<Derivedother_V,DIM> * other,
         const Eigen::MatrixBase<Derivedother_V> & other_V,
         const Eigen::MatrixBase<Derivedother_Ele>& other_Ele, 
-        const Scalar min_sqr_d,
+        const Scalar up_sqr_d,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedsqrD> & sqrD,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedI> & I,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C) const;
@@ -360,11 +362,11 @@ private:
         const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
         const Eigen::MatrixBase<DerivedEle> & Ele, 
         const RowVectorDIMS & p,
-        const Scalar max_sqr_d,
+        const Scalar low_sqr_d,
         Scalar & sqr_d,
         int & i,
         Eigen::PlainObjectBase<RowVectorDIMS> & c) const;
-      // Default max_sqr_d
+      // Default low_sqr_d
       template <typename DerivedEle>
       IGL_INLINE void leaf_squared_distance(
         const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,

include/igl/WindingNumberAABB.h

@@ -371,17 +371,7 @@ inline typename DerivedV::Scalar
     }
   }
   PBF.conservativeResize(pbfi,PBF.cols());
-  typename DerivedV::Scalar w = 
-    numeric_limits<typename DerivedV::Scalar>::infinity();
-  igl::winding_number_3(
-    BV.data(),
-    BV.rows(),
-    PBF.data(),
-    PBF.rows(),
-    p.data(),
-    1,
-    &w);
-  return w;
+  return igl::winding_number(BV,PBF,p);
 }
 
 #endif

include/igl/WindingNumberTree.h

@@ -362,16 +362,7 @@ template <typename Point, typename DerivedV, typename DerivedF>
 inline typename DerivedV::Scalar 
   igl::WindingNumberTree<Point,DerivedV,DerivedF>::winding_number_all(const Point & p) const
 {
-  typename DerivedV::Scalar w = 0;
-  igl::winding_number_3(
-    V.data(),
-    V.rows(),
-    F.data(),
-    F.rows(),
-    p.data(),
-    1,
-    &w);
-  return w;
+  return igl::winding_number(V,F,p);
 }
 
 template <typename Point, typename DerivedV, typename DerivedF>
@@ -380,18 +371,7 @@ igl::WindingNumberTree<Point,DerivedV,DerivedF>::winding_number_boundary(const P
 {
   using namespace Eigen;
   using namespace std;
-
-  typename DerivedV::Scalar w = 0;
-  // `cap` is already flipped inside out, so we don't need to flip sign of w
-  igl::winding_number_3(
-    V.data(),
-    V.rows(),
-    cap.data(),
-    cap.rows(),
-    &p[0],
-    1,
-    &w);
-  return w;
+  return igl::winding_number(V,cap,p);
 }
 
 //template <typename Point, typename DerivedV, typename DerivedF>

include/igl/barycenter.cpp

@@ -34,6 +34,10 @@ IGL_INLINE void igl::barycenter(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::barycenter<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::barycenter<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::barycenter<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::barycenter<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);

include/igl/copyleft/cgal/closest_facet.cpp

@@ -492,6 +492,8 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::closest_facet(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::closest_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Epeck, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Epeck, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> > > > const&, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> > const&, std::vector<bool, std::allocator<bool> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::closest_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Epeck, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Epeck, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> > > > const&, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> > const&, std::vector<bool, std::allocator<bool> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::closest_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/extract_cells.cpp

@@ -533,6 +533,8 @@ IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells_single_component(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template unsigned long igl::copyleft::cgal::extract_cells<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template unsigned long igl::copyleft::cgal::extract_cells<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
 template unsigned long igl::copyleft::cgal::extract_cells<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);

include/igl/copyleft/cgal/mesh_boolean.cpp

@@ -114,7 +114,11 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean(
     for(int d = 0;d<3;d++) VV(VA.rows()+b,d) = VB(b,d);
   }
   FF.block(0, 0, FA.rows(), 3) = FA;
-  FF.block(FA.rows(), 0, FB.rows(), 3) = FB.array() + VA.rows();
+  // Eigen struggles to assign nothing to nothing and will assert if FB is empty
+  if(FB.rows() > 0)
+  {
+    FF.block(FA.rows(), 0, FB.rows(), 3) = FB.array() + VA.rows();
+  }
   return mesh_boolean(VV,FF,sizes,wind_num_op,keep,VC,FC,J);
 }
 
@@ -428,6 +432,8 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::MeshBooleanType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::MeshBooleanType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::MeshBooleanType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/copyleft/cgal/mesh_to_cgal_triangle_list.cpp

@@ -48,6 +48,10 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);

include/igl/copyleft/cgal/minkowski_sum.cpp

@@ -11,7 +11,7 @@
 #include "../../slice.h"
 #include "../../slice_mask.h"
 #include "../../LinSpaced.h"
-#include "../../unique.h"
+#include "../../unique_rows.h"
 #include "../../get_seconds.h"
 #include "../../edges.h"
 #include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>

include/igl/copyleft/cgal/order_facets_around_edge.cpp

@@ -401,6 +401,10 @@ void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, bool);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, bool);

include/igl/copyleft/cgal/outer_element.cpp

@@ -217,4 +217,5 @@ template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -
 template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/outer_facet.cpp

@@ -150,6 +150,10 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::outer_facet(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, unsigned long&, bool&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, unsigned long&, bool&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);

include/igl/copyleft/cgal/propagate_winding_numbers.cpp

@@ -312,6 +312,8 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, unsigned long, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, unsigned long, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, unsigned long, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, unsigned long, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/remesh_intersections.cpp

@@ -11,7 +11,7 @@
 #include "projected_cdt.h"
 #include "../../get_seconds.h"
 #include "../../LinSpaced.h"
-#include "../../unique.h"
+#include "../../unique_rows.h"
 
 #include <vector>
 #include <map>
@@ -470,6 +470,10 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, CGAL::Epick, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, -1,   0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick,   Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>,   Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>,   Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double,   -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0,   -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>,   std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const&,   std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index,   std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index,   CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1,   0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1,   -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int,   -1, -1, 0, -1, -1>::Index const,   std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index,   CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1,   0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3,   0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/copyleft/cgal/remesh_self_intersections.cpp

@@ -83,6 +83,8 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/copyleft/cgal/remove_unreferenced.cpp

@@ -16,4 +16,5 @@ template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::G
 template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 4, 0, -1, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/submesh_aabb_tree.cpp

@@ -51,6 +51,8 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::submesh_aabb_tree(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::submesh_aabb_tree<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, CGAL::Epeck>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Epeck, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Epeck, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> > > >&, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >&, std::vector<bool, std::allocator<bool> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::submesh_aabb_tree<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, CGAL::Epeck>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Epeck, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Epeck, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> > > >&, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >&, std::vector<bool, std::allocator<bool> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::submesh_aabb_tree<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, CGAL::Epeck>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Epeck, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Epeck, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> > > >&, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >&, std::vector<bool, std::allocator<bool> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/unique.cpp

@@ -11,7 +11,4 @@
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 #undef IGL_STATIC_LIBRARY
 #include "../../unique.cpp"
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>,   Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>,   Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/unique_rows.cpp

@@ -0,0 +1,18 @@
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
+//
+// Copyright (C) 2017 Alec Jacobson <alecjacobson@gmail.com>
+//
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
+// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
+#include "../../unique_rows.h"
+#include <CGAL/Exact_predicates_inexact_constructions_kernel.h>
+#include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+#undef IGL_STATIC_LIBRARY
+#include "../../unique_rows.cpp"
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#endif
+

include/igl/copyleft/marching_cubes.cpp

@@ -241,6 +241,10 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::marching_cubes(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::marching_cubes<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, unsigned int, unsigned int, unsigned int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::marching_cubes<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, unsigned int, unsigned int, unsigned int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::marching_cubes<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, unsigned int, unsigned int, unsigned int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::marching_cubes<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, unsigned int, unsigned int, unsigned int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);

include/igl/copyleft/offset_surface.cpp

@@ -24,7 +24,7 @@ void igl::copyleft::offset_surface(
   const SignedDistanceType & signed_distance_type,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedSV> & SV,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedSF> & SF,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedGV> & GV,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedGV> &   GV,
   Eigen::PlainObjectBase<Derivedside> & side,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedS> & S)
 {
@@ -60,6 +60,10 @@ void igl::copyleft::offset_surface(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::offset_surface<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, float, int, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, float, int, igl::SignedDistanceType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::offset_surface<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, float, int, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, float, int, igl::SignedDistanceType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::offset_surface<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, double, int, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, double, int, igl::SignedDistanceType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::offset_surface<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, float, int, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, float, int, igl::SignedDistanceType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/doublearea.cpp

@@ -232,6 +232,12 @@ IGL_INLINE void igl::doublearea_quad(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::doublearea<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::doublearea<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::doublearea<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::doublearea<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::doublearea<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::doublearea<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&);

include/igl/edge_lengths.cpp

@@ -22,6 +22,10 @@ IGL_INLINE void igl::edge_lengths(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::edge_lengths<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::edge_lengths<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::edge_lengths<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::edge_lengths<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >&);

include/igl/exterior_edges.cpp

@@ -8,7 +8,7 @@
 #include "exterior_edges.h"
 #include "oriented_facets.h"
 #include "sort.h"
-#include "unique.h"
+#include "unique_rows.h"
 
 #include <cassert>
 #include <unordered_map>

include/igl/extract_manifold_patches.cpp

@@ -93,6 +93,8 @@ IGL_INLINE size_t igl::extract_manifold_patches(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template unsigned long igl::extract_manifold_patches<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template unsigned long igl::extract_manifold_patches<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,   Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #ifndef WIN32
 template size_t igl::extract_manifold_patches<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/flood_fill.cpp

@@ -92,6 +92,8 @@ IGL_INLINE void igl::flood_fill(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::flood_fill<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::flood_fill<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::flood_fill<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/grid.cpp

@@ -39,6 +39,10 @@ IGL_INLINE void igl::grid(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::grid<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::grid<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::grid<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::grid<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::grid<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);

include/igl/internal_angles.cpp

@@ -116,6 +116,8 @@ IGL_INLINE void igl::internal_angles_using_edge_lengths(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::internal_angles<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::internal_angles<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::internal_angles<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<unsigned int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<unsigned int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);

include/igl/is_boundary_edge.cpp

@@ -6,7 +6,7 @@
 // v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can 
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "is_boundary_edge.h"
-#include "unique.h"
+#include "unique_rows.h"
 #include "sort.h"
 
 template <

include/igl/ismember.cpp

@@ -11,6 +11,7 @@
 #include "sort.h"
 #include "sortrows.h"
 #include "unique.h"
+#include "unique_rows.h"
 
 template <
   typename DerivedA,

include/igl/list_to_matrix.cpp

@@ -119,6 +119,8 @@ IGL_INLINE bool igl::list_to_matrix(const std::vector<T > & V,Eigen::PlainObject
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::list_to_matrix<double, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(std::vector<std::vector<double, std::allocator<double> >, std::allocator<std::vector<double, std::allocator<double> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 // generated by autoexplicit.sh
 // generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::list_to_matrix<long, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);

include/igl/orientable_patches.cpp

@@ -8,7 +8,7 @@
 #include "orientable_patches.h"
 #include "components.h"
 #include "sort.h"
-#include "unique.h"
+#include "unique_rows.h"
 #include <vector>
 #include <iostream>
 

include/igl/per_edge_normals.cpp

@@ -115,6 +115,8 @@ IGL_INLINE void igl::per_edge_normals(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::per_edge_normals<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, igl::PerEdgeNormalsWeightingType, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::per_edge_normals<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, igl::PerEdgeNormalsWeightingType, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::per_edge_normals<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::PerEdgeNormalsWeightingType, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/per_face_normals.cpp

@@ -106,6 +106,8 @@ IGL_INLINE void igl::per_face_normals_stable(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::per_face_normals<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::per_face_normals<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::per_face_normals<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);

include/igl/per_vertex_normals.cpp

@@ -122,6 +122,8 @@ IGL_INLINE void igl::per_vertex_normals(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::per_vertex_normals<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, igl::PerVertexNormalsWeightingType, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::per_vertex_normals<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, igl::PerVertexNormalsWeightingType, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::per_vertex_normals<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);

include/igl/piecewise_constant_winding_number.cpp

@@ -13,8 +13,8 @@ template <
   typename DeriveduE,
   typename uE2EType>
 IGL_INLINE bool igl::piecewise_constant_winding_number(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduE>& uE,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
+  const Eigen::MatrixBase<DeriveduE>& uE,
   const std::vector<std::vector<uE2EType> >& uE2E)
 {
   const size_t num_faces = F.rows();
@@ -60,7 +60,7 @@ IGL_INLINE bool igl::piecewise_constant_winding_number(
 }
 template <typename DerivedF>
 IGL_INLINE bool igl::piecewise_constant_winding_number(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F)
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F)
 {
   Eigen::Matrix<typename DerivedF::Scalar,Eigen::Dynamic,2> E, uE;
   Eigen::Matrix<typename DerivedF::Scalar,Eigen::Dynamic,1> EMAP;
@@ -70,5 +70,8 @@ IGL_INLINE bool igl::piecewise_constant_winding_number(
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
-template bool igl::piecewise_constant_winding_number<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&);
+// Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::piecewise_constant_winding_number<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&);
+template bool igl::piecewise_constant_winding_number<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&);
 #endif

include/igl/piecewise_constant_winding_number.h

@@ -36,12 +36,12 @@ namespace igl
     typename DeriveduE,
     typename uE2EType>
   IGL_INLINE bool piecewise_constant_winding_number(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduE>& uE,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
+    const Eigen::MatrixBase<DeriveduE>& uE,
     const std::vector<std::vector<uE2EType> >& uE2E);
   template <typename DerivedF>
   IGL_INLINE bool piecewise_constant_winding_number(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F);
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F);
 }
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
 #  include "piecewise_constant_winding_number.cpp"

include/igl/point_simplex_squared_distance.cpp

@@ -154,9 +154,18 @@ IGL_INLINE void igl::point_simplex_squared_distance(
   point_simplex_squared_distance<DIM>( p, V, Ele, primitive, sqr_d, c, b );
 }
 
+namespace igl
+{
+  template <> IGL_INLINE void point_simplex_squared_distance<2>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, float&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&) {assert(false);};
+  template <> IGL_INLINE void point_simplex_squared_distance<2>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, double&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >&) {assert(false);};
+  template <> IGL_INLINE void point_simplex_squared_distance<2>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, double&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >&) {assert(false);};
+}
+
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-//template void igl::point_simplex_squared_distance<2, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, float, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, float&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::point_simplex_squared_distance<3, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, float, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, float&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::point_simplex_squared_distance<3, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, float, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, float&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
 // generated by autoexplicit.sh

include/igl/pseudonormal_test.cpp

@@ -191,11 +191,17 @@ namespace igl
 {
   template <> IGL_INLINE void pseudonormal_test(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&, float&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&){assert(false);};
   template <> IGL_INLINE void pseudonormal_test(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&, float&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&){assert(false);};
+  template <> IGL_INLINE void pseudonormal_test(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >&, double&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >&){assert(false);};
+  template <> IGL_INLINE void pseudonormal_test(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >&, double&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >&){assert(false);};
+  template <> IGL_INLINE void pseudonormal_test(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&, float&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&) {assert(false);};
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::pseudonormal_test<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, float, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&, float&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+// generated by autoexplicit.sh
 // generated by autoexplicit.sh
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::pseudonormal_test<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, -1, 1, 1, -1>, float, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, -1, 1, 1, -1> >&, float&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&);

include/igl/readMESH.cpp

@@ -489,6 +489,8 @@ IGL_INLINE bool igl::readMESH(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(__sFILE*, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(FILE*, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);

include/igl/read_triangle_mesh.cpp

@@ -168,6 +168,8 @@ IGL_INLINE bool igl::read_triangle_mesh(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);

include/igl/remove_duplicate_vertices.cpp

@@ -7,7 +7,7 @@
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "remove_duplicate_vertices.h"
 #include "round.h"
-#include "unique.h"
+#include "unique_rows.h"
 #include "colon.h"
 #include "slice.h"
 #include <functional>
@@ -68,6 +68,8 @@ IGL_INLINE void igl::remove_duplicate_vertices(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::remove_duplicate_vertices<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, double, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::remove_duplicate_vertices<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, double, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::remove_duplicate_vertices<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, double, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::remove_duplicate_vertices<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, double, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);

include/igl/remove_unreferenced.cpp

@@ -100,6 +100,9 @@ IGL_INLINE void igl::remove_unreferenced(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+// generated by autoexplicit.sh
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh

include/igl/resolve_duplicated_faces.cpp

@@ -84,6 +84,9 @@ IGL_INLINE void igl::resolve_duplicated_faces(
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+// Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::resolve_duplicated_faces<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::resolve_duplicated_faces<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::resolve_duplicated_faces<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::resolve_duplicated_faces<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);

include/igl/round.cpp

@@ -36,6 +36,8 @@ IGL_INLINE void igl::round(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::round<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::round<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::round<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> >&);

include/igl/signed_angle.cpp

@@ -0,0 +1,64 @@
+#include "signed_angle.h"
+#include "PI.h"
+#include <cmath>
+
+template <
+  typename DerivedA,
+  typename DerivedB,
+  typename DerivedP>
+IGL_INLINE typename DerivedA::Scalar igl::signed_angle(
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedB> & B,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedP> & P)
+{
+  typedef typename DerivedA::Scalar SType;
+  // Gather vectors to source and destination
+  SType o2A[2];
+  SType o2B[2];
+  // and lengths
+  SType o2Al = 0;
+  SType o2Bl = 0;
+  for(int i = 0;i<2;i++)
+  {
+    o2A[i] = P(i) - A(i);
+    o2B[i] = P(i) - B(i);
+    o2Al += o2A[i]*o2A[i];
+    o2Bl += o2B[i]*o2B[i];
+  }
+  o2Al = sqrt(o2Al);
+  o2Bl = sqrt(o2Bl);
+  // Normalize
+  for(int i = 0;i<2;i++)
+  {
+    // Matlab crashes on NaN
+    if(o2Al!=0)
+    {
+      o2A[i] /= o2Al;
+    }
+    if(o2Bl!=0)
+    {
+      o2B[i] /= o2Bl;
+    }
+  }
+  return
+    -atan2(o2B[0]*o2A[1]-o2B[1]*o2A[0],o2B[0]*o2A[0]+o2B[1]*o2A[1])/
+    (2.*igl::PI);
+}
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+// Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>::Scalar igl::signed_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true>::Scalar igl::signed_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false>::Scalar igl::signed_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>::Scalar igl::signed_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>::Scalar igl::signed_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>::Scalar igl::signed_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>::Scalar igl::signed_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> > const&);
+#endif

include/igl/signed_angle.h

@@ -0,0 +1,27 @@
+#ifndef IGL_SIGNED_ANGLE_H
+#define IGL_SIGNED_ANGLE_H
+#include "igl_inline.h"
+#include <Eigen/Dense>
+namespace igl
+{
+  // Compute the signed angle subtended by the oriented 3d triangle (A,B,C) at some point P
+  // 
+  // Inputs:
+  //   A  2D position of corner 
+  //   B  2D position of corner 
+  //   P  2D position of query point
+  //   returns signed angle
+  template <
+    typename DerivedA,
+    typename DerivedB,
+    typename DerivedP>
+  IGL_INLINE typename DerivedA::Scalar signed_angle(
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedB> & B,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedP> & P);
+}
+#ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
+#  include "signed_angle.cpp"
+#endif
+#endif
+

include/igl/signed_distance.cpp

@@ -140,10 +140,10 @@ IGL_INLINE void igl::signed_distance(
     {
       default:
       case 3:
-        q3 = P.row(p);
+        q3.head(P.row(p).size()) = P.row(p);
         break;
       case 2:
-        q2 = P.row(p);
+        q2 = P.row(p).head(2);
         break;
     }
     typename DerivedV::Scalar s=1,sqrd=0;
@@ -177,17 +177,12 @@ IGL_INLINE void igl::signed_distance(
           Scalar w = 0;
           if(dim == 3)
           {
-            const Scalar w = hier3.winding_number(q3.transpose());
-            s = 1.-2.*w;
+            s = 1.-2.*hier3.winding_number(q3.transpose());
           }else
           {
             assert(!V.derived().IsRowMajor);
             assert(!F.derived().IsRowMajor);
-            winding_number_2(
-              V.derived().data(),V.rows(),
-              F.derived().data(),F.rows(), 
-              q2.derived().data(), 1, &w);
-            s = 1.-2.*w;
+            s = 1.-2.*winding_number(V,F,q2);
           }
           break;
         }
@@ -446,12 +441,15 @@ IGL_INLINE void igl::signed_distance_winding_number(
   // colmajor order
   assert(!V.derived().IsRowMajor);
   assert(!F.derived().IsRowMajor);
-  winding_number_2(V.derived().data(), V.rows(), F.derived().data(), F.rows(), q.derived().data(), 1, &w);
-  s = 1.-2.*w;
+  s = 1.-2.*winding_number(V,F,q);
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::signed_distance<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, igl::SignedDistanceType, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>::Scalar, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>::Scalar, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::signed_distance<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, igl::SignedDistanceType, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>::Scalar, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>::Scalar, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::signed_distance<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, igl::SignedDistanceType, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::signed_distance_pseudonormal<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, double, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3> const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, double&, double&, int&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
 template void igl::signed_distance<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::SignedDistanceType, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);

include/igl/slice.cpp

@@ -248,6 +248,10 @@ IGL_INLINE DerivedX igl::slice(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::slice<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::slice<Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::slice<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> igl::slice<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> const&, int);

include/igl/solid_angle.cpp

@@ -0,0 +1,77 @@
+#include "solid_angle.h"
+#include "PI.h"
+#include <cmath>
+
+template <
+  typename DerivedA,
+  typename DerivedB,
+  typename DerivedC,
+  typename DerivedP>
+IGL_INLINE typename DerivedA::Scalar igl::solid_angle(
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedB> & B,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedC> & C,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedP> & P)
+{
+  typedef typename DerivedA::Scalar SType;
+  // Gather vectors to corners
+  Eigen::Matrix<SType,3,3> v;
+  // Don't use this since it will freak out for templates with != 3 size
+  //v<< (A-P),(B-P),(C-P);
+  for(int d = 0;d<3;d++)
+  {
+    v(0,d) = A(d)-P(d);
+    v(1,d) = B(d)-P(d);
+    v(2,d) = C(d)-P(d);
+  }
+  Eigen::Matrix<SType,1,3> vl = v.rowwise().norm();
+  //printf("\n");
+  // Compute determinant
+  SType detf = 
+    v(0,0)*v(1,1)*v(2,2)+
+    v(1,0)*v(2,1)*v(0,2)+
+    v(2,0)*v(0,1)*v(1,2)-
+    v(2,0)*v(1,1)*v(0,2)-
+    v(1,0)*v(0,1)*v(2,2)-
+    v(0,0)*v(2,1)*v(1,2);
+  // Compute pairwise dotproducts
+  Eigen::Matrix<SType,1,3> dp;
+  dp(0) = v(1,0)*v(2,0);
+  dp(0) += v(1,1)*v(2,1);
+  dp(0) += v(1,2)*v(2,2);
+  dp(1) = v(2,0)*v(0,0);
+  dp(1) += v(2,1)*v(0,1);
+  dp(1) += v(2,2)*v(0,2);
+  dp(2) = v(0,0)*v(1,0);
+  dp(2) += v(0,1)*v(1,1);
+  dp(2) += v(0,2)*v(1,2);
+  // Compute winding number
+  // Only divide by TWO_PI instead of 4*pi because there was a 2 out front
+  return atan2(detf,
+    vl(0)*vl(1)*vl(2) + 
+    dp(0)*vl(0) +
+    dp(1)*vl(1) +
+    dp(2)*vl(2)) / (2.*igl::PI);
+}
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+// Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>::Scalar igl::solid_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true>::Scalar igl::solid_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true>::Scalar igl::solid_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true>, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> const, 1, 3, true> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false>::Scalar igl::solid_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false>::Scalar igl::solid_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false>, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> const, 1, 3, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>::Scalar igl::solid_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>::Scalar igl::solid_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>::Scalar igl::solid_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>::Scalar igl::solid_angle<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false>, Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> > const&);
+#endif

include/igl/solid_angle.h

@@ -0,0 +1,29 @@
+#ifndef IGL_SOLID_ANGLE_H
+#define IGL_SOLID_ANGLE_H
+#include "igl_inline.h"
+#include <Eigen/Dense>
+namespace igl
+{
+  // Compute the signed solid angle subtended by the oriented 3d triangle (A,B,C) at some point P
+  // 
+  // Inputs:
+  //   A  3D position of corner 
+  //   B  3D position of corner 
+  //   C  3D position of corner 
+  //   P  3D position of query point
+  // Returns signed solid angle
+  template <
+    typename DerivedA,
+    typename DerivedB,
+    typename DerivedC,
+    typename DerivedP>
+  IGL_INLINE typename DerivedA::Scalar solid_angle(
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedB> & B,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedC> & C,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedP> & P);
+}
+#ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
+#  include "solid_angle.cpp"
+#endif
+#endif

include/igl/sort.cpp

@@ -316,6 +316,8 @@ if(!ascending)
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::sort<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, int, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::sort<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, int, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::sort<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, int, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);

include/igl/sortrows.cpp

@@ -108,6 +108,8 @@ IGL_INLINE void igl::sortrows(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/squared_edge_lengths.cpp

@@ -73,6 +73,10 @@ IGL_INLINE void igl::squared_edge_lengths(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::squared_edge_lengths<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::squared_edge_lengths<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::squared_edge_lengths<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::squared_edge_lengths<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);

include/igl/unique.cpp

@@ -198,65 +198,6 @@ IGL_INLINE void igl::unique(
 //   }
 // }
 
-template <typename DerivedA, typename DerivedC, typename DerivedIA, typename DerivedIC>
-IGL_INLINE void igl::unique_rows(
-  const Eigen::DenseBase<DerivedA>& A,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedC>& C,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA>& IA,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedIC>& IC)
-{
-  using namespace std;
-  using namespace Eigen;
-  VectorXi IM;
-  DerivedA sortA;
-  sortrows(A,true,sortA,IM);
-
-
-  const int num_rows = sortA.rows();
-  const int num_cols = sortA.cols();
-  vector<int> vIA(num_rows);
-  for(int i=0;i<num_rows;i++)
-  {
-    vIA[i] = i;
-  }
-
-  auto index_equal = [&sortA, &num_cols](const size_t i, const size_t j) {
-    for (size_t c=0; c<num_cols; c++) {
-      if (sortA(i,c) != sortA(j,c))
-        return false;
-    }
-    return true;
-  };
-  vIA.erase(
-    std::unique(
-    vIA.begin(),
-    vIA.end(),
-    index_equal
-    ),vIA.end());
-
-  IC.resize(A.rows(),1);
-  {
-    int j = 0;
-    for(int i = 0;i<num_rows;i++)
-    {
-      if(sortA.row(vIA[j]) != sortA.row(i))
-      {
-        j++;
-      }
-      IC(IM(i,0),0) = j;
-    }
-  }
-  const int unique_rows = vIA.size();
-  C.resize(unique_rows,A.cols());
-  IA.resize(unique_rows,1);
-  // Reindex IA according to IM
-  for(int i = 0;i<unique_rows;i++)
-  {
-    IA(i,0) = IM(vIA[i],0);
-    C.row(i) = A.row(IA(i,0));
-  }
-}
-
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
@@ -275,22 +216,4 @@ template void igl::unique<double>(std::vector<double, std::allocator<double> > c
 template void igl::unique<int>(std::vector<int, std::allocator<int> > const&, std::vector<int, std::allocator<int> >&);
 template void igl::unique<int>(std::vector<int, std::allocator<int> > const&, std::vector<int, std::allocator<int> >&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> >&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> >&);
 template void igl::unique<long>(std::vector<long, std::allocator<long> > const&, std::vector<long, std::allocator<long> >&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> >&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>,Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>,Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-#ifdef WIN32
-template void __cdecl igl::unique_rows<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &);
-#endif
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>,Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>,Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>,Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/unique.h

@@ -49,24 +49,6 @@ namespace igl
   IGL_INLINE void unique(
       const Eigen::DenseBase<DerivedA> & A,
       Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C);
-  // Act like matlab's [C,IA,IC] = unique(X,'rows')
-  //
-  // Templates:
-  //   DerivedA derived scalar type, e.g. MatrixXi or MatrixXd
-  //   DerivedIA derived integer type, e.g. MatrixXi
-  //   DerivedIC derived integer type, e.g. MatrixXi
-  // Inputs:
-  //   A  m by n matrix whose entries are to unique'd according to rows
-  // Outputs:
-  //   C  #C vector of unique rows in A
-  //   IA  #C index vector so that C = A(IA,:);
-  //   IC  #A index vector so that A = C(IC,:);
-  template <typename DerivedA, typename DerivedC, typename DerivedIA, typename DerivedIC>
-  IGL_INLINE void unique_rows(
-    const Eigen::DenseBase<DerivedA>& A,
-    Eigen::PlainObjectBase<DerivedC>& C,
-    Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA>& IA,
-    Eigen::PlainObjectBase<DerivedIC>& IC);
 }
 
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY

include/igl/unique_edge_map.cpp

@@ -46,6 +46,8 @@ IGL_INLINE void igl::unique_edge_map(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::unique_edge_map<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::unique_edge_map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::unique_edge_map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > >&);

include/igl/unique_rows.cpp

@@ -0,0 +1,97 @@
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
+//
+// Copyright (C) 2017 Alec Jacobson <alecjacobson@gmail.com>
+//
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
+// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
+#include "unique_rows.h"
+#include "sortrows.h"
+
+#include <algorithm>
+#include <iostream>
+#include <map>
+
+
+template <typename DerivedA, typename DerivedC, typename DerivedIA, typename DerivedIC>
+IGL_INLINE void igl::unique_rows(
+  const Eigen::DenseBase<DerivedA>& A,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedC>& C,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA>& IA,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedIC>& IC)
+{
+  using namespace std;
+  using namespace Eigen;
+  VectorXi IM;
+  DerivedA sortA;
+  sortrows(A,true,sortA,IM);
+
+
+  const int num_rows = sortA.rows();
+  const int num_cols = sortA.cols();
+  vector<int> vIA(num_rows);
+  for(int i=0;i<num_rows;i++)
+  {
+    vIA[i] = i;
+  }
+
+  auto index_equal = [&sortA, &num_cols](const size_t i, const size_t j) {
+    for (size_t c=0; c<num_cols; c++) {
+      if (sortA(i,c) != sortA(j,c))
+        return false;
+    }
+    return true;
+  };
+  vIA.erase(
+    std::unique(
+    vIA.begin(),
+    vIA.end(),
+    index_equal
+    ),vIA.end());
+
+  IC.resize(A.rows(),1);
+  {
+    int j = 0;
+    for(int i = 0;i<num_rows;i++)
+    {
+      if(sortA.row(vIA[j]) != sortA.row(i))
+      {
+        j++;
+      }
+      IC(IM(i,0),0) = j;
+    }
+  }
+  const int unique_rows = vIA.size();
+  C.resize(unique_rows,A.cols());
+  IA.resize(unique_rows,1);
+  // Reindex IA according to IM
+  for(int i = 0;i<unique_rows;i++)
+  {
+    IA(i,0) = IM(vIA[i],0);
+    C.row(i) = A.row(IA(i,0));
+  }
+}
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+// Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double,-1,-1,1,-1,-1>,Eigen::Matrix<double,-1,-1,1,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double,-1,-1,1,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double,-1,-1,1,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<float,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<float,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float,-1,3,0,-1,3> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<float,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<float,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float,-1,3,0,-1,3> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float,-1,3,0,-1,3> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<float,-1,3,1,-1,3>,Eigen::Matrix<float,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float,-1,3,1,-1,3> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<float,-1,3,1,-1,3>,Eigen::Matrix<float,-1,3,1,-1,3>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float,-1,3,1,-1,3> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float,-1,3,1,-1,3> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >&);
+#ifdef WIN32
+template void __cdecl igl::unique_rows<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &);
+#endif
+#endif

include/igl/unique_rows.h

@@ -0,0 +1,41 @@
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
+//
+// Copyright (C) 2017 Alec Jacobson <alecjacobson@gmail.com>
+//
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
+// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
+#ifndef IGL_UNIQUE_ROWS_H
+#define IGL_UNIQUE_ROWS_H
+#include "igl_inline.h"
+
+#include <vector>
+#include <Eigen/Core>
+namespace igl
+{
+  // Act like matlab's [C,IA,IC] = unique(X,'rows')
+  //
+  // Templates:
+  //   DerivedA derived scalar type, e.g. MatrixXi or MatrixXd
+  //   DerivedIA derived integer type, e.g. MatrixXi
+  //   DerivedIC derived integer type, e.g. MatrixXi
+  // Inputs:
+  //   A  m by n matrix whose entries are to unique'd according to rows
+  // Outputs:
+  //   C  #C vector of unique rows in A
+  //   IA  #C index vector so that C = A(IA,:);
+  //   IC  #A index vector so that A = C(IC,:);
+  template <typename DerivedA, typename DerivedC, typename DerivedIA, typename DerivedIC>
+  IGL_INLINE void unique_rows(
+    const Eigen::DenseBase<DerivedA>& A,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedC>& C,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA>& IA,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedIC>& IC);
+
+}
+
+#ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
+#  include "unique_rows.cpp"
+#endif
+
+#endif

include/igl/unique_simplices.cpp

@@ -7,7 +7,7 @@
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "unique_simplices.h"
 #include "sort.h"
-#include "unique.h"
+#include "unique_rows.h"
 #include "parallel_for.h"
 
 template <
@@ -47,6 +47,8 @@ IGL_INLINE void igl::unique_simplices(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);

include/igl/unzip_corners.cpp

@@ -7,7 +7,7 @@
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "unzip_corners.h"
 
-#include "unique.h"
+#include "unique_rows.h"
 #include "slice.h"
 
 template < typename DerivedA, typename DerivedU, typename DerivedG, typename DerivedJ >

include/igl/vertex_triangle_adjacency.cpp

@@ -45,6 +45,8 @@ IGL_INLINE void igl::vertex_triangle_adjacency(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::vertex_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, unsigned long, unsigned long>(Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Scalar, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > >&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::vertex_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&);
 template void igl::vertex_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<unsigned int, -1, -1, 1, -1, -1>, unsigned int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned int, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned int, std::allocator<unsigned int> >, std::allocator<std::vector<unsigned int, std::allocator<unsigned int> > > >&, std::vector<std::vector<unsigned int, std::allocator<unsigned int> >, std::allocator<std::vector<unsigned int, std::allocator<unsigned int> > > >&);
 template void igl::vertex_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&);

include/igl/voxel_grid.cpp

@@ -64,6 +64,10 @@ IGL_INLINE void igl::voxel_grid(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::voxel_grid<float, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> >(Eigen::AlignedBox<float, 3> const&, int, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::voxel_grid<float, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> >(Eigen::AlignedBox<float, 3> const&, int, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::voxel_grid<double, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> >(Eigen::AlignedBox<double, 3> const&, int, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::voxel_grid<float, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::AlignedBox<float, 3> const&, int, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&);

include/igl/winding_number.cpp

@@ -7,16 +7,23 @@
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "winding_number.h"
 #include "WindingNumberAABB.h"
+#include "signed_angle.h"
+#include "parallel_for.h"
+#include "solid_angle.h"
+#include "PI.h"
 
-#include <igl/PI.h>
 #include <cmath>
 
-// IF THIS IS EVER TEMPLATED BE SURE THAT V IS COLMAJOR
+template <
+  typename DerivedV,
+  typename DerivedF,
+  typename DerivedO,
+  typename DerivedW>
 IGL_INLINE void igl::winding_number(
-  const Eigen::MatrixXd & V,
-  const Eigen::MatrixXi & F,
-  const Eigen::MatrixXd & O,
-  Eigen::VectorXd & W)
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedO> & O,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedW> & W)
 {
   using namespace Eigen;
   // make room for output
@@ -24,204 +31,83 @@ IGL_INLINE void igl::winding_number(
   switch(F.cols())
   {
     case 2:
-      return winding_number_2(
-        V.data(),
-        V.rows(),
-        F.data(),
-        F.rows(),
-        O.data(),
-        O.rows(),
-        W.data());
+    {
+      igl::parallel_for(O.rows(),[&](const int o)
+      {
+        W(o) = winding_number(V,F,O.row(o));
+      },10000);
+      return;
+    }
     case 3:
     {
-      WindingNumberAABB<Vector3d,MatrixXd,MatrixXi> hier(V,F);
+      WindingNumberAABB< 
+        Eigen::Matrix<typename DerivedV::Scalar,1,3>, 
+        DerivedV,
+        DerivedF> 
+        hier(V,F);
       hier.grow();
       // loop over origins
-      const int no = O.rows();
-#   pragma omp parallel for if (no>IGL_WINDING_NUMBER_OMP_MIN_VALUE)
-      for(int o = 0;o<no;o++)
-      {
-        Vector3d p = O.row(o);
-        W(o) = hier.winding_number(p);
-      }
+      igl::parallel_for(O.rows(),[&](const int o)
+        {
+          W(o) = hier.winding_number(O.row(o));
+        },10000);
       break;
     }
     default: assert(false && "Bad simplex size"); break;
   }
 }
 
-template <typename Scalar, typename DerivedF>
-IGL_INLINE void igl::winding_number_3(
-  const Scalar * V,
-  const int n,
-  const DerivedF * F,
-  const int m,
-  const Scalar * O,
-  const int no,
-  Scalar * S)
-{
-  // Initialize output
-  // loop over origins
-#pragma omp parallel for if (no>IGL_WINDING_NUMBER_OMP_MIN_VALUE)
-  for(int o = 0;o<no;o++)
-  {
-    S[o] = 0;
-  }
-  // Only use parallel for if there are many facets and more than one origin.
-  // Assumes that if there is exactly one origin then this is being called
-  // within an outer for loop which may be parallel
-#pragma omp parallel for if (m>IGL_WINDING_NUMBER_OMP_MIN_VALUE && no>1)
-  // loop over faces
-  for(int f = 0;f<m;f++)
-  {
-    // Gather corners 
-    Scalar C[3][3];
-    // loop around triangle
-    for(int t=0;t<3;t++)
-    {
-      // loop over dimensions
-      for(int d = 0;d<3;d++)
-      {
-        // Indices are offset by 1
-        int Ff = F[m*t + f];
-        C[t][d] = V[d*n + Ff];
-      }
-    }
-    // loop over origins
-    for(int o = 0;o<no;o++)
-    {
-      // Gather vectors to corners
-      Scalar v[3][3];
-      Scalar vl[3];
-      // loop around triangle
-      for(int t=0;t<3;t++)
-      {
-        vl[t] = 0;
-        // loop over dimensions
-        for(int d = 0;d<3;d++)
-        {
-          v[t][d] = C[t][d] - O[d*no + o];
-          // compute edge length contribution
-          vl[t] += v[t][d]*v[t][d];
-        }
-        // finish edge length computation
-        // Matlab crashes on NaN
-        if(vl[t]!=0)
-        {
-          vl[t] = sqrt(vl[t]);
-        }
-      }
-      //printf("\n");
-      // Compute determinant
-      Scalar detf = 
-        v[0][0]*v[1][1]*v[2][2]+
-        v[1][0]*v[2][1]*v[0][2]+
-        v[2][0]*v[0][1]*v[1][2]-
-        v[2][0]*v[1][1]*v[0][2]-
-        v[1][0]*v[0][1]*v[2][2]-
-        v[0][0]*v[2][1]*v[1][2];
-      // Compute pairwise dotproducts
-      Scalar dp[3];
-      dp[0] = v[1][0]*v[2][0];
-      dp[0] += v[1][1]*v[2][1];
-      dp[0] += v[1][2]*v[2][2];
-      dp[1] = v[2][0]*v[0][0];
-      dp[1] += v[2][1]*v[0][1];
-      dp[1] += v[2][2]*v[0][2];
-      dp[2] = v[0][0]*v[1][0];
-      dp[2] += v[0][1]*v[1][1];
-      dp[2] += v[0][2]*v[1][2];
-      // Compute winding number
-      // Only divide by TWO_PI instead of 4*pi because there was a 2 out front
-      Scalar val = atan2(detf,
-        vl[0]*vl[1]*vl[2] + 
-        dp[0]*vl[0] +
-        dp[1]*vl[1] +
-        dp[2]*vl[2]) / (2.*igl::PI);
-#pragma omp atomic
-      S[o] += val;
-    }
-  }
-}
-
-template <typename Scalar, typename DerivedF>
-IGL_INLINE void igl::winding_number_2(
-  const Scalar * V,
-  const int n,
-  const DerivedF * F,
-  const int m,
-  const Scalar * O,
-  const int no,
-  Scalar * S)
+template <
+  typename DerivedV,
+  typename DerivedF,
+  typename Derivedp>
+IGL_INLINE typename DerivedV::Scalar igl::winding_number(
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
+  const Eigen::MatrixBase<Derivedp> & p)
 {
-  // Initialize output
-  // loop over origins
-#pragma omp parallel for if (no>IGL_WINDING_NUMBER_OMP_MIN_VALUE)
-  for(int o = 0;o<no;o++)
-  {
-    S[o] = 0;
-  }
-#pragma omp parallel for if (m>IGL_WINDING_NUMBER_OMP_MIN_VALUE && no>1)
-  // loop over faces
+  typedef typename DerivedV::Scalar wType;
+  const int ss = F.cols();
+  const int m = F.rows();
+  wType w = 0;
   for(int f = 0;f<m;f++)
   {
-    // Index of source and destination
-    int s = F[m*0 + f];
-    int d = F[m*1 + f];
-    // Positions of source and destination
-    Scalar vs[2];
-    Scalar vd[2];
-    vs[0] = V[0*n + s];
-    vs[1] = V[1*n + s];
-    vd[0] = V[0*n + d];
-    vd[1] = V[1*n + d];
-    
-    // loop over origins
-    for(int o = 0;o<no;o++)
+    switch(ss)
     {
-      // Gather vectors to source and destination
-      Scalar o2vs[2];
-      Scalar o2vd[2];
-      // and lengths
-      Scalar o2vsl = 0;
-      Scalar o2vdl = 0;
-      for(int i = 0;i<2;i++)
+      case 2:
       {
-        o2vs[i] = O[i*no + o] - vs[i];
-        o2vd[i] = O[i*no + o] - vd[i];
-        o2vsl += o2vs[i]*o2vs[i];
-        o2vdl += o2vd[i]*o2vd[i];
+        w += igl::signed_angle( V.row(F(f,0)),V.row(F(f,1)),p);
+        break;
       }
-      o2vsl = sqrt(o2vsl);
-      o2vdl = sqrt(o2vdl);
-      // Normalize
-      for(int i = 0;i<2;i++)
+      case 3:
       {
-        // Matlab crashes on NaN
-        if(o2vsl!=0)
-        {
-          o2vs[i] /= o2vsl;
-        }
-        if(o2vdl!=0)
-        {
-          o2vd[i] /= o2vdl;
-        }
+        w += igl::solid_angle(V.row(F(f,0)), V.row(F(f,1)), V.row(F(f,2)),p);
+        break;
       }
-      Scalar val =
-        -atan2(o2vd[0]*o2vs[1]-o2vd[1]*o2vs[0],o2vd[0]*o2vs[0]+o2vd[1]*o2vs[1])/
-        (2.*igl::PI);
-#pragma omp atomic
-      S[o] += val;
+      default: assert(false); break;
     }
   }
+  return w;
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template void igl::winding_number_2<double,int>(double const*, int, int const*, int, double const*, int, double*);
-template void igl::winding_number_2<float, int>(float const*, int, int const*, int, float const*, int, float*);
-template void igl::winding_number_2<double, double>(double const*, int, double const*, int, double const*, int, double*);
-template void igl::winding_number_3<double, int>(double const*, int, int const*, int, double const*, int, double*);
-template void igl::winding_number_3<float, int>(float const*, int, int const*, int, float const*, int, float*);
-template void igl::winding_number_3<double, double>(double const*, int, double const*, int, double const*, int, double*);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::winding_number<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar igl::winding_number<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>::Scalar igl::winding_number<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>::Scalar igl::winding_number<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>::Scalar igl::winding_number<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>::Scalar igl::winding_number<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar igl::winding_number<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar igl::winding_number<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar igl::winding_number<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> > const&);
 #endif

include/igl/winding_number.h

@@ -28,52 +28,33 @@ namespace igl
   // Outputs:
   //  S  no by 1 list of winding numbers
   //
-  // 3d
+  template <
+    typename DerivedV,
+    typename DerivedF,
+    typename DerivedO,
+    typename DerivedW>
   IGL_INLINE void winding_number(
-    const Eigen::MatrixXd & V,
-    const Eigen::MatrixXi & F,
-    const Eigen::MatrixXd & O,
-    Eigen::VectorXd & W);
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedO> & O,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedW> & W);
+  // Compute winding number of a single point
+  //
   // Inputs:
-  //   V  pointer to array containing #V by 3 vertex positions along rows,
-  //     given in column major order
-  //   n  number of mesh vertices
-  //   F  pointer to array containing #F by 3 face indices along rows,
-  //     given in column major order
-  //   m  number of faces
-  //   O  pointer to array containing #O by 3 query positions along rows,
-  //     given in column major order
-  //   no  number of origins
+  //  V  n by dim list of vertex positions
+  //  F  #F by dim list of triangle indices, minimum index is 0
+  //  p  single origin position
   // Outputs:
-  //   S  no by 1 list of winding numbers
-  template <typename Scalar, typename DerivedF>
-  IGL_INLINE void winding_number_3(
-    const Scalar * V,
-    const int n,
-    const DerivedF * F,
-    const int m,
-    const Scalar * O,
-    const int no,
-    Scalar * S);
-  //// Only one evaluation origin
-  //template <typename DerivedF>
-  //IGL_INLINE void winding_number_3(
-  //  const double * V,
-  //  const int n,
-  //  const DerivedF * F,
-  //  const int m,
-  //  const double * O,
-  //  double * S);
-  // 2d
-  template <typename Scalar, typename DerivedF>
-  IGL_INLINE void winding_number_2(
-    const Scalar * V,
-    const int n,
-    const DerivedF * F,
-    const int m,
-    const Scalar * O,
-    const int no,
-    Scalar * S);
+  //  w  winding number of this point
+  //
+  template <
+    typename DerivedV,
+    typename DerivedF,
+    typename Derivedp>
+  IGL_INLINE typename DerivedV::Scalar winding_number(
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
+    const Eigen::MatrixBase<Derivedp> & p);
 }
 
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY

include/igl/writeMESH.cpp

@@ -137,6 +137,8 @@ IGL_INLINE bool igl::writeMESH(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::writeMESH<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::writeMESH<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::writeMESH<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3> > const&);

include/igl/writeOBJ.cpp

@@ -120,6 +120,12 @@ IGL_INLINE bool igl::writeOBJ(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::writeOBJ<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::writeOBJ<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::writeOBJ<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3> > const&);
 template bool igl::writeOBJ<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
 template bool igl::writeOBJ<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
 template bool igl::writeOBJ<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);

include/igl/writeOFF.cpp

@@ -77,6 +77,8 @@ IGL_INLINE bool igl::writeOFF(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::writeOFF<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::writeOFF<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3> > const&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::writeOFF<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);

include/igl/writePLY.cpp

@@ -156,6 +156,8 @@ IGL_INLINE bool igl::writePLY(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::writePLY<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, bool);
+// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::writePLY<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3> > const&, bool);
 template bool igl::writePLY<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, bool);
 template bool igl::writePLY<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, bool);

include/igl/writeSTL.cpp

@@ -111,6 +111,8 @@ IGL_INLINE bool igl::writeSTL(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::writeSTL<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, bool);
+// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::writeSTL<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, bool);
 template bool igl::writeSTL<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, bool);
 template bool igl::writeSTL<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3> > const&, bool);

include/igl/writeWRL.cpp

@@ -114,6 +114,8 @@ ccw TRUE
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::writeWRL<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::writeWRL<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::writeWRL<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3> > const&);

include/igl/write_triangle_mesh.cpp

@@ -59,6 +59,8 @@ IGL_INLINE bool igl::write_triangle_mesh(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::write_triangle_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, bool);
+// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::write_triangle_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, bool);
 // generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::write_triangle_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, const bool);