Merge remote-tracking branch 'upstream/master' into imgui

Former-commit-id: 52be21257f74a5ee08549e458b244ca08ac64088

.gitignore

@@ -101,3 +101,4 @@ tutorial/cmake-build-debug
 .vscode/
 .idea/
 site/
+*.egg-info/

.travis.yml

@@ -1,67 +1,73 @@
+dist: trusty
+sudo: true
 language: cpp
-sudo: false
-dist: precise
+cache: ccache
 matrix:
   include:
-    - os: linux
-      compiler: gcc-4.8.1
-      script:
-        - git submodule update --init --recursive
-        - mkdir external/glfw/include/GL
-        - wget --no-check-certificate -P external/glfw/include/GL http://www.opengl.org/registry/api/GL/glcorearb.h
-        - cd python
-        - mkdir build
-        - cd build
-        - cmake -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-4.8 -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-4.8 -DLIBIGL_WITH_EMBREE=OFF -DLIBIGL_USE_STATIC_LIBRARY=ON ../
-        - make -j 2
-        - cd ../tutorial
-        - python3 101_FileIO.py || { cd ../; mkdir build2; cd build2; cmake -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-4.8 -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-4.8 -DLIBIGL_WITH_EMBREE=OFF -DLIBIGL_USE_STATIC_LIBRARY=ON - DCHECK_UNDEFINED=ON ../; make -j 2; }
-        - cd ../../
-        - cd tutorial
-        - mkdir build
-        - cd build
-        - cmake -DLIBIGL_USE_STATIC_LIBRARY=ON  -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-4.8 -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-4.8 -DLIBIGL_WITH_EMBREE=OFF ../
-        - make -j 2
-      addons:
-        apt:
-          sources:
-            - ubuntu-toolchain-r-test
-            - george-edison55-precise-backports
-          packages:
-            - xorg-dev
-            - libglu1-mesa-dev
-            - g++-4.8
-            - cmake
-            - cmake-data
-            - libblas-dev
-            - liblapack-dev
-    #         - binutils
-    #         - libx11-dev
-    #         - mesa-common-dev
-    #         - libgl1-mesa-dev
-    #         - libglu1-mesa-dev
-    #         - libxrandr-dev
-    #         - libxi-dev
-    #         - libxmu-dev
-    #         - libblas-dev
-    #         - xorg-dev
-    - os: osx
-      compiler: clang
-      script:
-        # - brew update
-        # - brew upgrade cmake
-        # - brew upgrade cgal
-        - git submodule update --init --recursive
-        - cd python
-        - mkdir build
-        - cd build
-        - cmake ../
-        - make -j 2
-        - cd ../tutorial
-        - python 101_FileIO.py
-        - cd ../../
-        - cd tutorial
-        - mkdir build
-        - cd build
-        - cmake -DLIBIGL_USE_STATIC_LIBRARY=ON ../
-        - make -j 2
+  - os: linux
+    compiler: gcc # 4.8.4 by default on Trusty
+    addons:
+      apt:
+        sources:
+        - ubuntu-toolchain-r-test
+        packages:
+        - libmpfr-dev
+        - libboost-filesystem-dev
+        - libboost-system-dev
+        - libboost-thread-dev
+        - libblas-dev
+        - liblapack-dev
+        - xorg-dev
+        - libglu1-mesa-dev
+        - python3-setuptools
+        - libpython3-dev
+    env:
+    - MATRIX_EVAL="export CONFIG=Debug && CHECK_UNDEFINED=ON && PYTHON=python3"
+  - os: linux
+    compiler: gcc-7
+    addons:
+      apt:
+        sources:
+        - ubuntu-toolchain-r-test
+        packages:
+        - gcc-7
+        - g++-7
+        - libmpfr-dev
+        - libboost-filesystem-dev
+        - libboost-system-dev
+        - libboost-thread-dev
+        - libblas-dev
+        - liblapack-dev
+        - xorg-dev
+        - libglu1-mesa-dev
+        - python3-setuptools
+        - libpython3-dev
+    env:
+    - MATRIX_EVAL="export CC=gcc-7 && CXX=g++-7 && CONFIG=Debug && CHECK_UNDEFINED=ON && PYTHON=python3"
+  - os: osx
+    compiler: clang
+    env:
+    - MATRIX_EVAL="export CONFIG=Debug && CHECK_UNDEFINED=ON && PYTHON=python3"
+
+install:
+- if [[ "$TRAVIS_OS_NAME" == "osx" ]]; then brew install ccache; fi
+- if [[ "$TRAVIS_OS_NAME" == "osx" ]]; then export PATH="/usr/local/opt/ccache/libexec:$PATH"; fi
+- eval "${MATRIX_EVAL}"
+- ccache --max-size=5.0G
+- ccache -V && ccache --show-stats && ccache --zero-stats
+
+script:
+# Python bindings
+- cd python
+- ${PYTHON} setup.py develop --user -- -DCMAKE_BUILD_TYPE=${CONFIG} -DLIBIGL_WITH_EMBREE=OFF -DLIBIGL_USE_STATIC_LIBRARY=ON -DCHECK_UNDEFINED=${CHECK_UNDEFINED}
+- cd tutorial
+- ${PYTHON} 101_FileIO.py
+- cd ../../
+- rm -rf python/build
+# Tutorials
+- cd tutorial
+- mkdir build
+- cd build
+- cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=$CONFIG -DLIBIGL_USE_STATIC_LIBRARY=ON ../
+- make -j 2
+- ccache --show-stats

include/igl/AABB.cpp

@@ -1071,4 +1071,5 @@ template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::init<Eigen
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 2>::init<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
 template double igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::squared_distance<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&, double, int&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&) const;
+template bool igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::intersect_ray<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&, igl::Hit&) const;
 #endif

include/igl/copyleft/tetgen/tetrahedralize.cpp

@@ -216,4 +216,5 @@ IGL_INLINE int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize(
 // Explicit template instantiation
 template int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>,Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>,Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(const Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > &,const Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &,const Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > &,const Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > &,const std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > &);
+template int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/exact_geodesic.cpp.REMOVED.git-id

@@ -1 +1 @@
-0ffa8b0392da9471a2fd26ec71effd909d4a75f3
+e20783b88c3cc89c874b97023ebfa0fc3ceb0377

include/igl/matrix_to_list.cpp

@@ -75,4 +75,5 @@ template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::D
 template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> >, std::allocator<std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> > > >&);
 template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> >&);
 template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1>::Scalar> >&);
+template std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> > igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
 #endif

include/igl/ray_box_intersect.cpp

@@ -143,3 +143,7 @@ IGL_INLINE bool igl::ray_box_intersect(
   return true;
 #endif
 }
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+template bool igl::ray_box_intersect<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, double>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::AlignedBox<double, 3> const&, double const&, double const&, double&, double&);
+#endif

include/igl/ray_mesh_intersect.cpp

@@ -81,4 +81,6 @@ IGL_INLINE bool igl::ray_mesh_intersect(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 template bool igl::ray_mesh_intersect<Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<igl::Hit, std::allocator<igl::Hit> >&);
+template bool igl::ray_mesh_intersect<Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::Hit&);
+template bool igl::ray_mesh_intersect<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, igl::Hit&);
 #endif

python/CMakeLists.txt

@@ -10,8 +10,9 @@ project(pyigl)
 # set(PYTHON_INCLUDE_DIR "/usr/local/Cellar/python3/3.5.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/include/python3.5m")
 
 set(Python_ADDITIONAL_VERSIONS 3.4 3.5 3.6)
-find_package(PythonLibs REQUIRED)
 find_package(PythonInterp REQUIRED)
+find_package(PythonLibs REQUIRED)
+
 
 string(TOUPPER "${CMAKE_BUILD_TYPE}" U_CMAKE_BUILD_TYPE)
 if(UNIX)

python/setup.py

@@ -0,0 +1,90 @@
+import os
+import re
+import sys
+import platform
+import subprocess
+
+from setuptools import setup, Extension
+from setuptools.command.build_ext import build_ext
+from distutils.version import LooseVersion
+from distutils.sysconfig import get_config_var
+from distutils.sysconfig import get_python_inc
+
+CMAKE_ADDITIONAL_OPT = []
+if '--' in sys.argv:
+    i = sys.argv.index('--')
+    CMAKE_ADDITIONAL_OPT = sys.argv[i+1:]
+    sys.argv = sys.argv[:i]
+
+class CMakeExtension(Extension):
+
+    def __init__(self, name, sourcedir=''):
+        Extension.__init__(self, name, sources=[])
+        self.sourcedir = os.path.abspath(sourcedir)
+
+
+class CMakeBuild(build_ext):
+
+    def run(self):
+        try:
+            out = subprocess.check_output(['cmake', '--version'])
+        except OSError:
+            raise RuntimeError("CMake must be installed to build the following extensions: " +
+                               ", ".join(e.name for e in self.extensions))
+
+        if platform.system() == "Windows":
+            cmake_version = LooseVersion(
+                re.search(r'version\s*([\d.]+)', out.decode()).group(1))
+            if cmake_version < '3.1.0':
+                raise RuntimeError("CMake >= 3.1.0 is required on Windows")
+
+        for ext in self.extensions:
+            self.build_extension(ext)
+
+    def build_extension(self, ext):
+        extdir = os.path.abspath(os.path.dirname(
+            self.get_ext_fullpath(ext.name)))
+
+        python_library = str(get_config_var('LIBDIR'))
+        python_include_directory = str(get_python_inc())
+
+        cmake_args = ['-DCMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY=' + extdir,
+                      '-DPYTHON_EXECUTABLE=' + sys.executable,
+                      '-DPYTHON_INCLUDE_DIR=' + python_include_directory, ]
+
+        cfg = 'Debug' if self.debug else 'Release'
+        build_args = ['--config', cfg]
+
+        if platform.system() == "Windows":
+            cmake_args += [
+                '-DCMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY_{}={}'.format(cfg.upper(), extdir)]
+            if sys.maxsize > 2**32:
+                cmake_args += ['-A', 'x64']
+            build_args += ['--', '/m']
+        else:
+            cmake_args += ['-DCMAKE_BUILD_TYPE=' + cfg]
+            build_args += ['--', '-j2']
+        cmake_args += CMAKE_ADDITIONAL_OPT
+
+        env = os.environ.copy()
+        env['CXXFLAGS'] = '{} -DVERSION_INFO=\\"{}\\"'.format(env.get('CXXFLAGS', ''),
+                                                              self.distribution.get_version())
+        if not os.path.exists(self.build_temp):
+            os.makedirs(self.build_temp)
+
+        subprocess.check_call(['cmake', ext.sourcedir] +
+                              cmake_args, cwd=self.build_temp, env=env)
+        subprocess.check_call(['cmake', '--build', '.'] +
+                              build_args, cwd=self.build_temp)
+
+setup(
+    name='pyigl',
+    version='0.0.1',
+    author='Geometric Computing Lab @ NYU',
+    author_email='info@geometriccomputing.org',
+    description='',
+    long_description='',
+    ext_modules=[CMakeExtension('pyigl')],
+    cmdclass=dict(build_ext=CMakeBuild),
+    zip_safe=False,
+)