some strange compilation issues, templates

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include/igl/AABB.cpp

@@ -8,7 +8,6 @@
 #include "AABB.h"
 #include "EPS.h"
 #include "barycenter.h"
-#include "barycentric_coordinates.h"
 #include "colon.h"
 #include "doublearea.h"
 #include "point_simplex_squared_distance.h"
@@ -816,9 +815,10 @@ IGL_INLINE void igl::AABB<DerivedV,DIM>::set_min(
 {
 #ifndef NDEBUG
   //std::cout<<matlab_format(c_candidate,"c_candidate")<<std::endl;
-  const Scalar pc_norm = (p-c_candidate).squaredNorm();
-  const Scalar diff = fabs(sqr_d_candidate - pc_norm);
-  assert(diff<=1e-10 && "distance should match norm of difference");
+  //// This doesn't quite make sense to check with bounds
+  // const Scalar pc_norm = (p-c_candidate).squaredNorm();
+  // const Scalar diff = fabs(sqr_d_candidate - pc_norm);
+  // assert(diff<=1e-10 && "distance should match norm of difference");
 #endif
   if(sqr_d_candidate < sqr_d)
   {
@@ -1015,7 +1015,8 @@ namespace igl
     Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, 
     Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> const&, 
     int&, 
-    Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&) const { return -1;};
+    Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&) const 
+    { assert(false);return -1;};
   template <>
   template <>
   IGL_INLINE float igl::AABB<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, 2>::squared_distance(
@@ -1025,12 +1026,20 @@ namespace igl
     float, 
     float, 
     int&, 
-    Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&) const { return -1;};
+    Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&) const
+    { assert(false);return -1;};
+  template <>
+  template <>
+  IGL_INLINE void igl::AABB<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, 2>::init
+  (Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, 
+   Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&)
+    { assert(false);};
 }
 
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::serialize<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, int) const;
 // generated by autoexplicit.sh
 template std::vector<int, std::allocator<int> > igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::find<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, bool) const;
@@ -1066,4 +1075,5 @@ template void igl::AABB<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, 3>::init<Eigen::M
 template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::init<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 2>::init<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
+template double igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::squared_distance<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&, double, int&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&) const;
 #endif

include/igl/barycentric_coordinates.cpp

@@ -102,7 +102,8 @@ IGL_INLINE void igl::barycentric_coordinates(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::barycentric_coordinates<Eigen::Matrix<float, 1, -1, 1, 1, -1>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
+template void igl::barycentric_coordinates<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
 template void igl::barycentric_coordinates<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
 template void igl::barycentric_coordinates<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::barycentric_coordinates<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&);

include/igl/copyleft/offset_surface.cpp

@@ -60,6 +60,8 @@ void igl::copyleft::offset_surface(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::offset_surface<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, double, int, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, double, int, igl::SignedDistanceType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::offset_surface<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, float, int, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, float, int, igl::SignedDistanceType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::offset_surface<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, double, int, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, double, int, igl::SignedDistanceType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/edge_lengths.cpp

@@ -22,6 +22,8 @@ IGL_INLINE void igl::edge_lengths(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::edge_lengths<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::edge_lengths<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::edge_lengths<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);

include/igl/flood_fill.cpp

@@ -8,12 +8,14 @@
 #include "flood_fill.h"
 #include <limits>
 
+template <typename Derivedres, typename DerivedS>
 IGL_INLINE void igl::flood_fill(
-  const Eigen::RowVector3i & res,
-  Eigen::VectorXd & S)
+  const Eigen::MatrixBase<Derivedres>& res, 
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedS> & S)
 {
   using namespace Eigen;
   using namespace std;
+  typedef typename DerivedS::Scalar Scalar;
   const auto flood = [&res,&S] (
      const int xi, 
      const int yi, 
@@ -21,7 +23,7 @@ IGL_INLINE void igl::flood_fill(
      const int signed_xi, 
      const int signed_yi, 
      const int signed_zi,
-     const double s)
+     const Scalar s)
     {
       // flood fill this value back on this row
       for(int bxi = xi;signed_xi<--bxi;)
@@ -49,7 +51,7 @@ IGL_INLINE void igl::flood_fill(
       }
     };
   int signed_zi = -1;
-  double s = numeric_limits<double>::quiet_NaN();
+  Scalar s = numeric_limits<Scalar>::quiet_NaN();
   for(int zi = 0;zi<res(2);zi++)
   {
     int signed_yi = -1;
@@ -86,3 +88,12 @@ IGL_INLINE void igl::flood_fill(
     }
   }
 }
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+// Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::flood_fill<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::flood_fill<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::flood_fill<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#endif

include/igl/flood_fill.h

@@ -22,7 +22,10 @@ namespace igl
   //     output
   // Outputs:
   //   S  flood fill data in place
-  IGL_INLINE void flood_fill(const Eigen::RowVector3i& res, Eigen::VectorXd& S);
+  template <typename Derivedres, typename DerivedS>
+  IGL_INLINE void flood_fill(
+    const Eigen::MatrixBase<Derivedres>& res, 
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedS> & S);
 }
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
 #  include "flood_fill.cpp"

include/igl/parallel_for.h

@@ -10,6 +10,9 @@
 #include "igl_inline.h"
 #include <functional>
 
+//#warning "Defining IGL_PARALLEL_FOR_FORCE_SERIAL"
+//#define IGL_PARALLEL_FOR_FORCE_SERIAL
+
 namespace igl
 {
   // PARALLEL_FOR Functional implementation of a basic, open-mp style, parallel

include/igl/project_to_line.cpp

@@ -121,6 +121,10 @@ IGL_INLINE void igl::project_to_line(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::project_to_line<Eigen::Matrix<float, 1, -1, 1, 1, -1>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::project_to_line<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::project_to_line<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::project_to_line<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, -1, -1, false>, Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1>, Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, -1, -1, false> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/project_to_line_segment.cpp

@@ -44,6 +44,10 @@ IGL_INLINE void igl::project_to_line_segment(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::project_to_line_segment<Eigen::Matrix<float, 1, -1, 1, 1, -1>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::project_to_line_segment<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::project_to_line_segment<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::project_to_line_segment<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2>, Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2>, Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&);

include/igl/pseudonormal_test.cpp

@@ -187,11 +187,23 @@ IGL_INLINE void igl::pseudonormal_test(
 // combinations of 3D V with DIM=2 AABB
 // 
 // _Define_ as a no-op rather than monkeying around with the proper code above
-template <> IGL_INLINE void igl::pseudonormal_test(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&, float&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&){};
+template <> IGL_INLINE void igl::pseudonormal_test(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&, float&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&){assert(false);};
+template <> IGL_INLINE void igl::pseudonormal_test(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&, float&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&){assert(false);};
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+// generated by autoexplicit.sh
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::pseudonormal_test<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, -1, 1, 1, -1>, float, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, -1, 1, 1, -1> >&, float&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::pseudonormal_test<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2>, Eigen::Matrix<float, 1, -1, 1, 1, -1>, float, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, -1, 1, 1, -1> >&, float&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&);
+template void igl::pseudonormal_test<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2>, Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2>, double, Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >&, double&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::pseudonormal_test<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1>, double, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> >&, double&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::pseudonormal_test<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2>, Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1>, double, Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> >&, double&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::pseudonormal_test<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, double, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&, double&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
 //template void igl::pseudonormal_test<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2>, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2>, float, Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&, float&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 2, 1, 1, 2> >&);
 template void igl::pseudonormal_test<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, float, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&, float&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&);

include/igl/signed_distance.cpp

@@ -38,7 +38,6 @@ IGL_INLINE void igl::signed_distance(
   using namespace Eigen;
   using namespace std;
   const int dim = V.cols();
-  assert(lower_bound <= upper_bound);
   assert((V.cols() == 3||V.cols() == 2) && "V should have 3d or 2d positions");
   assert((P.cols() == 3||P.cols() == 2) && "P should have 3d or 2d positions");
   assert(V.cols() == P.cols() && "V should have same dimension as P");
@@ -120,11 +119,7 @@ IGL_INLINE void igl::signed_distance(
       N.resize(P.rows(),dim);
       break;
   }
-
-  S.resize(P.rows(),1);
-  I.resize(P.rows(),1);
-  C.resize(P.rows(),dim);
-
+  //
   // convert to bounds on (unsiged) squared distances
   typedef typename DerivedV::Scalar Scalar; 
   const Scalar max_abs = std::max(std::abs(lower_bound),std::abs(upper_bound));
@@ -132,6 +127,10 @@ IGL_INLINE void igl::signed_distance(
   const Scalar low_sqr_d = 
     std::pow(std::max(max_abs-(upper_bound-lower_bound),(Scalar)0.0),2.0);
 
+  S.resize(P.rows(),1);
+  I.resize(P.rows(),1);
+  C.resize(P.rows(),dim);
+
   parallel_for(P.rows(),[&](const int p)
   //for(int p = 0;p<P.rows();p++)
   {
@@ -147,47 +146,68 @@ IGL_INLINE void igl::signed_distance(
         q2 = P.row(p);
         break;
     }
-    typename DerivedV::Scalar s,sqrd;
+    typename DerivedV::Scalar s=1,sqrd=0;
     Eigen::Matrix<typename DerivedV::Scalar,1,Eigen::Dynamic>  c;
     RowVector3S c3;
     Eigen::Matrix<typename DerivedV::Scalar,1,2>  c2;
     int i=-1;
-    switch(sign_type)
+    // in all cases compute squared unsiged distances
+    sqrd = dim==3?
+      tree3.squared_distance(V,F,q3,low_sqr_d,up_sqr_d,i,c3):
+      tree2.squared_distance(V,F,q2,low_sqr_d,up_sqr_d,i,c2);
+    if(sqrd >= up_sqr_d || sqrd <= low_sqr_d)
     {
-      default:
-        assert(false && "Unknown SignedDistanceType");
-      case SIGNED_DISTANCE_TYPE_UNSIGNED:
-        s = 1.;
-        sqrd = dim==3?
-          tree3.squared_distance(V,F,q3,low_sqr_d,up_sqr_d,i,c3):
-          tree2.squared_distance(V,F,q2,low_sqr_d,up_sqr_d,i,c2);
-        break;
-      case SIGNED_DISTANCE_TYPE_DEFAULT:
-      case SIGNED_DISTANCE_TYPE_WINDING_NUMBER:
-        dim==3 ? 
-          signed_distance_winding_number(
-            tree3,V,F,hier3,q3,low_sqr_d,up_sqr_d,s,sqrd,i,c3):
-          // Too lazy to add the bounds here... no reason not to
-          signed_distance_winding_number(tree2,V,F,q2,s,sqrd,i,c2);
-        break;
-      case SIGNED_DISTANCE_TYPE_PSEUDONORMAL:
+      // Out of bounds gets a nan (nans on grids can be flood filled later using
+      // igl::flood_fill)
+      S(p) = std::numeric_limits<double>::quiet_NaN();
+      I(p) = F.rows()+1;
+      C.row(p).setConstant(0);
+    }else
+    {
+      // Determine sign
+      switch(sign_type)
       {
-        RowVector3S n3;
-        Eigen::Matrix<typename DerivedV::Scalar,1,2>  n2;
-        dim==3 ?
-          signed_distance_pseudonormal(
-            tree3,V,F,FN,VN,EN,EMAP,q3,low_sqr_d,up_sqr_d,s,sqrd,i,c3,n3):
-          signed_distance_pseudonormal(
-            tree2,V,F,FN,VN,q2,        low_sqr_d,up_sqr_d,s,sqrd,i,c2,n2);
-        Eigen::Matrix<typename DerivedV::Scalar,1,Eigen::Dynamic>  n;
-        (dim==3 ? n = n3 : n = n2);
-        N.row(p) = n;
-        break;
+        default:
+          assert(false && "Unknown SignedDistanceType");
+        case SIGNED_DISTANCE_TYPE_UNSIGNED:
+          break;
+        case SIGNED_DISTANCE_TYPE_DEFAULT:
+        case SIGNED_DISTANCE_TYPE_WINDING_NUMBER:
+        {
+          Scalar w = 0;
+          if(dim == 3)
+          {
+            const Scalar w = hier3.winding_number(q3.transpose());
+            s = 1.-2.*w;
+          }else
+          {
+            assert(!V.derived().IsRowMajor);
+            assert(!F.derived().IsRowMajor);
+            winding_number_2(
+              V.derived().data(),V.rows(),
+              F.derived().data(),F.rows(), 
+              q2.derived().data(), 1, &w);
+            s = 1.-2.*w;
+          }
+          break;
+        }
+        case SIGNED_DISTANCE_TYPE_PSEUDONORMAL:
+        {
+          RowVector3S n3;
+          Eigen::Matrix<typename DerivedV::Scalar,1,2>  n2;
+          dim==3 ?
+            pseudonormal_test(V,F,FN,VN,EN,EMAP,q3,i,c3,s,n3):
+            pseudonormal_test(V,E,EN,VN,q2,i,c2,s,n2);
+          Eigen::Matrix<typename DerivedV::Scalar,1,Eigen::Dynamic>  n;
+          (dim==3 ? n = n3 : n = n2);
+          N.row(p) = n;
+          break;
+        }
       }
+      I(p) = i;
+      S(p) = s*sqrt(sqrd);
+      C.row(p) = (dim==3 ? c=c3 : c=c2);
     }
-    I(p) = i;
-    S(p) = s*sqrt(sqrd);
-    C.row(p) = (dim==3 ? c=c3 : c=c2);
   }
   ,10000);
 }
@@ -310,8 +330,6 @@ IGL_INLINE void igl::signed_distance_pseudonormal(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedEN> & EN,
   const Eigen::MatrixBase<DerivedEMAP> & EMAP,
   const Eigen::MatrixBase<Derivedq> & q,
-  const Scalar low_sqr_d,
-  const Scalar up_sqr_d,
   Scalar & s,
   Scalar & sqrd,
   int & i,
@@ -325,42 +343,10 @@ IGL_INLINE void igl::signed_distance_pseudonormal(
   //sqrd = tree.squared_distance(V,F,RowVector3S(q),i,(RowVector3S&)c);
   // Alec: Why was this constructor around c necessary?
   //sqrd = tree.squared_distance(V,F,q,i,(RowVector3S&)c);
-  sqrd = tree.squared_distance(V,F,q,low_sqr_d,up_sqr_d,i,c);
+  sqrd = tree.squared_distance(V,F,q,i,c);
   pseudonormal_test(V,F,FN,VN,EN,EMAP,q,i,c,s,n);
 }
 
-template <
-  typename DerivedV,
-  typename DerivedF,
-  typename DerivedFN,
-  typename DerivedVN,
-  typename DerivedEN,
-  typename DerivedEMAP,
-  typename Derivedq,
-  typename Scalar,
-  typename Derivedc,
-  typename Derivedn>
-IGL_INLINE void igl::signed_distance_pseudonormal(
-  const AABB<DerivedV,3> & tree,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedFN> & FN,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedVN> & VN,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEN> & EN,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEMAP> & EMAP,
-  const Eigen::MatrixBase<Derivedq> & q,
-  Scalar & s,
-  Scalar & sqrd,
-  int & i,
-  Eigen::PlainObjectBase<Derivedc> & c,
-  Eigen::PlainObjectBase<Derivedn> & n)
-{
-  Scalar low_sqr_d = 0;
-  Scalar up_sqr_d = std::numeric_limits<Scalar>::max();
-  return signed_distance_pseudonormal(
-    tree,V,F,FN,VN,EN,EMAP,q,low_sqr_d,up_sqr_d,s,sqrd,i,c,n);
-}
-
 template <
   typename DerivedV,
   typename DerivedE,
@@ -377,8 +363,6 @@ IGL_INLINE void igl::signed_distance_pseudonormal(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedEN> & EN,
   const Eigen::MatrixBase<DerivedVN> & VN,
   const Eigen::MatrixBase<Derivedq> & q,
-  const Scalar low_sqr_d,
-  const Scalar up_sqr_d,
   Scalar & s,
   Scalar & sqrd,
   int & i,
@@ -388,39 +372,10 @@ IGL_INLINE void igl::signed_distance_pseudonormal(
   using namespace Eigen;
   using namespace std;
   typedef Eigen::Matrix<typename DerivedV::Scalar,1,2> RowVector2S;
-  sqrd = tree.squared_distance(
-    V,E,RowVector2S(q),low_sqr_d,up_sqr_d,i,(RowVector2S&)c);
+  sqrd = tree.squared_distance(V,E,RowVector2S(q),i,(RowVector2S&)c);
   pseudonormal_test(V,E,EN,VN,q,i,c,s,n);
 }
 
-template <
-  typename DerivedV,
-  typename DerivedE,
-  typename DerivedEN,
-  typename DerivedVN,
-  typename Derivedq,
-  typename Scalar,
-  typename Derivedc,
-  typename Derivedn>
-IGL_INLINE void igl::signed_distance_pseudonormal(
-  const AABB<DerivedV,2> & tree,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedE> & E,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedEN> & EN,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedVN> & VN,
-  const Eigen::MatrixBase<Derivedq> & q,
-  Scalar & s,
-  Scalar & sqrd,
-  int & i,
-  Eigen::PlainObjectBase<Derivedc> & c,
-  Eigen::PlainObjectBase<Derivedn> & n)
-{
-  Scalar low_sqr_d = 0;
-  Scalar up_sqr_d = std::numeric_limits<Scalar>::max();
-  return signed_distance_pseudonormal(
-    tree,V,E,EN,VN,q,low_sqr_d,up_sqr_d,s,sqrd,i,c,n);
-}
-
 template <
   typename DerivedV,
   typename DerivedF,
@@ -453,8 +408,6 @@ IGL_INLINE void igl::signed_distance_winding_number(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
   const igl::WindingNumberAABB<Derivedq,DerivedV,DerivedF> & hier,
   const Eigen::MatrixBase<Derivedq> & q,
-  const Scalar low_sqr_d,
-  const Scalar up_sqr_d,
   Scalar & s,
   Scalar & sqrd,
   int & i,
@@ -463,35 +416,11 @@ IGL_INLINE void igl::signed_distance_winding_number(
   using namespace Eigen;
   using namespace std;
   typedef Eigen::Matrix<typename DerivedV::Scalar,1,3> RowVector3S;
-  sqrd = tree.squared_distance(
-      V,F,RowVector3S(q),low_sqr_d,up_sqr_d,i,(RowVector3S&)c);
+  sqrd = tree.squared_distance(V,F,RowVector3S(q),i,(RowVector3S&)c);
   const Scalar w = hier.winding_number(q.transpose());
   s = 1.-2.*w;
 }
 
-template <
-  typename DerivedV,
-  typename DerivedF,
-  typename Derivedq,
-  typename Scalar,
-  typename Derivedc>
-IGL_INLINE void igl::signed_distance_winding_number(
-  const AABB<DerivedV,3> & tree,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
-  const igl::WindingNumberAABB<Derivedq,DerivedV,DerivedF> & hier,
-  const Eigen::MatrixBase<Derivedq> & q,
-  Scalar & s,
-  Scalar & sqrd,
-  int & i,
-  Eigen::PlainObjectBase<Derivedc> & c)
-{
-  Scalar low_sqr_d = 0;
-  Scalar up_sqr_d = std::numeric_limits<Scalar>::max();
-  return signed_distance_winding_number(
-    tree,V,F,hier,q,low_sqr_d,up_sqr_d,s,sqrd,i,c);
-}
-
 template <
   typename DerivedV,
   typename DerivedF,

include/igl/signed_distance.h

@@ -160,63 +160,11 @@ namespace igl
     const Eigen::MatrixBase<DerivedEN> & EN,
     const Eigen::MatrixBase<DerivedEMAP> & EMAP,
     const Eigen::MatrixBase<Derivedq> & q,
-    const Scalar low_sqr_d,
-    const Scalar up_sqr_d,
     Scalar & s,
     Scalar & sqrd,
     int & i,
     Eigen::PlainObjectBase<Derivedc> & c,
     Eigen::PlainObjectBase<Derivedn> & n);
-  template <
-    typename DerivedV,
-    typename DerivedF,
-    typename DerivedFN,
-    typename DerivedVN,
-    typename DerivedEN,
-    typename DerivedEMAP,
-    typename Derivedq,
-    typename Scalar,
-    typename Derivedc,
-    typename Derivedn>
-  IGL_INLINE void signed_distance_pseudonormal(
-    const AABB<DerivedV,3> & tree,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedFN> & FN,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedVN> & VN,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedEN> & EN,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedEMAP> & EMAP,
-    const Eigen::MatrixBase<Derivedq> & q,
-    Scalar & s,
-    Scalar & sqrd,
-    int & i,
-    Eigen::PlainObjectBase<Derivedc> & c,
-    Eigen::PlainObjectBase<Derivedn> & n);
-
-  template <
-    typename DerivedV,
-    typename DerivedE,
-    typename DerivedEN,
-    typename DerivedVN,
-    typename Derivedq,
-    typename Scalar,
-    typename Derivedc,
-    typename Derivedn>
-  IGL_INLINE void signed_distance_pseudonormal(
-    const AABB<DerivedV,2> & tree,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedE> & E,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedEN> & EN,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedVN> & VN,
-    const Eigen::MatrixBase<Derivedq> & q,
-    const Scalar low_sqr_d,
-    const Scalar up_sqr_d,
-    Scalar & s,
-    Scalar & sqrd,
-    int & i,
-    Eigen::PlainObjectBase<Derivedc> & c,
-    Eigen::PlainObjectBase<Derivedn> & n);
-
   template <
     typename DerivedV,
     typename DerivedE,
@@ -238,7 +186,6 @@ namespace igl
     int & i,
     Eigen::PlainObjectBase<Derivedc> & c,
     Eigen::PlainObjectBase<Derivedn> & n);
-
   // Inputs:
   //   tree  AABB acceleration tree (see cgal/point_mesh_squared_distance.h)
   //   hier  Winding number evaluation hierarchy
@@ -270,29 +217,10 @@ namespace igl
     const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
     const igl::WindingNumberAABB<Derivedq,DerivedV,DerivedF> & hier,
     const Eigen::MatrixBase<Derivedq> & q,
-    const Scalar low_sqr_d,
-    const Scalar up_sqr_d,
     Scalar & s,
     Scalar & sqrd,
     int & i,
     Eigen::PlainObjectBase<Derivedc> & c);
-  template <
-    typename DerivedV,
-    typename DerivedF,
-    typename Derivedq,
-    typename Scalar,
-    typename Derivedc>
-  IGL_INLINE void signed_distance_winding_number(
-    const AABB<DerivedV,3> & tree,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
-    const igl::WindingNumberAABB<Derivedq,DerivedV,DerivedF> & hier,
-    const Eigen::MatrixBase<Derivedq> & q,
-    Scalar & s,
-    Scalar & sqrd,
-    int & i,
-    Eigen::PlainObjectBase<Derivedc> & c);
-
   template <
     typename DerivedV,
     typename DerivedF,