templates and example compilation bugs

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build/Makefile_embree

@@ -28,7 +28,7 @@ INC+=$(EIGEN3_INC)
 #EMBREE=../external/embree
 #EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/common -I$(EMBREE)/rtcore/
 EMBREE=../external/embree/
-EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/embree
+EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/include
 #EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/bin -lrtcore -lsys
 INC+=$(EMBREE_INC)
 

examples/ambient-occlusion/Makefile

@@ -14,11 +14,8 @@ LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglembree
 
 EIGEN3_INC=-I/opt/local/include/eigen3 -I/opt/local/include/eigen3/unsupported
 
-#EMBREE=$(LIBIGL)/external/embree
-#EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/rtcore -I$(EMBREE)/common
-#EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/build -lrtcore -lsys
 EMBREE=$(LIBIGL)/external/embree
-EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/embree
+EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/include
 EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/build -lembree -lsys
 
 ANTTWEAKBAR_INC=-I$(LIBIGL)/external/AntTweakBar/include

examples/arap/Makefile

@@ -15,12 +15,8 @@ LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglpng -liglsvd3x3
 EIGEN3_INC=-I/opt/local/include/eigen3 -I/opt/local/include/eigen3/unsupported
 #CFLAGS+=-DIGL_HEADER_ONLY
 
-
-#EMBREE=$(LIBIGL)/external/embree
-#EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/rtcore -I$(EMBREE)/common
-#EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/build -lrtcore -lsys
 EMBREE=$(LIBIGL)/external/embree
-EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/embree
+EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/include
 EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/build -lembree -lsys
 
 # YIMAGE Library

examples/basic_topology/Makefile

@@ -7,7 +7,7 @@ include ../../build/Makefile.conf
 igl_lib=../../
 eigen_lib=$(DEFAULT_PREFIX)/include/eigen3/
 
-CFLAGS+=-g
+CFLAGS+=-g -fopenmp
 inc=-I$(igl_lib)/include -I$(eigen_lib)
 lib=-L$(igl_lib)/lib -ligl
 

examples/colored-mesh/Makefile

@@ -14,11 +14,8 @@ LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglembree
 
 EIGEN3_INC=-I/opt/local/include/eigen3 -I/opt/local/include/eigen3/unsupported
 
-#EMBREE=$(LIBIGL)/external/embree
-#EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/rtcore -I$(EMBREE)/common
-#EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/build -lrtcore -lsys
 EMBREE=$(LIBIGL)/external/embree
-EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/embree
+EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/include
 EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/build -lembree -lsys
 
 ANTTWEAKBAR_INC=-I$(LIBIGL)/external/AntTweakBar/include

examples/embree/Makefile

@@ -17,7 +17,7 @@ LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglembree
 EIGEN3_INC=-I/opt/local/include/eigen3 -I/opt/local/include/eigen3/unsupported
 
 EMBREE=$(LIBIGL)/external/embree
-EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/embree
+EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/include
 EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/build -lembree -lsys
 
 ANTTWEAKBAR_INC=-I$(LIBIGL)/external/AntTweakBar/include

examples/flare-eyes/Makefile

@@ -10,16 +10,13 @@ all: obj example
 
 LIBIGL=../../
 LIBIGL_INC=-I$(LIBIGL)/include
-LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglmatlab -liglembree
+LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl
 
 EIGEN3_INC=-I/opt/local/include/eigen3 -I/opt/local/include/eigen3/unsupported
 
 ANTTWEAKBAR_INC=-I$(LIBIGL)/external/AntTweakBar/include
 ANTTWEAKBAR_LIB=-L$(LIBIGL)/external/AntTweakBar/lib -lAntTweakBar -framework AppKit
 
-MATLAB_INC=-I$(MATLAB)/extern/include/
-MATLAB_LIB=-L$(MATLAB)/bin/maci64 -lmx -lmat -lmex -lstdc++
-
 CARBON_LIB=-framework Carbon
 
 ## Use free glut for mouse scrolling

examples/flare-eyes/example.cpp

@@ -31,7 +31,6 @@
 
 #ifdef __APPLE__
 #include <GLUT/glut.h>
-#include <Carbon/Carbon.h>
 #else
 #include <GL/glut.h>
 #endif
@@ -525,14 +524,6 @@ void init_relative()
 }
 
 
-KeyMap keyStates ;
-bool IS_KEYDOWN( uint16_t vKey )
-{
-  uint8_t index = vKey / 32 ;
-  uint8_t shift = vKey % 32 ;
-  return keyStates[index].bigEndianValue & (1 << shift) ;
-}
-
 void undo()
 {
   using namespace std;

examples/intersections/Makefile

@@ -20,11 +20,8 @@ CGAL_FLAGS=-frounding-math -fsignaling-nans
 
 EIGEN3_INC=-I/opt/local/include/eigen3 -I/opt/local/include/eigen3/unsupported
 
-#EMBREE=$(LIBIGL)/external/embree
-#EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/rtcore -I$(EMBREE)/common
-#EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/build -lrtcore -lsys
 EMBREE=$(LIBIGL)/external/embree
-EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/embree
+EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/include
 EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/build -lembree -lsys
 
 ANTTWEAKBAR_INC=-I$(LIBIGL)/external/AntTweakBar/include

examples/multi-viewport/Makefile

@@ -10,7 +10,7 @@ all: example
 LIBIGL=/usr/local/igl/libigl/
 include $(LIBIGL)/build/Makefile.conf
 LIBIGL_INC=-I$(LIBIGL)/include
-LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglembree
+LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl
 
 EIGEN3_INC=-I/opt/local/include/eigen3 -I/opt/local/include/eigen3/unsupported
 CFLAGS+=-std=c++11 -g -Wno-deprecated-declarations

examples/patches/Makefile

@@ -20,7 +20,7 @@ ANTTWEAKBAR_INC=-I$(LIBIGL)/external/AntTweakBar/include
 ANTTWEAKBAR_LIB=-L$(LIBIGL)/external/AntTweakBar/lib -lAntTweakBar -framework AppKit
 
 EMBREE=$(LIBIGL)/external/embree
-EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/embree
+EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/include
 EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/build -lembree -lsys
 
 MATLAB_INC=-I$(MATLAB)/extern/include/

examples/randomly-sample-mesh/Makefile

@@ -10,7 +10,7 @@ all: obj example
 
 LIBIGL=../../
 LIBIGL_INC=-I$(LIBIGL)/include
-LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglmatlab -liglembree
+LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglmatlab
 
 EIGEN3_INC=-I/opt/local/include/eigen3 -I/opt/local/include/eigen3/unsupported
 

examples/rotate-widget/Makefile

@@ -10,7 +10,7 @@ all: obj example
 
 LIBIGL=../../
 LIBIGL_INC=-I$(LIBIGL)/include
-LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglmatlab -liglembree
+LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglmatlab
 
 EIGEN3_INC=-I/opt/local/include/eigen3 -I/opt/local/include/eigen3/unsupported
 

examples/scene-rotation/Makefile

@@ -10,7 +10,7 @@ all: obj example
 
 LIBIGL=../../
 LIBIGL_INC=-I$(LIBIGL)/include -DIGL_HEADER_ONLY
-LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglmatlab -liglembree
+LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglmatlab 
 
 EIGEN3_INC=-I/opt/local/include/eigen3 -I/opt/local/include/eigen3/unsupported
 

examples/skeleton-builder/Makefile

@@ -22,7 +22,7 @@ TETGEN_LIB=-L$(TETGEN) -ltet
 TETGEN_INC=-I$(TETGEN)
 
 EMBREE=$(LIBIGL)/external/embree
-EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/embree
+EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/include
 EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/build -lembree -lsys
 
 CARBON_LIB=-framework Carbon

examples/skeleton-posing/Makefile

@@ -10,7 +10,7 @@ all: obj example
 
 LIBIGL=../../
 LIBIGL_INC=-I$(LIBIGL)/include
-LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglembree -liglcgal -ligltetgen -liglbbw -liglmosek
+LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglcgal -ligltetgen -liglbbw -liglmosek
 
 EIGEN3_INC=-I/opt/local/include/eigen3 -I/opt/local/include/eigen3/unsupported
 

examples/skeleton/example.cpp

@@ -36,7 +36,6 @@
 
 #ifdef __APPLE__
 #include <GLUT/glut.h>
-#include <Carbon/Carbon.h>
 #else
 #include <GL/glut.h>
 #endif

examples/textured-mesh/Makefile

@@ -14,13 +14,6 @@ LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglpng
 
 EIGEN3_INC=-I/opt/local/include/eigen3 -I/opt/local/include/eigen3/unsupported
 
-#EMBREE=$(LIBIGL)/external/embree
-#EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/rtcore -I$(EMBREE)/common
-#EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/build -lrtcore -lsys
-EMBREE=$(LIBIGL)/external/embree
-EMBREE_INC=-I$(EMBREE)/ -I$(EMBREE)/embree
-EMBREE_LIB=-L$(EMBREE)/build -lembree -lsys
-
 # YIMAGE Library
 YIMG=$(LIBIGL)/external/yimg/
 YIMG_LIB=-L$(YIMG) -lyimg -lz -L/opt/local/lib -lpng -bind_at_load

examples/transparency/Makefile

@@ -10,7 +10,7 @@ all: example
 
 LIBIGL=../../
 LIBIGL_INC=-I$(LIBIGL)/include
-LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglmatlab -liglembree
+LIBIGL_LIB=-L$(LIBIGL)/lib -ligl -liglmatlab
 
 EIGEN3_INC=-I/opt/local/include/eigen3 -I/opt/local/include/eigen3/unsupported
 CFLAGS+=-O3 -fopenmp

include/igl/embree/unproject_in_mesh.cpp

@@ -121,5 +121,5 @@ template int igl::unproject_in_mesh<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> >(doubl
 template int igl::unproject_in_mesh<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> >(double, double, igl::EmbreeIntersector const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> >&);
 #  endif
 template int igl::unproject_in_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::Matrix<float, 2, 1, 0, 2, 1> const&, Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4> const&, Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4> const&, Eigen::Matrix<float, 4, 1, 0, 4, 1> const&, igl::EmbreeIntersector const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, std::vector<igl::Hit, std::allocator<igl::Hit> >&);
-template int igl::unproject_in_mesh<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::Matrix<float, 2, 1, 0, 2, 1> const&, Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4> const&, Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4> const&, Eigen::Matrix<float, 4, 1, 0, 4, 1> const&, igl::EmbreeIntersector const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&, std::__1::vector<igl::Hit, std::__1::allocator<igl::Hit> >&);
+template int igl::unproject_in_mesh<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::Matrix<float, 2, 1, 0, 2, 1> const&, Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4> const&, Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4> const&, Eigen::Matrix<float, 4, 1, 0, 4, 1> const&, igl::EmbreeIntersector const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&, std::vector<igl::Hit, std::allocator<igl::Hit> >&);
 #endif

include/igl/png/texture_from_png.h

@@ -8,6 +8,7 @@
 #ifndef IGL_TEXTURE_FROM_PNG_H
 #define IGL_TEXTURE_FROM_PNG_H
 #include "../igl_inline.h"
+#include <Eigen/Core>
 #include <string>
 
 #ifndef IGL_NO_OPENGL

include/igl/sort.cpp

@@ -223,4 +223,5 @@ template void igl::sort<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int,
 template void igl::sort<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::sort<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::sort_new<Eigen::Matrix<int, 1, 6, 1, 1, 6>, Eigen::Matrix<int, 1, 6, 1, 1, 6>, Eigen::Matrix<int, 1, 6, 1, 1, 6> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 1, 6, 1, 1, 6> > const&, int, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 1, 6, 1, 1, 6> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 1, 6, 1, 1, 6> >&);
+template void igl::sort<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, int, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&);
 #endif

include/igl/triangle_triangle_adjacency.cpp

@@ -210,4 +210,5 @@ template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0,
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, long, long>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > > >&, std::vector<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > > >&);
+template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/unique_simplices.cpp

@@ -60,4 +60,5 @@ IGL_INLINE void igl::unique_simplices(
 template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/unproject.cpp

@@ -91,6 +91,7 @@ template void igl::unproject<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix
 template Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> > igl::unproject<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> > const&);
 template void igl::unproject<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
 template Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > igl::unproject<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&);
+template Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> igl::unproject<float>(Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> const&, Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4> const&, Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4> const&, Eigen::Matrix<float, 4, 1, 0, 4, 1> const&);
 #endif
 template Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> igl::unproject<double>(Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> const&, Eigen::Matrix<double, 4, 4, 0, 4, 4> const&, Eigen::Matrix<double, 4, 4, 0, 4, 4> const&, Eigen::Matrix<double, 4, 1, 0, 4, 1> const&);
 #endif