templates, overloads, rm extra includes, etc.

include/igl/boundary_facets.cpp

@@ -9,7 +9,6 @@
 #include "face_occurrences.h"
 #include "list_to_matrix.h"
 #include "matrix_to_list.h"
-#include "matlab_format.h"
 #include "sort.h"
 #include "unique_rows.h"
 #include "accumarray.h"

include/igl/collapse_edge.h

@@ -37,9 +37,9 @@ namespace igl
   //     e=(j->i)
   //   EI  #E by 2 list of edge flap corners (see above).
   //   e1  index into E of edge collpased on left
-  //   e2  index into E of edge collpased on left
-  //   f1  index into E of edge collpased on left
-  //   f2  index into E of edge collpased on left
+  //   e2  index into E of edge collpased on right
+  //   f1  index into F of face collpased on left
+  //   f2  index into F of face collpased on right
   // Returns true if edge was collapsed
   #define IGL_COLLAPSE_EDGE_NULL 0
   IGL_INLINE bool collapse_edge(

include/igl/combine.cpp

@@ -90,6 +90,7 @@ IGL_INLINE void igl::combine(
 // Explicit template instantiation
 template void igl::combine<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<unsigned long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<unsigned long, -1, 1, 0, -1, 1> >(std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::combine<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
+template void igl::combine<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #ifdef WIN32
 template void igl::combine<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>, Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<unsigned __int64,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<unsigned __int64,-1,1,0,-1,1> >(class std::vector<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class std::allocator<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > > const &,class std::vector<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class std::allocator<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > > const &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned __int64,-1,1,0,-1,1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned __int64,-1,1,0,-1,1> > &);
 template void igl::combine<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>, Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<unsigned __int64,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<unsigned __int64,-1,1,0,-1,1> >(class std::vector<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class std::allocator<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > > const &,class std::vector<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class std::allocator<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > > const &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned __int64,-1,1,0,-1,1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned __int64,-1,1,0,-1,1> > &);

include/igl/copyleft/cgal/convex_hull.cpp

@@ -24,20 +24,48 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::convex_hull(
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedG> & G)
 {
   typedef CGAL::Exact_predicates_inexact_constructions_kernel      K;
-  typedef K::Point_3                                              Point_3;
-  //typedef CGAL::Delaunay_triangulation_3<K>                       Delaunay;
-  //typedef Delaunay::Vertex_handle                                 Vertex_handle;
-  //typedef CGAL::Surface_mesh<Point_3>                             Surface_mesh;
-  typedef CGAL::Polyhedron_3<K>                             Polyhedron_3;
-  std::vector<Point_3> points(V.rows());
-  for(int i = 0;i<V.rows();i++)
+  switch(V.cols())
   {
-    points[i] = Point_3(V(i,0),V(i,1),V(i,2));
+    case 3:
+    {
+      typedef K::Point_3                                              Point_3;
+      //typedef CGAL::Delaunay_triangulation_3<K>                       Delaunay;
+      //typedef Delaunay::Vertex_handle                                 Vertex_handle;
+      //typedef CGAL::Surface_mesh<Point_3>                             Surface_mesh;
+      typedef CGAL::Polyhedron_3<K>                             Polyhedron_3;
+      std::vector<Point_3> points(V.rows());
+      for(int i = 0;i<V.rows();i++)
+      {
+        points[i] = Point_3(V(i,0),V(i,1),V(i,2));
+      }
+      Polyhedron_3 poly;
+      CGAL::convex_hull_3(points.begin(),points.end(),poly);
+      assert(poly.is_pure_triangle() && "Assuming CGAL outputs a triangle mesh");
+      polyhedron_to_mesh(poly,W,G);
+      break;
+    }
+    case 2:
+    {
+      typedef K::Point_2 Point_2;
+      std::vector<Point_2> points(V.rows());
+      std::vector<Point_2> result;
+      for(int i = 0;i<V.rows();i++)
+      {
+        points[i] = Point_2(V(i,0),V(i,1));
+      }
+      CGAL::convex_hull_2(points.begin(),points.end(),std::back_inserter(result));
+      W.resize(result.size(),2);
+      G.resize(result.size(),2);
+      for(int i = 0;i<result.size();i++)
+      {
+        W(i,0) = result[i].x();
+        W(i,1) = result[i].y();
+        G(i,0) = i;
+        G(i,1) = (i+1)%result.size();
+      }
+      break;
+    }
   }
-  Polyhedron_3 poly;
-  CGAL::convex_hull_3(points.begin(),points.end(),poly);
-  assert(poly.is_pure_triangle() && "Assuming CGAL outputs a triangle mesh");
-  polyhedron_to_mesh(poly,W,G);
 }
 
 template <
@@ -69,4 +97,6 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::convex_hull(
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::convex_hull<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::convex_hull<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::convex_hull<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/remesh_intersections.cpp

@@ -524,6 +524,8 @@ template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, -1,   0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck,   Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>,   Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>,   Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double,   -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0,   -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>,   std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > > const&,   std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index,   std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index,   CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1,   0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1,   -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int,   -1, -1, 0, -1, -1>::Index const,   std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index,   CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1,   0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3,   0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, CGAL::Epick, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #ifdef WIN32
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class CGAL::Epeck, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epeck>, class std::allocator<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epeck>>> const &, class std::map<__int64, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>, struct std::less<__int64>, class std::allocator<struct std::pair<__int64 const, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>>>> const &, bool, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class CGAL::Epick, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epick>, class std::allocator<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epick>>> const &, class std::map<__int64, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>, struct std::less<__int64>, class std::allocator<struct std::pair<__int64 const, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>>>> const &, bool, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);

include/igl/copyleft/cgal/remesh_self_intersections.cpp

@@ -101,6 +101,7 @@ template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<Eigen::Matrix<CGAL:
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #ifdef WIN32
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, struct igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
 template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, struct igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);

include/igl/edge_lengths.cpp

@@ -55,4 +55,5 @@ template void igl::edge_lengths<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Ma
 template void igl::edge_lengths<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<unsigned int, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<unsigned int, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::edge_lengths<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<unsigned int, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<unsigned int, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::edge_lengths<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::edge_lengths<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/find.cpp

@@ -129,6 +129,7 @@ template void igl::find<double, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::M
 template void igl::find<double, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::SparseMatrix<double, 0, int> const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::find<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::find<double, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::SparseMatrix<double, 0, int> const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::find<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #if EIGEN_VERSION_AT_LEAST(3,3,0)
 #else
 template void igl::find<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_cmp_op<long, (Eigen::internal::ComparisonName)0>, Eigen::PartialReduxExpr<Eigen::Array<bool, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::internal::member_count<long>, 1> const, Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<long>, Eigen::Array<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_cmp_op<long, (Eigen::internal::ComparisonName)0>, Eigen::PartialReduxExpr<Eigen::Array<bool, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::internal::member_count<long>, 1> const, Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<long>, Eigen::Array<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/intrinsic_delaunay_triangulation.cpp

@@ -11,7 +11,6 @@
 #include "unique_edge_map.h"
 #include "flip_edge.h"
 #include "EPS.h"
-#include "matlab_format.h"
 #include <iostream>
 #include <queue>
 #include <map>

include/igl/is_intrinsic_delaunay.cpp

@@ -9,7 +9,6 @@
 #include "unique_edge_map.h"
 #include "tan_half_angle.h"
 #include "EPS.h"
-#include "matlab_format.h"
 #include "cotmatrix_entries.h"
 #include <iostream>
 #include <cassert>

include/igl/list_to_matrix.cpp

@@ -160,6 +160,7 @@ template bool igl::list_to_matrix<int, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(s
 template bool igl::list_to_matrix<unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template bool igl::list_to_matrix<int, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
 template bool igl::list_to_matrix<unsigned long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template bool igl::list_to_matrix<bool, Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >(std::vector<bool, std::allocator<bool> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 
 #ifdef WIN32
 template bool igl::list_to_matrix<double, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::vector<double, std::allocator<double> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);

include/igl/matlab_format.cpp

@@ -166,4 +166,9 @@ template Eigen::WithFormat<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> > const igl::ma
 template Eigen::WithFormat<Eigen::Matrix<int, 2, 2, 0, 2, 2> > const igl::matlab_format<Eigen::Matrix<int, 2, 2, 0, 2, 2> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, 2, 2, 0, 2, 2> > const&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >);
 template Eigen::WithFormat<Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4> > const igl::matlab_format<Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4> > const&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >);
 template Eigen::WithFormat<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> > const igl::matlab_format<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >);
+template Eigen::WithFormat<Eigen::CwiseUnaryOp<Eigen::internal::scalar_add_op<int>, Eigen::ArrayWrapper<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const> > const igl::matlab_format<Eigen::CwiseUnaryOp<Eigen::internal::scalar_add_op<int>, Eigen::ArrayWrapper<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const> >(Eigen::DenseBase<Eigen::CwiseUnaryOp<Eigen::internal::scalar_add_op<int>, Eigen::ArrayWrapper<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const> > const&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >);
+template Eigen::WithFormat<Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> > const igl::matlab_format<Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> > const&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >);
+template Eigen::WithFormat<Eigen::Transpose<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4>, -1, -1, false> > > const igl::matlab_format<Eigen::Transpose<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4>, -1, -1, false> > >(Eigen::DenseBase<Eigen::Transpose<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, 4, 4, 0, 4, 4>, -1, -1, false> > > const&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >);
+template Eigen::WithFormat<Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> > > const igl::matlab_format<Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> > >(Eigen::DenseBase<Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<float, 3, 1, 0, 3, 1> > > const&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >);
+
 #endif

include/igl/min_quad_with_fixed.cpp

@@ -12,7 +12,6 @@
 #include "find.h"
 #include "sparse.h"
 #include "repmat.h"
-#include "matlab_format.h"
 #include "EPS.h"
 #include "cat.h"
 
@@ -142,7 +141,7 @@ IGL_INLINE bool igl::min_quad_with_fixed_precompute(
       "#cols in Aequ should match #unknowns");
     data.AeqTQR.compute(data.Aequ.transpose().eval());
 #ifdef MIN_QUAD_WITH_FIXED_CPP_DEBUG
-    cout<<endl<<matlab_format(SparseMatrix<T>(data.Aequ.transpose().eval()),"AeqT")<<endl<<endl;
+    //cout<<endl<<matlab_format(SparseMatrix<T>(data.Aequ.transpose().eval()),"AeqT")<<endl<<endl;
 #endif
     switch(data.AeqTQR.info())
     {

include/igl/readOBJ.cpp

@@ -355,12 +355,9 @@ IGL_INLINE bool igl::readOBJ(
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::readOBJ<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::readOBJ<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::readOBJ<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::readOBJ<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::readOBJ<double, int>(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, std::vector<std::vector<double, std::allocator<double> >, std::allocator<std::vector<double, std::allocator<double> > > >&, std::vector<std::vector<double, std::allocator<double> >, std::allocator<std::vector<double, std::allocator<double> > > >&, std::vector<std::vector<double, std::allocator<double> >, std::allocator<std::vector<double, std::allocator<double> > > >&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&);
+template bool igl::readOBJ<double, int>(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, std::vector<std::vector<double, std::allocator<double> >, std::allocator<std::vector<double, std::allocator<double> > > >&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&);
 #endif

include/igl/remove_unreferenced.h

@@ -26,8 +26,10 @@ namespace igl
   // Outputs:
   //   NV  #NV by dim list of mesh vertex positions
   //   NF  #NF by ss list of simplices
-  //   IM  #V by 1 list of indices such that: NF = IM(F) and NT = IM(T)
+  //   I   #V by 1 list of indices such that: NF = IM(F) and NT = IM(T)
   //      and V(find(IM<=size(NV,1)),:) = NV
+  //   J  #NV by 1 list, such that NV = V(J,:)
+  //   
   //
   template <
     typename DerivedV,

include/igl/scaf.cpp

@@ -25,7 +25,6 @@
 #include <igl/local_basis.h>
 #include <igl/map_vertices_to_circle.h>
 #include <igl/polar_svd.h>
-#include <igl/readOBJ.h>
 #include <igl/slice.h>
 #include <igl/slice_into.h>
 #include <igl/slim.h>

include/igl/segment_segment_intersect.cpp

@@ -10,7 +10,7 @@
 #include <Eigen/Geometry>
 
 template<typename DerivedSource, typename DerivedDir>
-IGL_INLINE bool igl::segments_intersect(
+IGL_INLINE bool igl::segment_segment_intersect(
   const Eigen::PlainObjectBase <DerivedSource> &p,
   const Eigen::PlainObjectBase <DerivedDir> &r,
   const Eigen::PlainObjectBase <DerivedSource> &q,
@@ -63,5 +63,5 @@ IGL_INLINE bool igl::segments_intersect(
 };
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
-template bool igl::segments_intersect<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, double&, double&, double);
+template bool igl::segment_segment_intersect<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, double&, double&, double);
 #endif

include/igl/segment_segment_intersect.h

@@ -29,7 +29,7 @@ namespace igl
     //   u  scalar point of intersection along segment B, u \in [0,1]
     // Returns true if intersection
     template<typename DerivedSource, typename DerivedDir>
-    IGL_INLINE bool segments_intersect(
+    IGL_INLINE bool segment_segment_intersect(
             const Eigen::PlainObjectBase <DerivedSource> &p,
             const Eigen::PlainObjectBase <DerivedDir> &r,
             const Eigen::PlainObjectBase <DerivedSource> &q,

include/igl/squared_edge_lengths.cpp

@@ -105,4 +105,5 @@ template void igl::squared_edge_lengths<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, E
 template void igl::squared_edge_lengths<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<unsigned int, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<unsigned int, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::squared_edge_lengths<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::squared_edge_lengths<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::squared_edge_lengths<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/triangle_fan.cpp

@@ -9,9 +9,10 @@
 #include "exterior_edges.h"
 #include "list_to_matrix.h"
 
+template <typename DerivedE, typename Derivedcap>
 IGL_INLINE void igl::triangle_fan(
-  const Eigen::MatrixXi & E,
-  Eigen::MatrixXi & cap)
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedE> & E,
+  Eigen::PlainObjectBase<Derivedcap> & cap)
 {
   using namespace std;
   using namespace Eigen;
@@ -52,3 +53,6 @@ IGL_INLINE Eigen::MatrixXi igl::triangle_fan( const Eigen::MatrixXi & E)
   triangle_fan(E,cap);
   return cap;
 }
+
+#if IGL_STATIC_LIBRARY
+#endif

include/igl/triangle_fan.h

@@ -18,9 +18,10 @@ namespace igl
   //   E  #E by simplex_size-1  list of exterior edges (see exterior_edges.h)
   // Outputs:
   //   cap  #cap by simplex_size  list of "faces" tessellating the boundary edges
+  template <typename DerivedE, typename Derivedcap>
   IGL_INLINE void triangle_fan(
-    const Eigen::MatrixXi & E,
-    Eigen::MatrixXi & cap);
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedE> & E,
+    Eigen::PlainObjectBase<Derivedcap> & cap);
   // In-line version
   IGL_INLINE Eigen::MatrixXi triangle_fan( const Eigen::MatrixXi & E);
 }