py_vector.cpp 28 KB

123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748495051525354555657585960616263646566676869707172737475767778798081828384858687888990919293949596979899100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120121122123124125126127128129130131132133134135136137138139140141142143144145146147148149150151152153154155156157158159160161162163164165166167168169170171172173174175176177178179180181182183184185186187188189190191192193194195196197198199200201202203204205206207208209210211212213214215216217218219220221222223224225226227228229230231232233234235236237238239240241242243244245246247248249250251252253254255256257258259260261262263264265266267268269270271272273274275276277278279280281282283284285286287288289290291292293294295296297298299300301302303304305306307308309310311312313314315316317318319320321322323324325326327328329330331332333334335336337338339340341342343344345346347348349350351352353354355356357358359360361362363364365366367368369370371372373374375376377378379380381382383384385386387388389390391392393394395396397398399400401402403404405406407408409410411412413414415416417418419420421422423424425426427428429430431432433434435436437438439440441442443444445446447448449450451452453454455456457458459460461462463464465466467468469470471472473474475476477478479480481482483484485486487488489490491492493494495496497498499500501502503504505506507508509510511512513514515516517518519520521522523524525526527528529530531532533534535536537538539540541542543544545546547548549550551552553554555556557558559560561562563564565566567568569570571572573574575576577578579580581582583584585586587588589590591592593594595596597598599600601602603604605606607608609610611612613614615616617618619620621622623624625626627628629630631632633634635636637638639640641642643644645646647648649650651652653654655656657658659660661662663664665666667668669670671
  1. #include <Eigen/Geometry>
  2. #include <Eigen/Dense>
  3. #include <Eigen/Sparse>
  4. #include "python_shared.h"
  5. /// Creates Python bindings for a dynamic Eigen matrix
  6. template <typename Type>
  7. py::class_<Type> bind_eigen_2(py::module &m, const char *name,
  8. py::object parent = py::object()) {
  9. typedef typename Type::Scalar Scalar;
  10. /* Many Eigen functions are templated and can't easily be referenced using
  11. a function pointer, thus a big portion of the binding code below
  12. instantiates Eigen code using small anonymous wrapper functions */
  13. py::class_<Type> matrix(m, name, parent);
  14. matrix
  15. /* Constructors */
  16. .def(py::init<>())
  17. .def(py::init<size_t, size_t>())
  18. .def("__init__", [](Type &m, Scalar f) {
  19. new (&m) Type(1, 1);
  20. m(0, 0) = f;
  21. })
  22. .def("__init__", [](Type &m, std::vector<std::vector< Scalar> >& b) {
  23. if (b.size() == 0)
  24. {
  25. new (&m) Type(0, 0);
  26. return;
  27. }
  28. // Size checks
  29. unsigned rows = b.size();
  30. unsigned cols = b[0].size();
  31. for (unsigned i=0;i<rows;++i)
  32. if (b[i].size() != cols)
  33. throw std::runtime_error("All rows should have the same size!");
  34. new (&m) Type(rows, cols);
  35. m.resize(rows,cols);
  36. for (unsigned i=0;i<rows;++i)
  37. for (unsigned j=0;j<cols;++j)
  38. m(i,j) = b[i][j];
  39. return;
  40. })
  41. .def("__init__", [](Type &m, std::vector<Scalar>& b) {
  42. if (b.size() == 0)
  43. {
  44. new (&m) Type(0, 0);
  45. return;
  46. }
  47. // Size checks
  48. unsigned rows = b.size();
  49. unsigned cols = 1;
  50. new (&m) Type(rows, cols);
  51. m.resize(rows,cols);
  52. for (unsigned i=0;i<rows;++i)
  53. m(i,0) = b[i];
  54. return;
  55. })
  56. .def("__init__", [](Type &m, py::buffer b) {
  57. py::buffer_info info = b.request();
  58. if (info.format != py::format_descriptor<Scalar>::value())
  59. throw std::runtime_error("Incompatible buffer format!");
  60. if (info.ndim == 1) {
  61. new (&m) Type(info.shape[0], 1);
  62. memcpy(m.data(), info.ptr, sizeof(Scalar) * m.size());
  63. } else if (info.ndim == 2) {
  64. if (info.strides[0] == sizeof(Scalar)) {
  65. new (&m) Type(info.shape[0], info.shape[1]);
  66. memcpy(m.data(), info.ptr, sizeof(Scalar) * m.size());
  67. } else {
  68. new (&m) Type(info.shape[1], info.shape[0]);
  69. memcpy(m.data(), info.ptr, sizeof(Scalar) * m.size());
  70. m.transposeInPlace();
  71. }
  72. } else {
  73. throw std::runtime_error("Incompatible buffer dimension!");
  74. }
  75. })
  76. /* Size query functions */
  77. .def("size", [](const Type &m) { return m.size(); })
  78. .def("cols", [](const Type &m) { return m.cols(); })
  79. .def("rows", [](const Type &m) { return m.rows(); })
  80. .def("shape", [](const Type &m) { return std::tuple<int,int>(m.rows(), m.cols()); })
  81. /* Extract rows and colums */
  82. .def("col", [](const Type &m, int i) {
  83. if (i<0 || i>=m.cols())
  84. throw std::runtime_error("Column index out of bound.");
  85. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(m.col(i));
  86. })
  87. .def("row", [](const Type &m, int i) {
  88. if (i<0 || i>=m.rows())
  89. throw std::runtime_error("Row index out of bound.");
  90. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(m.row(i));
  91. })
  92. /* Initialization */
  93. .def("setZero", [](Type &m) { m.setZero(); })
  94. .def("setIdentity", [](Type &m) { m.setIdentity(); })
  95. .def("setConstant", [](Type &m, Scalar value) { m.setConstant(value); })
  96. .def("setRandom", [](Type &m) { m.setRandom(); })
  97. .def("setZero", [](Type &m, const int& r, const int& c) { m.setZero(r,c); })
  98. .def("setIdentity", [](Type &m, const int& r, const int& c) { m.setIdentity(r,c); })
  99. .def("setConstant", [](Type &m, const int& r, const int& c, Scalar value) { m.setConstant(r,c,value); })
  100. .def("setRandom", [](Type &m, const int& r, const int& c) { m.setRandom(r,c); })
  101. .def("setCol", [](Type &m, int i, const Type& v) { m.col(i) = v; })
  102. .def("setRow", [](Type &m, int i, const Type& v) { m.row(i) = v; })
  103. .def("setBlock", [](Type &m, int i, int j, int p, int q, const Type& v) { m.block(i,j,p,q) = v; })
  104. .def("block", [](Type &m, int i, int j, int p, int q) { return Type(m.block(i,j,p,q)); })
  105. .def("rightCols", [](Type &m, const int& k) { return Type(m.rightCols(k)); })
  106. .def("leftCols", [](Type &m, const int& k) { return Type(m.leftCols(k)); })
  107. .def("topRows", [](Type &m, const int& k) { return Type(m.topRows(k)); })
  108. .def("bottomRows", [](Type &m, const int& k) { return Type(m.bottomRows(k)); })
  109. .def("topLeftCorner", [](Type &m, const int& p, const int&q) { return Type(m.topLeftCorner(p,q)); })
  110. .def("bottomLeftCorner", [](Type &m, const int& p, const int&q) { return Type(m.bottomLeftCorner(p,q)); })
  111. .def("topRightCorner", [](Type &m, const int& p, const int&q) { return Type(m.topRightCorner(p,q)); })
  112. .def("bottomRightCorner", [](Type &m, const int& p, const int&q) { return Type(m.bottomRightCorner(p,q)); })
  113. /* Resizing */
  114. .def("resize", [](Type &m, size_t s0, size_t s1) { m.resize(s0, s1); })
  115. .def("resizeLike", [](Type &m, const Type &m2) { m.resizeLike(m2); })
  116. .def("conservativeResize", [](Type &m, size_t s0, size_t s1) { m.conservativeResize(s0, s1); })
  117. .def("mean", [](const Type &m) {return m.mean();})
  118. .def("sum", [](const Type &m) {return m.sum();})
  119. .def("prod", [](const Type &m) {return m.prod();})
  120. .def("trace", [](const Type &m) {return m.trace();})
  121. .def("norm", [](const Type &m) {return m.norm();})
  122. .def("squaredNorm", [](const Type &m) {return m.squaredNorm();})
  123. .def("minCoeff", [](const Type &m) {return m.minCoeff();} )
  124. .def("maxCoeff", [](const Type &m) {return m.maxCoeff();} )
  125. .def("castdouble", [](const Type &m) {return Eigen::MatrixXd(m.template cast<double>());})
  126. .def("castint", [](const Type &m) {return Eigen::MatrixXi(m.template cast<int>());})
  127. /* Component-wise operations */
  128. .def("cwiseAbs", &Type::cwiseAbs)
  129. .def("cwiseAbs2", &Type::cwiseAbs2)
  130. .def("cwiseSqrt", &Type::cwiseSqrt)
  131. .def("cwiseInverse", &Type::cwiseInverse)
  132. .def("cwiseMin", [](const Type &m1, const Type &m2) -> Type { return m1.cwiseMin(m2); })
  133. .def("cwiseMax", [](const Type &m1, const Type &m2) -> Type { return m1.cwiseMax(m2); })
  134. .def("cwiseMin", [](const Type &m1, Scalar s) -> Type { return m1.cwiseMin(s); })
  135. .def("cwiseMax", [](const Type &m1, Scalar s) -> Type { return m1.cwiseMax(s); })
  136. .def("cwiseProduct", [](const Type &m1, const Type &m2) -> Type { return m1.cwiseProduct(m2); })
  137. .def("cwiseQuotient", [](const Type &m1, const Type &m2) -> Type { return m1.cwiseQuotient(m2); })
  138. /* Row and column-wise operations */
  139. .def("rowwiseSum", [](const Type &m) {return Type(m.rowwise().sum());} )
  140. .def("rowwiseProd", [](const Type &m) {return Type(m.rowwise().prod());} )
  141. .def("rowwiseMean", [](const Type &m) {return Type(m.rowwise().mean());} )
  142. .def("rowwiseNorm", [](const Type &m) {return Type(m.rowwise().norm());} )
  143. .def("rowwiseNormalized", [](const Type &m) {return Type(m.rowwise().normalized());} )
  144. .def("rowwiseMinCoeff", [](const Type &m) {return Type(m.rowwise().minCoeff());} )
  145. .def("rowwiseMaxCoeff", [](const Type &m) {return Type(m.rowwise().maxCoeff());} )
  146. .def("colwiseSum", [](const Type &m) {return Type(m.colwise().sum());} )
  147. .def("colwiseProd", [](const Type &m) {return Type(m.colwise().prod());} )
  148. .def("colwiseMean", [](const Type &m) {return Type(m.colwise().mean());} )
  149. .def("colwiseNorm", [](const Type &m) {return Type(m.colwise().norm());} )
  150. .def("colwiseMinCoeff", [](const Type &m) {return Type(m.colwise().minCoeff());} )
  151. .def("colwiseMaxCoeff", [](const Type &m) {return Type(m.colwise().maxCoeff());} )
  152. .def("replicate", [](const Type &m, const int& r, const int& c) {return Type(m.replicate(r,c));} )
  153. .def("asDiagonal", [](const Type &m) {return Eigen::DiagonalMatrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(m.asDiagonal());} )
  154. .def("sparseView", [](Type &m) { return Eigen::SparseMatrix<Scalar>(m.sparseView()); })
  155. /* Arithmetic operators (def_cast forcefully casts the result back to a
  156. Type to avoid type issues with Eigen's crazy expression templates) */
  157. .def_cast(-py::self)
  158. .def_cast(py::self + py::self)
  159. .def_cast(py::self - py::self)
  160. .def_cast(py::self * py::self)
  161. // .def_cast(py::self - Scalar())
  162. // .def_cast(py::self * Scalar())
  163. // .def_cast(py::self / Scalar())
  164. .def("__mul__", []
  165. (const Type &a, const Scalar& b)
  166. {
  167. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(a * b);
  168. })
  169. .def("__rmul__", [](const Type& a, const Scalar& b)
  170. {
  171. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(b * a);
  172. })
  173. .def("__add__", []
  174. (const Type &a, const Scalar& b)
  175. {
  176. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(a.array() + b);
  177. })
  178. .def("__radd__", [](const Type& a, const Scalar& b)
  179. {
  180. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(b + a.array());
  181. })
  182. .def("__sub__", []
  183. (const Type &a, const Scalar& b)
  184. {
  185. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(a.array() - b);
  186. })
  187. .def("__rsub__", [](const Type& a, const Scalar& b)
  188. {
  189. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(b - a.array());
  190. })
  191. .def("__div__", []
  192. (const Type &a, const Scalar& b)
  193. {
  194. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(a / b);
  195. })
  196. .def("__truediv__", []
  197. (const Type &a, const Scalar& b)
  198. {
  199. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(a / b);
  200. })
  201. /* Arithmetic in-place operators */
  202. .def_cast(py::self += py::self)
  203. .def_cast(py::self -= py::self)
  204. .def_cast(py::self *= py::self)
  205. .def_cast(py::self *= Scalar())
  206. .def_cast(py::self /= Scalar())
  207. /* Comparison operators */
  208. .def(py::self == py::self)
  209. .def(py::self != py::self)
  210. .def("transposeInPlace", [](Type &m) { m.transposeInPlace(); })
  211. /* Other transformations */
  212. .def("transpose", [](Type &m) -> Type { return m.transpose(); })
  213. /* Python protocol implementations */
  214. .def("__repr__", [](const Type &v) {
  215. std::ostringstream oss;
  216. oss << v;
  217. return oss.str();
  218. })
  219. .def("__getitem__", [](const Type &m, std::pair<size_t, size_t> i) {
  220. if (i.first >= (size_t) m.rows() || i.second >= (size_t) m.cols())
  221. throw py::index_error();
  222. return m(i.first, i.second);
  223. })
  224. .def("__setitem__", [](Type &m, std::pair<size_t, size_t> i, Scalar v) {
  225. if (i.first >= (size_t) m.rows() || i.second >= (size_t) m.cols())
  226. throw py::index_error();
  227. m(i.first, i.second) = v;
  228. })
  229. .def("__getitem__", [](const Type &m, size_t i) {
  230. if (i >= (size_t) m.size())
  231. throw py::index_error();
  232. return m(i);
  233. })
  234. .def("__setitem__", [](Type &m, size_t i, Scalar v) {
  235. if (i >= (size_t) m.size())
  236. throw py::index_error();
  237. m(i) = v;
  238. })
  239. /* Buffer access for interacting with NumPy */
  240. .def_buffer([](Type &m) -> py::buffer_info {
  241. return py::buffer_info(
  242. m.data(), /* Pointer to buffer */
  243. sizeof(Scalar), /* Size of one scalar */
  244. /* Python struct-style format descriptor */
  245. py::format_descriptor<Scalar>::value(),
  246. 2, /* Number of dimensions */
  247. { (size_t) m.rows(), /* Buffer dimensions */
  248. (size_t) m.cols() },
  249. { sizeof(Scalar), /* Strides (in bytes) for each index */
  250. sizeof(Scalar) * m.rows() }
  251. );
  252. })
  253. /* Static initializers */
  254. .def_static("Zero", [](size_t n, size_t m) { return Type(Type::Zero(n, m)); })
  255. .def_static("Random", [](size_t n, size_t m) { return Type(Type::Random(n, m)); })
  256. .def_static("Ones", [](size_t n, size_t m) { return Type(Type::Ones(n, m)); })
  257. .def_static("Constant", [](size_t n, size_t m, Scalar value) { return Type(Type::Constant(n, m, value)); })
  258. .def_static("Identity", [](size_t n, size_t m) { return Type(Type::Identity(n, m)); })
  259. .def("MapMatrix", [](const Type& m, size_t r, size_t c)
  260. {
  261. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(Eigen::Map<const Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>>(m.data(),r,c));
  262. })
  263. .def("copy", [](const Type &m) { return Type(m); })
  264. ;
  265. return matrix;
  266. }
  267. /// Creates Python bindings for a dynamic Eigen sparse order-2 tensor (i.e. a matrix)
  268. template <typename Type>
  269. py::class_<Type> bind_eigen_sparse_2(py::module &m, const char *name,
  270. py::object parent = py::object()) {
  271. typedef typename Type::Scalar Scalar;
  272. /* Many Eigen functions are templated and can't easily be referenced using
  273. a function pointer, thus a big portion of the binding code below
  274. instantiates Eigen code using small anonymous wrapper functions */
  275. py::class_<Type> matrix(m, name, parent);
  276. matrix
  277. /* Constructors */
  278. .def(py::init<>())
  279. .def(py::init<size_t, size_t>())
  280. // .def("__init__", [](Type &m, Scalar f) {
  281. // new (&m) Type(1, 1);
  282. // m(0, 0) = f;
  283. // })
  284. // .def("__init__", [](Type &m, py::buffer b) {
  285. // py::buffer_info info = b.request();
  286. // if (info.format != py::format_descriptor<Scalar>::value())
  287. // throw std::runtime_error("Incompatible buffer format!");
  288. // if (info.ndim == 1) {
  289. // new (&m) Type(info.shape[0], 1);
  290. // memcpy(m.data(), info.ptr, sizeof(Scalar) * m.size());
  291. // } else if (info.ndim == 2) {
  292. // if (info.strides[0] == sizeof(Scalar)) {
  293. // new (&m) Type(info.shape[0], info.shape[1]);
  294. // memcpy(m.data(), info.ptr, sizeof(Scalar) * m.size());
  295. // } else {
  296. // new (&m) Type(info.shape[1], info.shape[0]);
  297. // memcpy(m.data(), info.ptr, sizeof(Scalar) * m.size());
  298. // m.transposeInPlace();
  299. // }
  300. // } else {
  301. // throw std::runtime_error("Incompatible buffer dimension!");
  302. // }
  303. // })
  304. /* Size query functions */
  305. .def("size", [](const Type &m) { return m.size(); })
  306. .def("cols", [](const Type &m) { return m.cols(); })
  307. .def("rows", [](const Type &m) { return m.rows(); })
  308. .def("shape", [](const Type &m) { return std::tuple<int,int>(m.rows(), m.cols()); })
  309. /* Initialization */
  310. .def("setZero", [](Type &m) { m.setZero(); })
  311. .def("setIdentity", [](Type &m) { m.setIdentity(); })
  312. .def("transpose", [](Type &m) { return Type(m.transpose()); })
  313. .def("norm", [](Type &m) { return m.norm(); })
  314. /* Resizing */
  315. // .def("resize", [](Type &m, size_t s0, size_t s1) { m.resize(s0, s1); })
  316. // .def("resizeLike", [](Type &m, const Type &m2) { m.resizeLike(m2); })
  317. // .def("conservativeResize", [](Type &m, size_t s0, size_t s1) { m.conservativeResize(s0, s1); })
  318. /* Component-wise operations */
  319. // .def("cwiseAbs", &Type::cwiseAbs)
  320. // .def("cwiseAbs2", &Type::cwiseAbs2)
  321. // .def("cwiseSqrt", &Type::cwiseSqrt)
  322. // .def("cwiseInverse", &Type::cwiseInverse)
  323. // .def("cwiseMin", [](const Type &m1, const Type &m2) -> Type { return m1.cwiseMin(m2); })
  324. // .def("cwiseMax", [](const Type &m1, const Type &m2) -> Type { return m1.cwiseMax(m2); })
  325. // .def("cwiseMin", [](const Type &m1, Scalar s) -> Type { return m1.cwiseMin(s); })
  326. // .def("cwiseMax", [](const Type &m1, Scalar s) -> Type { return m1.cwiseMax(s); })
  327. // .def("cwiseProduct", [](const Type &m1, const Type &m2) -> Type { return m1.cwiseProduct(m2); })
  328. // .def("cwiseQuotient", [](const Type &m1, const Type &m2) -> Type { return m1.cwiseQuotient(m2); })
  329. /* Arithmetic operators (def_cast forcefully casts the result back to a
  330. Type to avoid type issues with Eigen's crazy expression templates) */
  331. .def_cast(-py::self)
  332. .def_cast(py::self + py::self)
  333. .def_cast(py::self - py::self)
  334. .def_cast(py::self * py::self)
  335. .def_cast(py::self * Scalar())
  336. .def_cast(Scalar() * py::self)
  337. // Special case, sparse * dense produces a dense matrix
  338. // .def("__mul__", []
  339. // (const Type &a, const Scalar& b)
  340. // {
  341. // return Type(a * b);
  342. // })
  343. // .def("__rmul__", [](const Type& a, const Scalar& b)
  344. // {
  345. // return Type(b * a);
  346. // })
  347. .def("__mul__", []
  348. (const Type &a, const Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>& b)
  349. {
  350. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(a * b);
  351. })
  352. .def("__rmul__", [](const Type& a, const Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>& b)
  353. {
  354. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(b * a);
  355. })
  356. .def("__mul__", []
  357. (const Type &a, const Eigen::DiagonalMatrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>& b)
  358. {
  359. return Type(a * b);
  360. })
  361. .def("__rmul__", [](const Type& a, const Eigen::DiagonalMatrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>& b)
  362. {
  363. return Type(b * a);
  364. })
  365. //.def(py::self * Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>())
  366. // .def_cast(py::self / Scalar())
  367. /* Arithmetic in-place operators */
  368. // .def_cast(py::self += py::self)
  369. // .def_cast(py::self -= py::self)
  370. // .def_cast(py::self *= py::self)
  371. // .def_cast(py::self *= Scalar())
  372. // .def_cast(py::self /= Scalar())
  373. /* Comparison operators */
  374. // .def(py::self == py::self)
  375. // .def(py::self != py::self)
  376. // .def("transposeInPlace", [](Type &m) { m.transposeInPlace(); })
  377. // /* Other transformations */
  378. // .def("transpose", [](Type &m) -> Type { return m.transpose(); })
  379. /* Python protocol implementations */
  380. .def("__repr__", [](const Type &v) {
  381. std::ostringstream oss;
  382. oss << v;
  383. return oss.str();
  384. })
  385. /* Static initializers */
  386. // .def_static("Zero", [](size_t n, size_t m) { return Type(Type::Zero(n, m)); })
  387. // .def_static("Ones", [](size_t n, size_t m) { return Type(Type::Ones(n, m)); })
  388. // .def_static("Constant", [](size_t n, size_t m, Scalar value) { return Type(Type::Constant(n, m, value)); })
  389. // .def_static("Identity", [](size_t n, size_t m) { return Type(Type::Identity(n, m)); })
  390. .def("toCOO",[](const Type& m)
  391. {
  392. Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic> t(m.nonZeros(),3);
  393. int count = 0;
  394. for (int k=0; k<m.outerSize(); ++k)
  395. for (typename Type::InnerIterator it(m,k); it; ++it)
  396. t.row(count++) << it.row(), it.col(), it.value();
  397. return t;
  398. })
  399. .def("fromCOO",[](Type& m, const Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>& t, int rows, int cols)
  400. {
  401. typedef Eigen::Triplet<Scalar> T;
  402. std::vector<T> tripletList;
  403. tripletList.reserve(t.rows());
  404. for(unsigned i=0;i<t.rows();++i)
  405. tripletList.push_back(T(round(t(i,0)),round(t(i,1)),t(i,2)));
  406. if (rows == -1)
  407. rows = t.col(0).maxCoeff()+1;
  408. if (cols == -1)
  409. cols = t.col(1).maxCoeff()+1;
  410. m.resize(rows,cols);
  411. m.setFromTriplets(tripletList.begin(), tripletList.end());
  412. }, py::arg("t"), py::arg("rows") = -1, py::arg("cols") = -1)
  413. .def("insert",[](Type& m, const int row, const int col, const Scalar value)
  414. {
  415. return m.insert(row,col) = value;
  416. }, py::arg("row"), py::arg("col"), py::arg("value"))
  417. .def("makeCompressed",[](Type& m)
  418. {
  419. return m.makeCompressed();
  420. })
  421. .def("diagonal", [](const Type &m) {return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(m.diagonal());} )
  422. ;
  423. return matrix;
  424. }
  425. /// Creates Python bindings for a diagonal Eigen sparse order-2 tensor (i.e. a matrix)
  426. template <typename Type>
  427. py::class_<Type> bind_eigen_diagonal_2(py::module &m, const char *name,
  428. py::object parent = py::object()) {
  429. typedef typename Type::Scalar Scalar;
  430. /* Many Eigen functions are templated and can't easily be referenced using
  431. a function pointer, thus a big portion of the binding code below
  432. instantiates Eigen code using small anonymous wrapper functions */
  433. py::class_<Type> matrix(m, name, parent);
  434. matrix
  435. /* Constructors */
  436. .def(py::init<>())
  437. //.def(py::init<size_t, size_t>())
  438. /* Size query functions */
  439. .def("size", [](const Type &m) { return m.size(); })
  440. .def("cols", [](const Type &m) { return m.cols(); })
  441. .def("rows", [](const Type &m) { return m.rows(); })
  442. .def("shape", [](const Type &m) { return std::tuple<int,int>(m.rows(), m.cols()); })
  443. /* Initialization */
  444. .def("setZero", [](Type &m) { m.setZero(); })
  445. .def("setIdentity", [](Type &m) { m.setIdentity(); })
  446. /* Arithmetic operators (def_cast forcefully casts the result back to a
  447. Type to avoid type issues with Eigen's crazy expression templates) */
  448. // .def_cast(-py::self)
  449. // .def_cast(py::self + py::self)
  450. // .def_cast(py::self - py::self)
  451. // .def_cast(py::self * py::self)
  452. .def_cast(py::self * Scalar())
  453. .def_cast(Scalar() * py::self)
  454. // // Special case, sparse * dense produces a dense matrix
  455. // .def("__mul__", []
  456. // (const Type &a, const Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>& b)
  457. // {
  458. // return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(a * b);
  459. // })
  460. // .def("__rmul__", [](const Type& a, const Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>& b)
  461. // {
  462. // return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(b * a);
  463. // })
  464. .def("__mul__", []
  465. (const Type &a, const Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>& b)
  466. {
  467. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(a * b);
  468. })
  469. .def("__rmul__", [](const Type& a, const Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>& b)
  470. {
  471. return Eigen::Matrix<Scalar,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic>(b * a);
  472. })
  473. .def("__mul__", []
  474. (const Type &a, const Eigen::SparseMatrix<Scalar>& b)
  475. {
  476. return Eigen::SparseMatrix<Scalar>(a * b);
  477. })
  478. .def("__rmul__", [](const Type& a, const Eigen::SparseMatrix<Scalar>& b)
  479. {
  480. return Eigen::SparseMatrix<Scalar>(b * a);
  481. })
  482. /* Python protocol implementations */
  483. .def("__repr__", [](const Type &/*v*/) {
  484. std::ostringstream oss;
  485. oss << "<< operator undefined for diagonal matrices";
  486. return oss.str();
  487. })
  488. /* Other transformations */
  489. ;
  490. return matrix;
  491. }
  492. void python_export_vector(py::module &m) {
  493. py::module me = m.def_submodule(
  494. "eigen", "Wrappers for Eigen types");
  495. /* Bindings for VectorXd */
  496. // bind_eigen_1<Eigen::VectorXd> (me, "VectorXd");
  497. // py::implicitly_convertible<py::buffer, Eigen::VectorXd>();
  498. // py::implicitly_convertible<double, Eigen::VectorXd>();
  499. /* Bindings for VectorXi */
  500. // bind_eigen_1<Eigen::VectorXi> (me, "VectorXi");
  501. // py::implicitly_convertible<py::buffer, Eigen::VectorXi>();
  502. // py::implicitly_convertible<double, Eigen::VectorXi>();
  503. /* Bindings for MatrixXd */
  504. bind_eigen_2<Eigen::MatrixXd> (me, "MatrixXd");
  505. //py::implicitly_convertible<py::buffer, Eigen::MatrixXd>();
  506. //py::implicitly_convertible<double, Eigen::MatrixXd>();
  507. /* Bindings for MatrixXi */
  508. bind_eigen_2<Eigen::MatrixXi> (me, "MatrixXi");
  509. // py::implicitly_convertible<py::buffer, Eigen::MatrixXi>();
  510. //py::implicitly_convertible<double, Eigen::MatrixXi>();
  511. /* Bindings for MatrixXuc */
  512. bind_eigen_2<Eigen::Matrix<unsigned char,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic> > (me, "MatrixXuc");
  513. // py::implicitly_convertible<py::buffer, Eigen::Matrix<unsigned char,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic> >();
  514. // py::implicitly_convertible<double, Eigen::Matrix<unsigned char,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic> >();
  515. // /* Bindings for Vector3d */
  516. // auto vector3 = bind_eigen_1_3<Eigen::Vector3d>(me, "Vector3d");
  517. // vector3
  518. // .def("norm", [](const Eigen::Vector3d &v) { return v.norm(); })
  519. // .def("squaredNorm", [](const Eigen::Vector3d &v) { return v.squaredNorm(); })
  520. // .def("normalize", [](Eigen::Vector3d &v) { v.normalize(); })
  521. // .def("normalized", [](const Eigen::Vector3d &v) -> Eigen::Vector3d { return v.normalized(); })
  522. // .def("dot", [](const Eigen::Vector3d &v1, const Eigen::Vector3d &v2) { return v1.dot(v2); })
  523. // .def("cross", [](const Eigen::Vector3d &v1, const Eigen::Vector3d &v2) -> Eigen::Vector3d { return v1.cross(v2); })
  524. // .def_property("x", [](const Eigen::Vector3d &v) -> double { return v.x(); },
  525. // [](Eigen::Vector3d &v, double x) { v.x() = x; }, "X coordinate")
  526. // .def_property("y", [](const Eigen::Vector3d &v) -> double { return v.y(); },
  527. // [](Eigen::Vector3d &v, double y) { v.y() = y; }, "Y coordinate")
  528. // .def_property("z", [](const Eigen::Vector3d &v) -> double { return v.z(); },
  529. // [](Eigen::Vector3d &v, double z) { v.z() = z; }, "Z coordinate");
  530. //
  531. // py::implicitly_convertible<py::buffer, Eigen::Vector3d>();
  532. // py::implicitly_convertible<double, Eigen::Vector3d>();
  533. /* Bindings for SparseMatrix<double> */
  534. bind_eigen_sparse_2< Eigen::SparseMatrix<double> > (me, "SparseMatrixd");
  535. /* Bindings for SparseMatrix<int> */
  536. bind_eigen_sparse_2< Eigen::SparseMatrix<int> > (me, "SparseMatrixi");
  537. /* Bindings for DiagonalMatrix<double> */
  538. bind_eigen_diagonal_2< Eigen::DiagonalMatrix<double,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic> > (me, "DiagonalMatrixd");
  539. /* Bindings for DiagonalMatrix<int> */
  540. bind_eigen_diagonal_2< Eigen::DiagonalMatrix<int,Eigen::Dynamic,Eigen::Dynamic> > (me, "DiagonalMatrixi");
  541. /* Bindings for SimplicialLLT*/
  542. py::class_<Eigen::SimplicialLLT<Eigen::SparseMatrix<double > >> simpliciallltsparse(me, "SimplicialLLTsparse");
  543. simpliciallltsparse
  544. .def(py::init<>())
  545. .def(py::init<Eigen::SparseMatrix<double>>())
  546. .def("info",[](const Eigen::SimplicialLLT<Eigen::SparseMatrix<double > >& s)
  547. {
  548. if (s.info() == Eigen::Success)
  549. return "Success";
  550. else
  551. return "Numerical Issue";
  552. })
  553. .def("analyzePattern",[](Eigen::SimplicialLLT<Eigen::SparseMatrix<double > >& s, const Eigen::SparseMatrix<double>& a) { return s.analyzePattern(a); })
  554. .def("factorize",[](Eigen::SimplicialLLT<Eigen::SparseMatrix<double > >& s, const Eigen::SparseMatrix<double>& a) { return s.factorize(a); })
  555. .def("solve",[](const Eigen::SimplicialLLT<Eigen::SparseMatrix<double > >& s, const Eigen::MatrixXd& rhs) { return Eigen::MatrixXd(s.solve(rhs)); })
  556. ;
  557. /* Bindings for Quaterniond*/
  558. //py::class_<Eigen::Quaterniond > quaterniond(me, "Quaterniond");
  559. //
  560. // quaterniond
  561. // .def(py::init<>())
  562. // .def(py::init<double, double, double, double>())
  563. // ;
  564. }