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Added optional weights to Dijkstra's algorithm + some template definitions

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include/igl/adjacency_list.cpp

@@ -165,4 +165,5 @@ template void igl::adjacency_list<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, int>(Eige
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::adjacency_list<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&, bool);
 template void igl::adjacency_list<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&, bool);
+template void igl::adjacency_list<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned int>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, class std::vector<class std::vector<unsigned int, class std::allocator<unsigned int> >, class std::allocator<class std::vector<unsigned int, class std::allocator<unsigned int> > > > &, bool);
 #endif

include/igl/centroid.cpp

@@ -64,4 +64,5 @@ IGL_INLINE void igl::centroid(
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::centroid<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
 template void igl::centroid<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> >&);
+template void igl::centroid<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
 #endif

include/igl/dijkstra.cpp

@@ -5,14 +5,16 @@
 // This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License 
 // v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can 
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
-#include <igl/dijkstra.h>
+#include "dijkstra.h"
 
 template <typename IndexType, typename DerivedD, typename DerivedP>
-IGL_INLINE int igl::dijkstra_compute_paths(const IndexType &source,
-                                           const std::set<IndexType> &targets,
-                                           const std::vector<std::vector<IndexType> >& VV,
-                                           Eigen::PlainObjectBase<DerivedD> &min_distance,
-                                           Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &previous)
+IGL_INLINE int igl::dijkstra(
+  const IndexType &source,
+  const std::set<IndexType> &targets,
+  const std::vector<std::vector<IndexType> >& VV,
+  const std::vector<double>& weights,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedD> &min_distance,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &previous)
 {
   int numV = VV.size();
   min_distance.setConstant(numV, 1, std::numeric_limits<typename DerivedD::Scalar>::infinity());
@@ -37,7 +39,7 @@ IGL_INLINE int igl::dijkstra_compute_paths(const IndexType &source,
          neighbor_iter++)
     {
       IndexType v = *neighbor_iter;
-      typename DerivedD::Scalar distance_through_u = dist + 1.;
+      typename DerivedD::Scalar distance_through_u = dist + weights[u];
       if (distance_through_u < min_distance[v]) {
         vertex_queue.erase(std::make_pair(min_distance[v], v));
 
@@ -53,10 +55,23 @@ IGL_INLINE int igl::dijkstra_compute_paths(const IndexType &source,
   return -1;
 }
 
+template <typename IndexType, typename DerivedD, typename DerivedP>
+IGL_INLINE int igl::dijkstra(
+  const IndexType &source,
+  const std::set<IndexType> &targets,
+  const std::vector<std::vector<IndexType> >& VV,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedD> &min_distance,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &previous)
+{
+  std::vector<double> weights(VV.size(), 1.0);
+  return dijkstra(source, targets, VV, weights, min_distance, previous);
+}
+
 template <typename IndexType, typename DerivedP>
-IGL_INLINE void igl::dijkstra_get_shortest_path_to(const IndexType &vertex,
-                                                   const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &previous,
-                                                   std::vector<IndexType> &path)
+IGL_INLINE void igl::dijkstra(
+  const IndexType &vertex,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedP> &previous,
+  std::vector<IndexType> &path)
 {
   IndexType source = vertex;
   path.clear();
@@ -66,6 +81,6 @@ IGL_INLINE void igl::dijkstra_get_shortest_path_to(const IndexType &vertex,
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template int igl::dijkstra_compute_paths<int, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(int const&, std::set<int, std::less<int>, std::allocator<int> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::dijkstra_get_shortest_path_to<int, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(int const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<int, std::allocator<int> >&);
+template int igl::dijkstra<int, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(int const&, std::set<int, std::less<int>, std::allocator<int> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::dijkstra<int, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(int const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<int, std::allocator<int> >&);
 #endif

include/igl/dijkstra.h

@@ -16,7 +16,7 @@
 
 namespace igl {
 
-  // Dijstra's algorithm for shortest paths, with multiple targets.
+  // Dijkstra's algorithm for vertex-weighted shortest paths, with multiple targets.
   // Adapted from http://rosettacode.org/wiki/Dijkstra%27s_algorithm .
   //
   // Inputs:
@@ -24,19 +24,43 @@ namespace igl {
   //   targets          target vector set
   //   VV               #V list of lists of incident vertices (adjacency list), e.g.
   //                    as returned by igl::adjacency_list
+  //   weights          #V list of scalar vertex weights
   //
   // Output:
   //   min_distance     #V by 1 list of the minimum distances from source to all vertices
   //   previous         #V by 1 list of the previous visited vertices (for each vertex) - used for backtracking
   //
   template <typename IndexType, typename DerivedD, typename DerivedP>
-  IGL_INLINE int dijkstra_compute_paths(const IndexType &source,
-                                        const std::set<IndexType> &targets,
-                                        const std::vector<std::vector<IndexType> >& VV,
-                                        Eigen::PlainObjectBase<DerivedD> &min_distance,
-                                        Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &previous);
+  IGL_INLINE int dijkstra(
+    const IndexType &source,
+    const std::set<IndexType> &targets,
+    const std::vector<std::vector<IndexType> >& VV,
+    const std::vector<double>& weights,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedD> &min_distance,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &previous);
 
-  // Backtracking after Dijstra's algorithm, to find shortest path.
+  // Dijkstra's algorithm for shortest paths, with multiple targets.
+  // Adapted from http://rosettacode.org/wiki/Dijkstra%27s_algorithm .
+  //
+  // Inputs:
+  //   source           index of source vertex
+  //   targets          target vector set
+  //   VV               #V list of lists of incident vertices (adjacency list), e.g.
+  //                    as returned by igl::adjacency_list
+  //
+  // Output:
+  //   min_distance     #V by 1 list of the minimum distances from source to all vertices
+  //   previous         #V by 1 list of the previous visited vertices (for each vertex) - used for backtracking
+  //
+  template <typename IndexType, typename DerivedD, typename DerivedP>
+  IGL_INLINE int dijkstra(
+    const IndexType &source,
+    const std::set<IndexType> &targets,
+    const std::vector<std::vector<IndexType> >& VV,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedD> &min_distance,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &previous);
+
+  // Backtracking after Dijkstra's algorithm, to find shortest path.
   //
   // Inputs:
   //   vertex           vertex to which we want the shortest path (from same source as above)
@@ -46,9 +70,10 @@ namespace igl {
   //   path             #P by 1 list of vertex indices in the shortest path from source to vertex
   //
   template <typename IndexType, typename DerivedP>
-  IGL_INLINE void dijkstra_get_shortest_path_to(const IndexType &vertex,
-                                                const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> &previous,
-                                                std::vector<IndexType> &path);
+  IGL_INLINE void dijkstra(
+    const IndexType &vertex,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedP> &previous,
+    std::vector<IndexType> &path);
 };
 
 

include/igl/knn.cpp

@@ -102,4 +102,7 @@ namespace igl {
 
 
 
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+template void igl::knn<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, int, int, Eigen::Matrix<int, -1, 8, 0, -1, 8>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, int const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 8, 0, -1, 8> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+#endif
 

include/igl/polygon_mesh_to_triangle_mesh.cpp

@@ -73,4 +73,5 @@ template void igl::polygon_mesh_to_triangle_mesh<int, Eigen::Matrix<unsigned int
 template void igl::polygon_mesh_to_triangle_mesh<int, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::polygon_mesh_to_triangle_mesh<int, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::polygon_mesh_to_triangle_mesh<int, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
+template void igl::polygon_mesh_to_triangle_mesh<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/remove_unreferenced.cpp

@@ -119,4 +119,5 @@ template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, E
 template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif